W związku ze zmianą ustawy o finansach publicznych i o odpowiedzialności za naruszenie dyscypliny finansów publicznych Główna Komisja Orzekająca nie mogła rozpatrzyć sprawy przyznania nienależnej bonifikaty.
Kierownik działu przekształceń i nadzoru właścicielskiego urzędu miasta i zastępca dyrektora wydziału geodezji i gospodarki nieruchomości urzędu miasta odpowiadali za udzielenie nienależnej bonifikaty na mieszkania, czym naruszyli dyscyplinę finansów publicznych. Kierownik zaniżył kwotę należną gminie o ponad 57 tys. zł, a zastępca dyrektora o ponad 306 tys. zł. Komisja I instancji uznała ich winnymi i nałożyła karę upomnienia i zwrot kosztów postępowania.
Główna Komisja Orzekająca uznała, że nie może merytorycznie rozpatrzyć sprawy, ponieważ od 1 stycznia 2006 roku obowiązują nowe przepisy dwóch podstawowych ustaw – o finansach publicznych i o odpowiedzialności za naruszenie dyscypliny finansów publicznych. Zasadą jest stosowanie nowych przepisów przy orzekaniu, chyba że przepisy ustawy w dniu popełnienia czynu są względniejsze dla obwinionego. GKO uznała, że nastąpiły duże zmiany w przepisach dotyczących rozpatrywanej sprawy, w związku z czym uchyliła orzeczenie I instancji, stwierdzając, że należy zastosować nowe przepisy ustawy i przekazała sprawę do ponownego rozpatrzenia. GKO przekazała też sugestie Komisji I instancji. Powinna ona odpowiedzieć na pytania: czy w świetle przepisów nowych ustaw podpisanie protokołu wystarcza do orzeczenia naruszenia dyscypliny finansów, czy można odstąpić w tej sprawie od wymierzenia kary i czy nie należy zastosować artykułu o znikomym stopniu szkodliwości czynu.
