Z takim stanowiskiem nie zgadza się część organów podatkowych. Twierdzą, że zaliczenie zwrotu podatku od towarów i usług nie może zostać dokonane z naruszeniem właściwości organu podatkowego. Oznaczałoby to, że zwrotu VAT nie można będzie zaliczyć na poczet podatku akcyzowego czy podatku od nieruchomości, ale także podatku dochodowego w sytuacji, gdy właściwe będą inne organy podatkowe.
Takie stanowisko trudno uznać za uzasadnione, co wynika z przepisów samej Ordynacji podatkowej.
Przepis art.76 § 1 o.p. stanowi, że nadpłaty wraz z ich oprocentowaniem podlegają zaliczeniu z urzędu na poczet zaległości podatkowych wraz z odsetkami za zwłokę, odsetek za zwłokę określonych w decyzji, o której mowa w art. 53a, oraz bieżących zobowiązań podatkowych, a w razie ich braku podlegają zwrotowi z urzędu, chyba że podatnik złoży wniosek o zaliczenie nadpłaty w całości lub w części na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych.
Na podstawie art. 76b o.p. zasady dotyczące dysponowania nadpłatą określone w przepisach art. 76, art. 76a, art. 77b, i art. 80 o.p. mają odpowiednie zastosowanie do zwrotu podatku. Na mocy z art. 3 pkt 7 o.p. pod pojęciem zwrotu podatku rozumie się m.in. zwrot różnicy podatku lub zwrot podatku naliczonego w rozumieniu przepisów o podatku od towarów i usług.
Analiza powyższych przepisów prowadzi do wniosku, że zaliczenie kwoty zwrotu podatku od towarów i usług na poczet bieżącego zobowiązania podatkowego dokonuje się z mocy samego prawa i następuje z dniem złożenia deklaracji wykazującej zwrot podatku.
Na organie podatkowym spoczywa obowiązek wydania postanowienia w przedmiocie zaliczenia, ale takie postanowienie stwierdza tylko dokonane już z mocy samego prawa zaliczenie na poczet zaległości podatkowej.
Skutkiem zaliczenia zwrotu jest m.in. wygaśnięcie zobowiązania podatkowego, z tytułu którego powstała zaległość podatkowa (art. 59 § 1 pkt 4 o.p.).
Trzeba podkreślić, że powyższych uprawnień podatnika wynikających z przepisów o.p. ustawodawca w żaden sposób nie ogranicza właściwością rzeczową organu podatkowego. Skoro przepis o.p. nie przewiduje ograniczenia dotyczącego zaliczenia zwrotu podatku na poczet należności podatkowej, to sam organ podatkowy nie może takiego ograniczenia wprowadzać.
Rolą organu podatkowego jest jedynie wydanie postanowienia o charakterze deklaratoryjnym, stwierdzającego dokonane zaliczenie. Właściwość rzeczowa organów podatkowych jest sprawą technicznej organizacji pracy i w żaden sposób nie może wykluczyć skorzystanie przez podatnika z jego ustawowego uprawnienia do zaliczenia zwrotu.
Wobec braku ograniczenia zaliczania zwrotu podatku pozostającego we właściwości jednego organu na zobowiązanie podatkowe pozostające we właściwości innego organu, obowiązkiem organów jest ustalenie pomiędzy sobą odpowiedniego postępowania przy tego rodzaju zaliczeniu.
Organ we właściwości, którego pozostaje zobowiązanie podatkowe, na które zaliczany będzie zwrot podatku obowiązany jest do wydania postanowienia w przedmiocie zaliczenia zwrotu. Podatnik nie może ponosić negatywnych konsekwencji określonej organizacji aparatu skarbowego.
To rzeczą organów podatkowych jest taka organizacja pracy, aby realizacja ustawowych uprawnień była możliwa.
Zastosowanie może znaleźć art. 170 o.p., który przewiduje, że jeżeli organ podatkowy, do którego podanie wniesiono, jest niewłaściwy w sprawie, powinien niezwłocznie przekazać je organowi właściwemu, zawiadamiając o tym wnoszącego podanie. Podanie wniesione do organu niewłaściwego przed upływem terminu określonego przepisami prawa uważa się za wniesione z zachowaniem terminu.
Pogląd, zgodnie z którym w świetle przepisów o.p. istnieje możliwość zaliczenia nadwyżki podatku naliczonego nad należnym na poczet zobowiązań podatkowych, dla których właściwy jest inny organ podatkowy, aniżeli organ właściwy dla rozliczeń podatku od towarów i usług przedstawiają sądy administracyjne między innymi w następujących orzeczeniach:
- wyrok NSA z dnia 20.01.2012 r., sygn. I FSK 577/11,
- wyrok WSA w Warszawie z dnia 14.03.2012 r., sygn. III SA/Wa 1707/11.
Takie samo stanowisko zajmują także organy podatkowe w interpretacjach indywidulanych, np.:
- Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie w interpretacji indywidualnej z dnia 20.04.2009 r., sygn. IPPP3/443-103/09-2/SM,
- Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie w interpretacji indywidualnej z dnia 04.07.2008 r., sygn. IPPP2/443-647/08/AZ.
Z powołanych orzeczeń i interpretacji wynika, że w takim przypadku należy złożyć wraz z deklaracją VAT-7 wykazującą podatek VAT do zwrotu, stosowny wniosek, opisujący charakter zobowiązania podatkowego oraz organ podatkowy właściwy dla tego zobowiązania.
Zwrot VAT po omyłkowym opodatkowaniu czynności zwolnionej
Czy fiskus będzie mógł odmówić wydania interpretacji podatkowej?
Nowa Konwencja podatkowa z USA – co się zmienia
Gdy z prośbą o zaliczenie zwraca się podatnik i przedstawia dane dotyczące wysokości zobowiązania i dane organu podatkowego, w którym ono widnieje, występują przesłanki do zaliczenia tej nadpłaty na poczet przedmiotowych zobowiązań. Jeżeli fakt istnienia zaległości zostanie potwierdzony, to należy uznać, że brak jest przeszkód prawnych do zaliczenia zwrotu VAT na poczet wskazanych zaległości.
Wydaje się, że podatnik dokona opisanych wymogów, jeśli we wniosku o zaliczenie nadpłaty wskaże, że wnosi o zaliczenie nadpłaty w podatku od towarów i usług na poczet zobowiązania w danym podatku opisując szczegółowo to zobowiązanie wraz z podaniem właściwego organu podatkowego. Ponadto wystarczającym będzie, jeśli podatnik dochodzący zaliczenia zwrotu prześle pismo informujące o złożeniu wniosku o stwierdzenie zwrotu części nadpłaty w VAT na poczet zobowiązania w danym podatku do organu właściwego do zaliczenia VAT.
Podsumowując, wbrew twierdzeniom przedstawionym przez niektóre organy podatkowe, na przeszkodzie w dokonaniu zaliczenia zwrotu podatku VAT na poczet zaległości podatkowych w innym podatku nie stoi art. 76a § l o.p. ani przepisy o właściwości, gdy nadpłata i zaległość będą występować w różnych organach.