Opłata rejestracyjna, którą zapłacił dealer samochodowy przy rejestracji auta, nie jest uwzględniania w podstawie opodatkowania VAT przy sprzedaży samochodu.
W wyroku C-98/05 z 1 czerwca 2006 r. Europejski Trybunał Sprawiedliwości potwierdził, że państwa członkowskie mogą wprowadzić opłatę od rejestracji nowych pojazdów samochodowych. W takim przypadku osobą zobowiązaną do zapłaty jest nabywca pojazdu, a opłatę płaci dealer samochodowy. W razie zapłacenia tej opłaty rejestracyjnej przez sprzedawcę (dealera) stanowi ona kwotę wyłożoną przez sprzedawcę w imieniu i na rachunek nabywcy.
W ramach umowy sprzedaży samochodu, która przewiduje, że sprzedawca dostarcza kupującemu pojazd już zarejestrowany za cenę obejmującą opłatę rejestracyjną, opłata ta nie wchodzi w zakres pojęcia podatków, ceł, opłat i innych należności w rozumieniu art. 11 część A ust. 2 lit. a) szóstej dyrektywy. Zgodnie z tym przepisem do podstawy opodatkowania wlicza się podatki, cła, opłaty i inne należności, z wyjątkiem samego podatku od wartości dodanej. Podstawa opodatkowania nie obejmuje natomiast kwot otrzymanych przez podatnika od nabywcy lub klienta jako zwrot wydatków, wypłaconych na nazwisko (poniesionych w imieniu) i na rachunek tego ostatniego, i które są wpisane w jego księgowości na rachunkach przejściowych. W konsekwencji oznacza to, że opłata rejestracyjna płacona wstępnie przez dealera samochodowego nie stanowi podstawy opodatkowania VAT przy dostawie samochodu. Opłata ta odpowiada kwocie otrzymanej przez podatnika od nabywcy pojazdu tytułem zwrotu wydatków poniesionych w imieniu i na rachunek klienta.
