Skarbówka ciągnie Twoją kontrolę miesiącami? Od niedawna nie musi Cię to tyle kosztować w odsetkach. Sprawdź, czy znasz te przepisy

• Dwie ustawy, jeden cel: ochrona podatnika
• Zmiana nr 1: Koniec z odsetkami za opieszałość urzędu
• Zmiana nr 2: Wątpliwości co do faktów – tylko na korzyść podatnika
• Dlaczego to wszystko w zakresie nowelizacji prawa podatkowego jest ważne właśnie teraz – w 2026 roku?
• Jak w praktyce skorzystać z nowych przepisów? Krótka instrukcja

Dwie ustawy, jeden cel: ochrona podatnika

Jeszcze w październiku 2025 r. Prezydent RP złożył podpis pod dwiema odrębnymi, lecz powiązanymi nowelizacjami Ordynacji podatkowej. Choć nie są to bardzo obszerne akty prawne, wprowadzają istotne modyfikacje w procedurze podatkowej – z wyraźnym akcentem na korzyść podatników.

Nowelizacje te wpisują się w szerszy pakiet deregulacyjny, którego przygotowanie powierzono specjalnemu zespołowi kierowanemu przez Rafała Brzoskę. Przepisy zaczęły obowiązywać po 14 dniach od publikacji w Dzienniku Ustaw, czyli dokładnie od 4 listopada 2025 r. Choć przepisy weszły w życie jeszcze w 2025 roku, w końcówce ubiegłego roku wielu podatników mogło przegapić te zmiany – były świeże, brakowało jeszcze praktyki ich stosowania.

Teraz – w pierwszym pełnym roku kalendarzowym ich obowiązywania – nie ma już na to wymówki. Każdy, kto jest lub będzie objęty kontrolą podatkową albo postępowaniem wszczętym z urzędu, powinien znać te przepisy. Warto też wiedzieć, jak się na nie powoływać w praktyce.

Zmiana nr 1: Koniec z odsetkami za opieszałość urzędu

Do tej pory sytuacja wyglądała tak: urząd skarbowy wszczynał kontrolę, ta ciągnęła się miesiącami, a w razie stwierdzenia zaległości podatkowej – odsetki rosły przez cały ten czas. Nawet jeśli opóźnienie wynikało wyłącznie z powolności urzędników.

Po nowelizacji jest inaczej. Zgodnie z przyjętymi zasadami, gdy kontrola podatkowa lub celno-skarbowa nie zostanie zamknięta w ciągu 6 miesięcy od momentu jej rozpoczęcia, organy fiskalne tracą prawo do doliczania odsetek za zwłokę za okres przekraczający ten półroczny limit.

Przełóżmy to na konkrety. Po zmianach to fiskus poniesie konsekwencje swojej przewlekłości. Dla przedsiębiorcy kontrolowanego przez 18 miesięcy różnica na korzyść będzie wynosiła nienaliczone odsetki podatkowe za 1 rok. Przepisy mają pełnić funkcję motywacyjną wobec administracji skarbowej – zachęcać do sprawniejszego przeprowadzania kontroli. Co ważne – nowe regulacje stosuje się również do kontroli rozpoczętych do 6 miesięcy przed dniem wejścia ich w życie, pod warunkiem że nie zostały jeszcze zakończone.

Kiedy 6-miesięczny limit nie działa?

Przepisy przewidują sytuacje, w których termin naliczania odsetek nie podlega ograniczeniu – na przykład gdy:

• terminów przewidzianych w przepisach prawa podatkowego dla dokonania określonych czynności;
• okresów zawieszenia kontroli podatkowej i kontroli celno-skarbowej, z wyjątkiem przypadków, o których mowa w art. 119gb § 2 i art. 284a § 5 Ordynacji podatkowej;
• okresów opóźnień spowodowanych z winy strony lub jej przedstawiciela albo z przyczyn niezależnych od organu.

To oznacza, że limit 6 miesięcy nie jest bezwzględny – ale w standardowych przypadkach stanowi realną ochronę.

Co zrobić, gdy Twoja kontrola trwa dłużej niż 6 miesięcy?

Jeśli Twoja kontrola podatkowa trwa już ponad pół roku, masz konkretne narzędzia do obrony swoich praw. Po pierwsze – dokumentuj wszystko. Notuj daty kolejnych czynności kontrolnych i wszelkie opóźnienia leżące po stronie urzędu. Po drugie – złóż ponaglenie do organu wyższego stopnia (dyrektora izby administracji skarbowej), wskazując na przewlekłość postępowania.

