Omyłkowe przesłanie faktur do KSeF. Czy korekta jest konieczna?

• Omyłkowe przesłanie faktur do KSeF
• Stanowisko dyrektora KIS

Omyłkowe przesłanie faktur do KSeF

Sprawa dotyczyła podatnika prowadzącego działalność gospodarczą polegającą na sprzedaży towarów, który jest czynnym podatnikiem VAT. W związku z przygotowaniami do obowiązkowego korzystania z KSeF od 1 kwietnia 2026 r. wdrażał integrację swojego systemu finansowo-księgowego z Krajowym Systemem e-Faktur. W trakcie testów, przeprowadzonych 24 marca 2026 r., doszło do błędu technicznego, w wynik, którego do KSeF omyłkowo przesłano 2568 faktur wystawionych wcześniej w lutym i marcu 2026 r.

Faktury te zostały wcześniej prawidłowo wystawione poza KSeF, przekazane kontrahentom w formie elektronicznej, ujęte w ewidencjach VAT oraz rozliczone w plikach JPK_VAT. Dokumentowały rzeczywiście dokonane transakcje, obejmujące zarówno sprzedaż krajową, jak i wewnątrzwspólnotowe dostawy towarów. Omyłkowe przesłanie ich do KSeF nastąpiło wyłącznie w wyniku błędu podczas testów integracyjnych i nie było związane z zamiarem ponownego wystawienia tych dokumentów. Mimo to fakturom zostały nadane numery identyfikacyjne KSeF.

W związku z zaistniałą sytuacją wnioskodawca zwrócił się o potwierdzenie, czy omyłkowo przesłane do KSeF faktury mogą pozostać w systemie bez konieczności wystawiania faktur korygujących. Powziął również wątpliwość, czy samo nadanie dokumentom numerów identyfikacyjnych KSeF powoduje obowiązek ich formalnego skorygowania oraz czy w opisanej sytuacji konieczne jest podejmowanie jakichkolwiek działań korygujących.

Zdaniem wnioskodawcy, omyłkowe zapisanie faktur w KSeF nie powinno skutkować obowiązkiem ich korygowania. Podkreślił, że w okresie, którego dotyczyły faktury, korzystanie z KSeF miało charakter dobrowolny, a wszystkie dokumenty zostały zgodnie z przepisami wystawione poza systemem, doręczone kontrahentom oraz prawidłowo rozliczone. W jego ocenie późniejsze przesłanie tych samych faktur do KSeF nie doprowadziło do ponownego dokonania sprzedaży ani do powstania nowego obowiązku podatkowego. Było ono wyłącznie skutkiem błędu technicznego podczas testów integracyjnych, dlatego brak jest podstaw do wystawiania faktur korygujących wyłącznie z powodu ich omyłkowego zapisania w systemie.

Stanowisko dyrektora KIS

Dyrektor KIS nie zgodził się z tym stanowiskiem. W pierwszej kolejności zwrócił uwagę, że po przyjęciu faktury przez KSeF i nadaniu jej numeru identyfikacyjnego dokument staje się elementem obrotu prawnego. Jednocześnie obowiązujące przepisy nie przewidują możliwości usunięcia, anulowania ani edytowania faktury, która została już przyjęta przez system. Oznacza to, że sam fakt omyłkowego przesłania dokumentu do KSeF nie pozwala na jego „wycofanie” z systemu.

Organ wskazał również, że w analizowanej sprawie do KSeF trafiły faktury dokumentujące transakcje, które wcześniej zostały już prawidłowo udokumentowane i funkcjonowały w obrocie gospodarczym poza systemem. W konsekwencji doszło do ponownego wprowadzenia do obrotu faktur dotyczących tych samych czynności. Z tego względu, zdaniem Dyrektora KIS, jedynym sposobem wyeliminowania omyłkowo przesłanych dokumentów jest wystawienie faktur korygujących „do zera”.

Co istotne, organ podkreślił, że bez znaczenia pozostaje fakt, iż zdarzenie miało miejsce jeszcze przed objęciem wnioskodawcy obowiązkiem korzystania z KSeF, a także to, że przesłanie dokumentów było wyłącznie skutkiem błędu technicznego podczas testów. W jego ocenie okoliczności te nie zmieniają faktu, że dokumenty otrzymały numery identyfikacyjne KSeF i zostały skutecznie wprowadzone do systemu.

Interpretacja jest o tyle istotna, że wskazuje nie tylko sposób postępowania z omyłkowo przesłanymi fakturami, ale również wyjaśnia, dlaczego w ocenie organu konieczne jest ich skorygowanie. Dyrektor KIS zwrócił uwagę, że pozostawienie takich dokumentów w KSeF mogłoby bowiem prowadzić do sytuacji, w której ta sama transakcja byłaby udokumentowana dwoma fakturami. W konsekwencji mogłoby powstać ryzyko zastosowania art. 108 ustawy o VAT, przewidującego obowiązek zapłaty podatku wykazanego na fakturze.

Interpretacja stanowi zatem praktyczną wskazówkę dla podatników. Pokazuje bowiem, że nawet jednorazowy błąd techniczny popełniony podczas testów integracyjnych powodujący wprowadzenie historycznych faktur do systemu może wymagać podjęcia działań korygujących.

Joanna Chwiralska - Doradca Podatkowy Supervisor ID Advisory

KSeF. Wystawianie i rozliczanie korekt