Jeżeli organ podatkowy zweryfikował zeznanie, określając podatek w innej wysokości, podatnik nie może domagać się stwierdzenia nadpłaty.
Na wokandę Naczelnego Sądu Administracyjnego trafiła sprawa podatnika, który złożył zeznanie w podatku od osób fizycznych za 1999 rok. W PIT wykazał nadpłatę. Organ podatkowy zweryfikował zeznanie, określając podatek, w tym również zaległość podatkową. Sprawa trafiła do sądu administracyjnego, który jednak utrzymał decyzję organów podatkowych w mocy. Podatnik nie dał za wygraną i dwa lata później wystąpił z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty. Problem tylko w tym, że domagał się zwrotu nadpłaty tego, co organ podatkowy zweryfikował swoją decyzją. Organy podatkowe odmówiły więc zwrotu pieniędzy. Sprawa ponownie trafiła do sądu administracyjnego.
Sąd I instancji oddalił skargę podatnika. W uzasadnieniu podkreślił, że w sprawie wydano prawomocne decyzje i wyrok. Spór dotyczący tego, czy można wnosić o stwierdzenie nadpłaty co do okresów, dla których wydano już decyzje określające i prawomocny wyrok sądu musiał więc rozstrzygnąć NSA, który oddalił skargę kasacyjną podatnika.
NSA podkreślił, że w przypadku, gdy podatek podlega samoobliczeniu, podatnik może sam kształtować swoje zobowiązanie. Między innymi ma prawo do korekty. Uprawnienie to przysługuje jednak do momentu wszczęcia postępowania podatkowego. Wszczęcie postępowania powoduje, że obowiązek wyliczenia zobowiązania przechodzi na organ podatkowy. W tym czasie uprawnienie do korekty ulega zawieszeniu i przysługuje nadal tylko pod warunkiem niewydania decyzji. Wydanie rozstrzygnięcia przez organ podatkowy w zakresie podatku za dany okres definitywnie kończy możliwość jego korekty. Nie ma więc wątpliwości, że po wydaniu ostatecznych decyzji weryfikujących zobowiązanie podatnika i prawomocnego wyroku sądu, podatnik nie może domagać się stwierdzenia nadpłaty za ten sam okres. Sytuację podatnika mogłoby zmienić tylko ewentualne wzruszenie decyzji, co w opisywanej sprawie nie miało miejsca – zastrzegł NSA. Wyrok jest prawomocny.
