Opodatkowanie zakładów pracy chronionej

Takie stanowisko zajął Naczelny Sąd Administracyjny w uchwale siedmiu sędziów. Poszerzony skład musiał zająć się problemem, jak ocenić skutki wyroku Trybunału Konstytucyjnego w sprawie ulg podatkowych dla Zakładów Pracy Chronionej. Wątpliwości w tej sprawie nasunęły się jednemu ze składów orzekających NSA, który rozpatrywał skargę kasacyjną Zakładu Pracy Chronionej. Spór z organami podatkowymi o zwrot m.in. VAT miał swoją bezpośrednią przyczynę w innym wyroku dotyczącym ulg, jakie przysługiwały ZPChr przed 2000 r. (m.in. zwolnienia z wpłat VAT do urzędu skarbowego). Po tym, jak przepisy te zmieniły się na niekorzyść ZPChr, podatnicy zwrócili się do Trybunału Konstytucyjnego. Okazało się bowiem, że część podatników objętych wydanymi na okres trzech lat decyzjami w sprawach przyznania statusu zakładu pracy chronionej i korzystających w związku z tym m.in. ze zwolnienia z wpłat do urzędu skarbowego należności z tytułu VAT straciło z dnia na dzień te przywileje. Przyczyną był brak przepisów przejściowych, które złagodziłyby skutki wprowadzonej zmiany w stosunku do podatników, którzy zaczęli długofalowe inwestycje na rzecz osób niepełnosprawnych. TK w wyroku z 25 czerwca 2002 r. (sygn. akt K 45/01) uznał niekonstytucyjność takiej zmiany.

Autopromocja

Radosław Kowalski

Szkolenie online

Akademia podatków 2026/2027 – Edycja 11

13.10 | 18.11 | 8.12 | 13.01.2027 r., 10:00-15:00 online, na żywo + nagranie

Zapisz się

Szybko się jednak okazało, że problemy podatników nie skończyły się. Mimo że podatnicy zaczęli występować o zwrot nadpłaconego VAT, organy podatkowe konsekwentnie zwrotu im odmawiały. Organy podatkowe zasłaniały się tym, że ustawodawca do dziś nie uzupełnił błędu, jaki wytknął mu przy nowelizacji TK. Tym samym wskazywały, że brak przepisów przejściowych uniemożliwia im załatwienie wniosków podatników, których dotyczy orzeczenie TK.

Wątpliwości miał też skład orzekający, dlatego zapytał, czy podatnicy prowadzący ZPChr, którzy przed upływem 3-letniego terminu rozpoczęli realizację decyzji długofalowych na rzecz osób niepełnosprawnych, byli zwolnieni od wpłat VAT do urzędu skarbowego na podstawie przepisu zakładającego zwolnienia w brzmieniu z 30 listopada 1999 r. Tym samym poszerzony skład NSA musiał wyjaśnić czy wobec niekonstytucyjności orzeczonej przez TK możliwa jest „reanimacja” przepisów, które obowiązywały podatników, a których sprawy były w toku.

Poszerzony skład co prawda nie uznał za konieczną „reanimację” przepisów, ale i tak opowiedział się po stronie podatników. W uchwale wskazał, że podatnicy – których dotyczy orzeczenie Trybunału Konstytucyjnego, w zakresie, w jakim nie przewiduje regulacji przejściowych niezbędnych dla zapewnienia ochrony interesów prowadzących Zakłady Pracy Chronionej, a którzy w zaufaniu do dotychczasowych przepisów rozpoczęli realizację długookresowych przedsięwzięć na rzecz osób niepełnosprawnych zatrudnionych w ich zakładach – mogą ubiegać się o stwierdzenie nadpłaty. W ocenie NSA podstawą do ubiegania się o zwrot nadpłaty jest w tym przypadku bezpośrednio art. 190 ust. 4 Konstytucji RP. Przepisami zaś określającymi zasady i tryb postępowania, o których mowa w art. 190 ust. 4 Konstytucji RP, będą przepisy Ordynacji podatkowej, które regulują instytucję nadpłaty.