Stosowanie ustawy o podatku akcyzowym przysparza kłopotów przedsiębiorcom z branży paliwowej. Brak przepisów dotyczących usługowego magazynowania wyrobów oraz transportu paliwa z zapłaconą i zawieszoną akcyzą komplikuje prowadzenie działalności gospodarczej.
Urzędy celne nakazują tworzenie oddzielnych składów podatkowych dla produkcji paliw, a oddzielnych dla tzw. usługowego magazynowania wyrobów na terenie składów producenckich. Aleksandra Kalinowska, ekspert podatkowy z Ernst & Young, sceptycznie odniosła się do tych wymagań. Pociągają one za sobą obowiązek prowadzenia np. podwójnej ewidencji, co stwarza dodatkowe utrudnienia dla przedsiębiorców. Szczególnie że nie wynika to bezpośrednio z przepisów ustawy o akcyzie, gdyż brak jest przepisów regulujących to zagadnienie. Podobnie przedstawia się sprawa związana z transportem paliwa objętego dwiema procedurami akcyzowymi, na co zwrócił uwagę Szymon Parulski z Ernst & Young. Organy podatkowe, choć nie wynika to z przepisów akcyzowych, zakazują transportowania w jednej cysternie paliwa z zapłaconą i zawieszoną akcyzą. Powoduje to podrożenie kosztów, gdyż przedsiębiorcy, transportując oddzielnie paliwo, muszą zaangażować więcej środków transportu. Według Szymona Parulskiego urzędy celne powinny dopuścić taką możliwość transportu, ale pod warunkiem stosowania przez przedsiębiorców tzw. zbiorników wielopłaszczyznowych. Eksperci przypomnieli, że w pracach nad przyszłymi regulacjami dotyczącymi podatku akcyzowego planowane jest wyłączenie z akcyzy produktów z branży chemicznej. Niestety, jednocześnie resort finansów chce objąć akcyzą więcej wyrobów ropopochodnych, zbliżając się tym samym do zakresu wymaganego przez przepisy unijne w tzw. dyrektywie energetycznej.
