Częściowe odliczanie VAT związanego z nabyciem towarów lub usług sfinansowanych z subwencji stosowane przez podatników wykonujących wyłącznie czynności opodatkowane jest sprzeczne z przepisami szóstej dyrektywy - orzekł Europejski Trybunał Sprawiedliwości (Sygn. akt C-204/03).
W wyroku z 6 października 2005 r. Europejski Trybunał Sprawiedliwości (ETS) przypomniał, że mechanizm częściowego odliczenia podatku od wartości dodanej poniesionego przez podatników wykonujących wyłącznie czynności opodatkowane przy istnieniu przepisu szczególnego ograniczającego możliwość odliczenia VAT od zakupu towarów lub usług finansowanych za pomocą subwencji jest niezgodny z unijną dyrektywą. Konkretnie zaś sprzeczny jest z art. 17 ust. 2 i 5 oraz art. 19 szóstej dyrektywy Rady 77/388/EWG z dnia 17 maja 1977 r. w sprawie harmonizacji ustawodawstw Państw Członkowskich w odniesieniu do podatków obrotowych – wspólny system podatku od wartości dodanej.
Wyrok został wydany w konsekwencji wniesienia skargi przez Komisję Wspólnot Europejskich na przepisy ustawy nr 37/1992 z dnia 28 grudnia 1992 r. o podatku od wartości dodanej obowiązującej w Hiszpanii. Zaskarżone przepisy przewidują stosowanie mechanizmu częściowego odliczenia w stosunku do wszystkich podatników otrzymujących subwencje przeznaczone na finansowanie ich działalności handlowej lub zawodowej, które nie są wliczane do podstawy opodatkowania VAT. Powoduje to zawężenie zakresu przysługującego podatnikom prawa do odliczenia VAT. Hiszpańskie przepisy stanowią ponadto, że subwencje przyznane na finansowanie nabycia określonych towarów lub usług nie powodują zastosowania mechanizmu częściowego odliczenia i ograniczają prawo do odliczenia zapłaconego VAT w zakresie odpowiadającym części ceny towaru lub usługi sfinansowanej z subwencji.
Według ETS, zgodnie z szóstą dyrektywą stosowanie mechanizmu częściowego odliczenia do podatników otrzymujących subwencje, które nie są wliczane w cenę towaru lub świadczonej usługi i nie wchodzą do podstawy opodatkowania podatkiem VAT, jest dopuszczalne jedynie w przypadku tzw. podatników mieszanych. Podatnicy mieszani to tacy, którzy wykonują jednocześnie czynności dające prawo do odliczenia oraz czynności niedające takiego prawa. ETS stwierdził, że nie może mieć miejsca sytuacja częściowego odliczenia stosowana do tzw. podatników całkowitych, którzy dokonują wyłącznie transakcji dających prawo do odliczenia.
