Czasem podatnicy mają wątpliwości, w którym urzędzie skarbowym mają załatwić swoją sprawę podatkową. Właściwość miejscową organów podatkowych ustala się według miejsca zamieszkania (dla przedsiębiorców wpisanych do CEIDG) lub adresu siedziby firmy (dla spółek zarejestrowanych w KRS). To zasada ogólna, od której jest kilka wyjątków.