TSUE: Urzędy skarbowe nie mogą automatycznie wykreślać firm z rejestru VAT za zaległości

• Kiedy wykreślenie z rejestru VAT?
• Wykreślenie z rejestru VAT może narazić firmę na straty finansowe
• Proces z kontrahentem o niezapłacone faktury
• Czy organy powinny badać okoliczności towarzyszące nieuregulowaniu VAT?
• Organy muszą dokładnie przeanalizować zachowanie podatnika
• Podsumowanie

TSUE uznał, że urzędy skarbowe nie mogą automatycznie wykreślać firm z rejestru VAT wyłącznie za niepłacenie podatku – muszą najpierw zbadać przyczyny i okoliczności naruszeń. Wyrok z kwietnia 2025 roku potwierdza wcześniejsze stanowisko polskich sądów administracyjnych i może uchronić tysiące przedsiębiorców przed drastycznymi konsekwencjami pochopnych decyzji fiskusa. To szczególnie istotne dla firm przeżywających trudności płatnicze czy zaangażowanych w spory z kontrahentami, które dotychczas ryzykowały utratę statusu podatnika VAT nawet w przypadku uzasadnionych opóźnień w rozliczeniach.

Kiedy wykreślenie z rejestru VAT?

Przepisy polskiej ustawy o podatku od towarów i usług stanowią, że zaprzestanie przez firmę wykonywania działalności podlegającej opodatkowaniu VAT daje naczelnikowi urzędu skarbowego podstawę do wykreślenia takiego przedsiębiorcy z rejestru VAT. Naczelnik z urzędu wykreśla podatnika z rejestru w przypadku śmierci podatnika, a także m.in.:

• gdy wystawiał on puste faktury, albo
• gdy prowadząc działalność gospodarczą wiedział lub miał uzasadnione podstawy przypuszczać, że jego kontrahenci uczestniczą w nierzetelnym rozliczaniu podatku w celu osiągnięcia korzyści majątkowej.

Art. 96 ust. 9a pkt 2 ustawy o VAT przewiduje również, że organ z urzędu wykreśla z rejestru VAT przedsiębiorcę, który nie złożył deklaracji VAT za kolejne 3 miesiące lub za kwartał.

Wykreślenie z rejestru VAT może narazić firmę na straty finansowe

W jednej ze spraw wykreślonego z rejestru przedsiębiorcy, WSA w Warszawie podkreślił, że podatnicy powinni być chronieni przed pochopnym i nieuzasadnionym wykreślaniem z rejestru VAT. Bo choć mają oni możliwość przywrócenia zarejestrowania, to przywrócenie nie zrekompensuje wszystkich negatywnych skutków wykreślenia, które naraża firmę na straty finansowe, wizerunkowe i może hamować jej rozwój (wyrok z 13 maja 2021 r., sygn. akt III SA/Wa 1986/20).

Proces z kontrahentem o niezapłacone faktury

Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej 3 kwietnia 2025 r. orzekł, że przepisy unijnej dyrektywy VAT sprzeciwiają się uregulowaniom prawa państwa członkowskiego, które przewidują możliwość wykreślenia z rejestru VAT podatnika z tego względu, że nie dopełnił on obowiązków z tytułu VAT, bez zbadania charakteru popełnionych naruszeń i zachowania danego podatnika.

Firma z branży budowalnej została w Bułgarii objęta kontrolą podatkową, w rezultacie której tamtejszy organ skarbowy wykreślił ją z rejestru VAT. Podstawą wykreślenia było nieuregulowanie należnego VAT za 5 okresów rozliczeniowych pomiędzy wrześniem 2013 r. a czerwcem 2018 r. Spółka broniła się, że sporny VAT wynikał z faktur wystawionych jednemu z kontrahentów, który nie zapłacił wynikającego z tych faktur VAT-u. Spółka wytoczyła temu kontrahentowi proces w tej sprawie. Firma odwołała się od decyzji organu skarbowego wskazując na ww. okoliczność. Tłumaczyła, że nie uregulowała VAT właśnie z uwagi na oczekiwanie na wynik ww. procesu.

Czy organy powinny badać okoliczności towarzyszące nieuregulowaniu VAT?

Bułgarski sąd administracyjny wystąpił do TSUE z zapytaniem o zgodność bułgarskich przepisów ustawy o podatku od towarów i usług z unijną dyrektywą VAT w zakresie, w jakim pozwalają one organom podatkowym na wykreślanie podatnika z rejestru VAT bez uwzględniania indywidualnych okoliczności sprawy, m.in. takich jak istnienie sporu gospodarczego związanego ze przedmiotowym podatkiem, jedynie w oparciu o stwierdzenie dopuszczenia się przez tego podatnika formalnych naruszeń prawa. W skrócie, sąd zapytał TSUE, czy do wykreślenia z rejestru wystarczające jest samo stwierdzenie przez organ dopuszczenia się uchybień w rozliczeniach VAT przez podatnika, czy jednak organy powinny brać pod uwagę okoliczności towarzyszące dopuszczeniu się tych uchybień.

Polecamy: Komplet podatki 2025

Organy muszą dokładnie przeanalizować zachowanie podatnika

TSUE przypomniał, że w braku harmonizacji przepisów państwa członkowskiego z prawem UE w zakresie stosowanych wobec podatników sankcji, państwo to może dokonać wyboru sankcji jakie uzna za odpowiednie. Musi to jednak czynić z poszanowaniem unijnego prawa i jego zasad ogólnych, w tym reguł proporcjonalności i neutralności podatkowej, a także przestrzegać wymogów dobrej administracji, mających zastosowanie m.in. w toku kontroli podatkowej. Trybunał stwierdził, że wykreślenia z rejestru VAT podatnika, który naruszył swoje obowiązki w rozliczeniach, bez zbadania charakteru tych naruszeń, nie można uznać za sankcję zgodną z ww. zasadami i wymogami. Bez dogłębnej analizy jego zachowania nie jest możliwe poznanie charakteru samego oszustwa, a więc i tego, czy wymierzona kara (wykreślenia) jest proporcjonalna, czy zbyt dotkliwa. Także czy nie wykracza ponad to, co jest konieczne do zapewnienia prawidłowości funkcjonowania systemu VAT. Potencjalni nabywcy towarów lub usług mogą zostać zniechęceni do zawierania transakcji z taką wykreśloną z rejestru firmą, co w konsekwencji może skutkować zmuszeniem jej do zakończenia swojej działalności (sprawa C-164/24, Cityland EOOD, z 3 kwietnia 2025 r.).

Podsumowanie

Kwestia wykreślenia z VAT może mieć fundamentalne znaczenie dla funkcjonowania niektórych przedsiębiorców. I nie działa tu podnoszony przez organy argument, że jeśli urząd nie miał racji, to podatnik zawsze może domagać się przywrócenia do rejestru VAT. Jak słusznie zauważył m.in. warszawski sąd w przywołanym wyroku III SA/Wa 1986/20, wykreślenie nie ma jedynie natury czysto technicznej. Zasadniczo wpływa na sferę praw i obowiązków przedsiębiorcy, określonych w ustawie o VAT. Przede wszystkim wpływa na możliwość odliczania VAT. Długotrwałe pozbawienie firmy tej możliwości, może przyczynić się do likwidacji działalności, o czym wspomniał TSUE.