W listopadzie 2003 r. została zarejestrowana spółka z o.o. zajmująca się wykonywaniem usług transportowych. W tym samym czasie została zgłoszona jako podatnik VAT w urzędzie skarbowym. Pierwszą fakturę wystawiono w kwietniu 2004 r. We wszystkich składanych do tej pory deklaracjach podatnik wykazywał zwrot VAT z tytułu wykonywania usług transportowych poza terytorium kraju - odbiorcą usług są podatnicy podatku od wartości dodanej z Niemiec i Holandii. W deklaracji VAT-7 spółka określa 180-dniowy termin zwrotu podatku.
Dla podatników, którzy rozpoczęli wykonywanie czynności opodatkowanych w okresie krótszym niż 12 miesięcy przed złożeniem zawiadomienia, o którym mowa w art. 97 ust. 1 ustawy o VAT, i nie złożyli kaucji gwarancyjnej, wydłużony okres zwrotu różnicy podatku trwa przez 12 miesięcznych okresów rozliczeniowych albo 4 kwartalne okresy rozliczeniowe, podczas których podatnik składa deklaracje podatkowe pod warunkiem terminowego rozliczania się z podatków stanowiących dochód budżetu państwa, w tym również jako płatnik podatku dochodowego od osób fizycznych.
Mechanizm opodatkowania transakcji wewnątrzwspólnotowych powoduje, że faktyczne ich opodatkowanie ma miejsce w państwie, w którym następuje konsumpcja towarów (usług). Równocześnie, stosownie do art. 86 ust. 8 pkt 1 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług, podatnik dokonujący dostawy lub świadczący usługi poza terytorium kraju zachowuje prawo do odliczenia podatku naliczonego od zakupów towarów i usług związanych z dostawami i usługami wykonywanymi poza terytorium Polski. Przepisy ustawy o VAT dla nowo powstałych podatników, jak również dla tych, którzy prowadzą działalność krócej niż 12 miesięcy, a którzy dokonują transakcji wewnątrzwspólnotowych, stwarzają możliwość składania kaucji gwarancyjnych, co umożliwia im uzyskiwanie zwrotu nadwyżki podatku w terminie 60 dni.
Niezłożenie kaucji spowoduje natomiast, że zgodnie z art. 97 ust. 5 ustawy, termin zwrotu różnicy podatku, o którym mowa w art. 87 ust. 2, 4–6, wydłuży się do 180 dni. Ten stan będzie trwał przez 12 kolejnych miesięcznych okresów rozliczeniowych, ewentualnie przez 4 kwartalne. Dopiero po tym czasie nowy podmiot będzie miał prawo do stosowania zasad i terminów zwrotu różnicy podatku takich jak dla wszystkich podatników. Przepis art. 97 ust. 6 nie odnosi się zatem ani do daty rejestracji podmiotu do celów podatkowych, ani też do daty wystawienia pierwszej faktury. Innymi słowy – zwrot nadwyżki podatku na zasadach ogólnych będzie przysługiwał nowemu podatnikowi, począwszy od 13 kolejnej deklaracji VAT-7, jednak pod warunkiem terminowego regulowania podatków, w tym również jako płatnik podatku dochodowego od osób fizycznych.
• art. 86 ust. 8 pkt 1, art. 87 ust. 2, 4–6 i art. 97 ust. 5 i 6 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług – Dz.U. Nr 54, poz. 535
