Paradoksalnie wiele problemów ujawnionych po wdrożeniu KSeF nie dotyczy dziś kluczowych elementów transakcji (kwot sprzedaży, asortymentu). Dotyczy danych, które przez lata traktowano jako drugorzędne lub do poprawienia przez nabywcę notą korygującą. W środowisku faktur ustrukturyzowanych takie elementy jak brak PO zamówienia, zły Incoterms, nieprawidłowy termin płatności, informacja o „odwrotnym obciążeniu”, czy brak przeliczonego VAT w PLN na samej fakturze stają się jednak częścią danych przetwarzanych automatycznie przez systemy podatników, kontrahentów i administracji skarbowej. W konsekwencji nawet przy całkowicie prawidłowych wartościach sprzedaży może pojawić się potrzeba wystawienia faktury korygującej.