Zwolniona z podatku jest tylko część uposażenia żołnierza związana z odbywaniem służby wojskowej poza granicami kraju, np. na misjach wojskowych. Dotyczy to też okresu sprzed 1 stycznia 2003 r.
Kwestia opodatkowania wynagrodzeń i uposażenia żołnierzy, którzy służbę odbywali nie tylko w kraju, ale i za granicą była w różny sposób oceniana przez sądy administracyjne. Problem sprawiał art. 21 ust. 1 pkt 83 ustawy z dnia 26 lipca 1991 roku o podatku dochodowym od osób fizycznych (t.j. Dz.U. z 2000 r. nr 14, poz. 176 z późn. zm.). Stanowi on o zwolnieniu należności pieniężnych wypłaconych policjantom, żołnierzom i pracownikom cywilnym jednostek wojskowych użytych z tytułu służby za granicami kraju, m.in. w konflikcie zbrojnym czy misji pokojowej. Sformułowanie przepisu do 1 stycznia 2003 r. mogło wskazywać, że ustawodawca nie wprowadził żadnego ograniczenia dotyczącego zwolnienia. W praktyce spowodowało to rozbieżności w orzecznictwie sądowym. Niektóre składy orzekające pozwalały na zwolnienie całego wynagrodzenia żołnierza odbywającego służbę za granicą, czyli część z tytułu udziału w misji, jak i tę z tytułu zajmowanego stanowiska w Polsce. Inne podkreślały, że jest to zbyt daleko idące i że celem zwolnienia było tylko preferencyjne traktowanie pieniędzy za zagraniczne misje.
Zdaniem NSA, zamiarem ustawodawcy było zwolnienie tylko tej części wynagrodzenia, które jest związane ze misjami zagranicznymi.
Problem z opodatkowaniem wynagrodzenia dotknął żołnierza, którego sprawą zajął się ostatecznie Naczelny Sąd Administracyjny. Spór dotyczył rozliczenia podatku dochodowego za 2002 rok. Podatnik wraz z małżonką wystąpili do urzędu skarbowego o stwierdzenie nadpłaty. Wskazali, że jednostka wojskowa, w której służył skarżący, pobierała zaliczki na podatek od jego wynagrodzenia w kraju. A nie powinna tego robić, bo pełnił on obowiązki wojskowe za granicą.
Organy podatkowe odmówiły zwrotu pieniędzy. Rację przyznał im sąd I instancji. Wskazał, że zwolnienie dotyczy tylko tej części wynagrodzenia i uposażenia, które odnosi się do służby poza granicami kraju.
Spór trafiła na wokandę NSA. W skardze kasacyjnej podatnik wskazał, że wykładnia fiskusa i sądu jest błędna. Przepis nie określa, w jakim zakresie stosowane ma być zwolnienie.
Przeciwnego zdania był pełnomocnik organów podatkowych. Przekonywał, że interpretacja podatnika godzi w zasadę powszechności opodatkowania. NSA podzielił tę argumentację. Oddalając skargę opowiedział się za ograniczeniem zwolnienia. Wskazał, że zamiarem ustawodawcy było zwolnienie tylko tej części wynagrodzenia, które jest związane z misjami zagranicznymi. Bez wpływu na to pozostaje zmiana, którą wprowadzono do ustawy od 1 stycznia 2003 roku, bo było to tylko uszczegółowienie zakresu zwolnienia.
