Co szczególnie kontroluje skarbówka w 2026 r. Tematy wysokiego ryzyka wg ekspertów i przedsiębiorców (raport)

• Kontrole VAT - stały monitoring i szybkie wykrywanie nieprawidłowości
• CIT - w centrum uwagi grupy międzynarodowe i podmioty wykazujące straty
• Podatek u źródła (WHT) - wysokie ryzyko finansowe i spory o należytą staranność
• Kontrole PIT - masowe czynności sprawdzające i analiza danych
• Ceny transferowe - mniej kontroli, więcej analityki
• Akcyza - mniej kontroli, ale wyższe ryzyko finansowe
• Weryfikacja rozliczeń jako codzienność

Takie wnioski płyną z drugiej edycji raportu „Przedsiębiorcy pod lupą fiskusa. Niełatwe relacje podatników i organów podatkowych", przygotowanego przez ekspertów MDDP we współpracy z Konfederacją Lewiatan.

Kontrole VAT - stały monitoring i szybkie wykrywanie nieprawidłowości

Najbardziej widoczne jest to w obszarze VAT, który w praktyce staje się przedmiotem niemal nieprzerwanego monitoringu. Administracja skarbowa, korzystając z narzędzi takich jak JPK, kasy online oraz przede wszystkim KSeF, ma dostęp do danych w czasie rzeczywistym, co umożliwia szybkie wychwytywanie nieprawidłowości. Coraz większą wagę przywiązuje się przy tym do rzeczywistego charakteru badanych transakcji. Szczególna uwaga koncentruje się na zwrotach VAT oraz branżach uznawanych za podwyższonego ryzyka, takich jak transport, tekstylia, budownictwo czy e-commerce.

CIT - w centrum uwagi grupy międzynarodowe i podmioty wykazujące straty

Równolegle rośnie znaczenie CIT. Kontrole w tym obszarze koncentrują się przede wszystkim na podmiotach należących do międzynarodowych grup kapitałowych oraz na podatnikach wykazujących straty podatkowe, co odzwierciedla rosnące zainteresowanie organów rzeczywistym modelem rozliczeń w strukturach transgranicznych.

Osobnym zagadnieniem pozostaje estoński CIT. Organy coraz częściej weryfikują spełnienie warunków wejścia do tego modelu opodatkowania, w tym prawidłowość sporządzenia sprawozdania finansowego na dzień poprzedzający wejście w estoński CIT oraz poprawność złożenia zawiadomienia ZAW-RD.

Podatek u źródła (WHT) - wysokie ryzyko finansowe i spory o należytą staranność

Wysoki poziom ryzyka koncentruje się również w obszarze podatku u źródła. To jeden z najbardziej wymagających obszarów, w którym łączy się istotna niepewność interpretacyjna oraz wysoka wartość potencjalnych uszczupleń. Organy szczegółowo analizują status beneficjenta rzeczywistego, ekonomiczną substancję transakcji oraz samodzielność decyzyjną zagranicznego odbiorcy płatności. W praktyce oczekują od płatników pogłębionej wiedzy o zagranicznych kontrahentach i sposobie wykorzystania płatności dokonywanych z Polski. Coraz częściej przedmiotem sporu staje się też zachowanie należytej staranności przez płatnika przy weryfikacji warunków zastosowania preferencji podatkowych.

Kontrole PIT - masowe czynności sprawdzające i analiza danych

Zmienia się także charakter działań w podatku PIT. W tym obszarze istotną rolę odgrywają czynności sprawdzające prowadzone na dużą skalę, często oparte na analizie danych. Organy koncentrują się przede wszystkim na opodatkowaniu działalności gospodarczej, obowiązkach płatników PIT oraz dochodach zagranicznych podatników.

Raport wskazuje, że mimo spadku liczby czynności sprawdzających dotyczących dochodów zagranicznych podatników PIT, w 2025 r. odnotowano rekordowe kwoty zaległości w tym obszarze. Może to świadczyć o coraz lepszej metodologii typowania podatników do weryfikacji oraz skuteczniejszej wymianie informacji między polskim fiskusem a administracjami innych państw.

Ceny transferowe - mniej kontroli, więcej analityki

W obszarze cen transferowych kontrole są coraz rzadsze, ale bardziej zaawansowane i silnie oparte na danych. Kluczowe znaczenie ma spójność informacji prezentowanych w TPR, dokumentacji cen transferowych, analizach porównawczych, księgach rachunkowych i sprawozdaniach finansowych, a także zgodność tych danych z rzeczywistym modelem rozliczeń w grupie. Organy szczególną uwagę poświęcają transakcjom operacyjnym, zwłaszcza towarowym i usługowym, oraz metodom opartym na analizie marży, w tym metodzie TNMM. Coraz częściej widoczna jest też powtarzalność kontroli, czyli powrót do tych samych podatników w kolejnych latach - co pokazuje, że raz zidentyfikowane ryzyko może mieć charakter długofalowy.

Akcyza - mniej kontroli, ale wyższe ryzyko finansowe

Specyficzną kategorią pozostaje akcyza. Liczba kontroli w tym obszarze jest ograniczona, lecz jednostkowa wartość ustaleń może być bardzo wysoka. Ryzyko dotyczy przede wszystkim prawidłowego stosowania zwolnień oraz rzetelności dokumentacji w obrocie wyrobami akcyzowymi. W praktyce oznacza to, że mimo mniejszej skali działań kontrolnych akcyza pozostaje obszarem, w którym ewentualne błędy mogą prowadzić do istotnych konsekwencji finansowych.

Weryfikacja rozliczeń jako codzienność

Z powyższych obserwacji płynie jeden wspólny wniosek: weryfikacja rozliczeń podatkowych jest dziś elementem codziennej rzeczywistości podatników. Najczęstszą formą tej weryfikacji pozostają czynności sprawdzające, natomiast do najpoważniejszych tematów należą kontrole celno-skarbowe. To one wiążą się z największym ryzykiem dla podatnika, ponieważ organ wszczyna je już z udokumentowanym podejrzeniem nieprawidłowości, co z reguły przekłada się na większą skalę ustaleń i konsekwencji finansowych.

Prezentacja raportu dotyczącego kontroli podatkowych i czynności sprawdzających prowadzonych przez Krajową Administrację Skarbową odbyła się podczas X edycji Kongresu Rady Podatkowej, zorganizowanego przez Konfederację Lewiatan w dniach 16-17 czerwca 2026 r. MDDP było partnerem wydarzenia.

Źródło informacji: Konfederacja Lewiatan