W Krajowym Systemie e-Faktur każda faktura, która została przesłana do systemu i otrzymała numer KSeF, trafia do obrotu prawnego. Oznacza to, że nie można jej po prostu edytować, usunąć ani anulować. Jeżeli na fakturze pojawi się błąd, należy go poprawić przez wystawienie faktury korygującej. Nie oznacza to jednak, że każdy błąd można naprawić w ten sam sposób. W praktyce coraz częściej pojawia się pytanie, czy w przypadku pomyłki na fakturze podatnik może wystawić fakturę korygującą „do zera”, a następnie wystawić nową, poprawną fakturę z nowym numerem. Odpowiedź wymaga ostrożności. Taki sposób postępowania może być prawidłowy w niektórych sytuacjach, ale nie powinien być stosowany automatycznie - szczególnie wtedy, gdy błąd nie dotyczy nabywcy, a transakcja faktycznie miała miejsce.