Masz też prawo złożyć pismo do organu prowadzącego kontrolę, powołując się na art. 54 § 1 pkt 7c) Ordynacji podatkowej. Napisz w nim, kiedy kontrola się zaczęła, ile trwa i że żądasz niepobierania odsetek za okres przekraczający 6 miesięcy – zgodnie z przepisami obowiązującymi od 4 listopada 2025 r. Dołącz potwierdzenie daty wszczęcia kontroli.

Zmiana nr 2: Wątpliwości co do faktów – tylko na korzyść podatnika

Ta zmiana idzie jeszcze dalej. Wprowadza ona do Ordynacji podatkowej swoistą zasadę „domniemania niewinności", która dotychczas – choć dobrze znana z procesu karnego – formalnie nie była odzwierciedlona w procedurze podatkowej.

Dotychczas w Ordynacji podatkowej istniał art. 2a, który stanowił, że „Niedające się usunąć wątpliwości co do treści przepisów prawa podatkowego rozstrzyga się na korzyść podatnika." Ale ten przepis dotyczył wyłącznie wątpliwości prawnych – czyli sytuacji, gdy niejasne było, jak rozumieć przepis.

Teraz doszedł nowy art. 122 § 2 Ordynacji podatkowej. W postępowaniu podatkowym wszczętym z urzędu niedające się usunąć wątpliwości co do stanu faktycznego rozstrzyga się na korzyść strony, z wyjątkiem przypadków gdy:

• w postępowaniu uczestniczą strony o spornych interesach lub wynik postępowania ma bezpośredni wpływ na interesy innych osób;
• przepisy prawa wymagają od strony wykazania określonych faktów;
• sprzeciwia się temu ważny interes publiczny, w tym istotny interes państwa.

Co to oznacza w praktyce?

Wyobraź sobie taką sytuację: urząd skarbowy kwestionuje Twoje zeznanie roczne i twierdzi, że dany wydatek nie stanowił kosztu uzyskania przychodu, bo nabytej rzeczy nie wykorzystywałeś w firmie, tylko prywatnie. Urząd ma wątpliwości, ale nie potrafi wykazać w żaden sposób że wydatek był fikcyjny lub nie miał związku z działalnością. Przed nowelizacją nie miał zakazu rozstrzygnięcia takiej wątpliwej sytuacji na swoją korzyść. Teraz – w postępowaniu wszczętym z urzędu – powinien je rozstrzygnąć na Twoją, bo przepis wprost tak stanowi.

Kiedy ta zasada NIE działa?

Trzeba o tym pamiętać. Organ nie musi rozstrzygać wątpliwości na korzyść podatnika, jeśli:

• sprawa dotyczy stron o sprzecznych interesach lub wpływa na interesy osób trzecich;
• przepisy nakładają na stronę obowiązek wykazania faktów (np. ulgi, preferencje, koszty);
• sprzeciwia się temu ważny interes publiczny, w tym istotny interes państwa.

Ten ostatni wyjątek budzi największe obawy. Biorąc pod uwagę głęboko zakorzeniony fiskalizm organów podatkowych, należy brać pod uwagę możliwość, że przedmiotowa zasada nie spotka się z uznaniem organów podatkowych, a ostatnia z przesłanek stanie się wygodnym dla skarbówki wytrychem w każdej sprawie. Kluczowe będzie, jak urzędy zaczną interpretować „ważny interes publiczny" – czy potraktują go jako wąski wyjątek, czy jako furtkę do obchodzenia nowej zasady. Jednak sama zmiana jest dla podatników zdecydowanie korzystna. Organy podatkowe będą musiały staranniej gromadzić oraz oceniać materiał dowodowy, co podniesie jakość prowadzonych postępowań. Podatnik zyskuje natomiast realny argument w sytuacjach, w których stan faktyczny nie jest jednoznaczny — a to właśnie w takich sprawach dochodzi najczęściej do sporów z fiskusem.

Dlaczego to wszystko w zakresie nowelizacji prawa podatkowego jest ważne właśnie teraz – w 2026 roku?

Obydwie ustawy są już skuteczne i obowiązujące. Choć weszły w życie w listopadzie 2025 r., to 2026 będzie pierwszym pełnym rokiem obrachunkowym, w którym podatnicy mogą korzystać z tej ochrony.

Trwa okres rozliczeń rocznych PIT i CIT za 2025 rok. To właśnie teraz urząd skarbowy może zakwestionować Twoje zeznanie i wszcząć postępowanie kontrolne. Jeśli tak się stanie – powinieneś wiedzieć o nowych przepisach.

Warto też sprawdzić, czy nie jesteś objęty kontrolą, która ciągnie się od ubiegłego roku. Jeśli tak – masz prawo żądać ograniczenia odsetek na nowych zasadach, bo przepisy stosuje się również do postępowań będących w toku w momencie ich wejścia w życie.