Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie uznał po wyroku ETS w sprawie Magoora, że po 1 maja 2004 r. nie istnieją żadne ograniczenia w odliczaniu VAT od samochodów. W szczególności nie mają też zastosowania przepisy uchylonej, a obowiązującej jedynie do 30 kwietnia 2004r., ustawy z dnia 8 stycznia 1993r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (wyrok z 30 kwietnia 2009 r. – sygn. I SA/Kr 176/09).
Wyrokiem z 18 marca 2011 r. (sygn. I FSK 1471/09) Naczelny Sąd Administracyjny uchylił ten wyrok WSA w całości i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Krakowie.
Zdaniem NSA nie można przyjąć interpretacji, że uchylony przez ETS przepis art. 88 ust. 1 pkt 3 w zw. art. 86 ust. 3 ustawy o VAT pozostawił po sobie pustkę prawną. Trzeba bowiem stosować przepisy obowiązujące wcześniej (chodzi tu o przepisy obowiązującej jedynie do 30 kwietnia 2004r., ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym).
Taką interpretację prezentuje konsekwentnie Minister Finansów, zdaniem w miejsce tzw. wzoru Lisaka weszły poprzednio obowiązujące ograniczenia w odliczaniu VAT – czyli konieczność posiadania homologacji (tzw. kratka).
Fakt uchylenia wyroku WSA budzi niepokój, czy przypadkiem przepisy uchylonej ustawy o VAT z 1993 r. nie staną się znowu (mocą wyroku NSA a nie parlamentu) obowiązującym prawem.
W zawierającym taką samą argumentację wyroku NSA z 10 marca 2011 r. (sygn. I FSK 517/10) Sąd stwierdził m.in.:
Uwzględniając zatem zalecenia wynikające dla sądów krajowych z wyroku ETS w sprawie C-414/07 Magoora sp. z o.o., należy dokonać oceny czy, i w jakim zakresie, obowiązujące od 1 maja 2004 r. normy art. 88 ust. 1 pkt 3 w zw. z art. 86 ust. 3 u.p.t.u. z 2004 r. – w przypadku ograniczenia prawa do odliczenia podatku naliczonego z tytułu nabycia paliw do samochodów firmowych oraz art. 86 ust. 3 i 7 u.p.t.u. z 2004 r. – w przypadku ograniczenia prawa do odliczenia podatku naliczonego z tytułu nabycia oraz najmu, dzierżawy i leasingu takich pojazdów, rozszerzyły zakres zastosowania tych ograniczeń, w stosunku do sytuacji istniejącej przed tym dniem.
Celem działania sądu krajowego jest w takim przypadku określenie, w jakim zakresie normy tych przepisów – jeżeli rozszerzyły istniejące do 1 maja 2004 r. ograniczenia prawa do odliczenia podatku w powyższych przypadkach – znajdują zastosowanie, a w jakim pozbawione są skuteczności.
Ocena ta powinna być dokonywana z uwzględnieniem kryterium, wynikającym z ograniczeń prawa do odliczenia podatku z tytułu nabycia samochodów firmowych (ich najmu, dzierżawy i leasingu) oraz paliw do tych pojazdów, wynikających z unormowań podatku od towarów i usług stosowanych do 30 kwietnia 2004 r., tzn. norm art. 25 ust. 1 pkt 2, pkt 2a i art. 25 ust. 1 pkt 3a u.p.t.u. z 1993 r. oraz § 10 ust. 1-4 rozporządzenia MF z 22 marca 2002 r.
W żadnym przypadku nie oznacza to stosowania obecnie tychże nieobowiązujących już przepisów. Sąd krajowy do tych norm obowiązany jest jedynie sięgnąć, w celu określenia w oparciu o nie, zakresu ograniczeń prawa do odliczenia podatku naliczonego, obowiązujących na dzień 30 kwietnia 2004 r., dla zdefiniowania – przy stosowaniu art. 88 ust. 1 pkt 3 w zw. z art. 86 ust. 3 oraz art. 86 ust. 3 i 7 u.p.t.u. z 2004 r. – granicy, przekroczenie której będzie pozbawiało te przepisy skuteczności, jako naruszających w tym zakresie zasadę standstill, wynikającą z art. 17 ust. 6 VI Dyrektywy.
Dlatego też zdaniem NSA:
Uchylenie się, w okresie od 1 maja 2004 r. do 31 grudnia 2010 r., od wynikającego z art. 88 ust. 1 pkt 3 w zw. z art. 86 ust. 3 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535 ze zm.) zakazu odliczenia podatku naliczonego z tytułu nabycia paliw wykorzystywanych do napędu samochodów innych niż osobowe, służących działalności opodatkowanej, wymaga wykazania, że paliwo nabywane było do samochodu innego niż osobowy, a jego ładowność przekracza 500 kg, co powinno nastąpić na podstawie stosownej homologacji samochodu producenta lub importera, wymaganej dla tego rodzaju samochodów.
Ale przecież te przepisy dot. homologacji zostały uchylone razem z ustawą o VAT z 1993 r. NSA stosuje dość karkołomną argumentację - nie stosujemy uchylonych przepisów ustawy o VAT z 1993 r. ale ustalamy w oparciu o nie zakres ograniczeń w odliczaniu VAT od samochodów osobowych.
Chodzi tu o liczne decyzje podatników w zakresie odliczania VAT od samochodów podjęte od 1 maja 2004 roku do końca 2010 r.
Od początku 2011 roku obowiązują nowe przepisy w zakresie odliczania VAT od samochodów osobowych. Jednakże te nowe przepisy mają charakter przejściowy (Komisja UE pozwoliła Polsce na czasowe ograniczenie prawa do odliczenia VAT) i omawiana kwestia związana z ww. orzeczeniami stanie się najprawdopodobniej z powrotem aktualna w 2013 roku.