REKLAMA

REKLAMA

Kategorie
Zaloguj się

Zarejestruj się

Proszę podać poprawny adres e-mail Hasło musi zawierać min. 3 znaki i max. 12 znaków
* - pole obowiązkowe
Przypomnij hasło
Witaj
Usuń konto
Aktualizacja danych
  Informacja
Twoje dane będą wykorzystywane do certyfikatów.

Kontrola celno-skarbowa a kontrola skarbowa - różnice

Michał Sroczyński
Doradca podatkowy
Kontrola celno-skarbowa a kontrola skarbowa - różnice
Kontrola celno-skarbowa a kontrola skarbowa - różnice

REKLAMA

REKLAMA

W jednym z wcześniejszych artykułów omówiono różnice między nową procedurą kontroli celno-skarbowej a jednocześnie obowiązującą procedurą kontroli podatkowej. Tym razem omówione zostaną różnice pomiędzy dawną kontrolą skarbową, której procedura nadal jest stosowana do spraw wszczętych przed wejściem nowych przepisów, a kontrolą celno-skarbową uregulowaną w ustawie o Krajowej Administracji Skarbowej – KAS.
rozwiń >

Czym różni się kontrola celno-skarbowa od kontroli podatkowej?

REKLAMA

REKLAMA

Podstawa prawna i organ właściwy

Postępowanie kontrolne prowadzone było na podstawie ustawy o kontroli skarbowej, a w zakresie nieuregulowanym na podstawie odpowiedniego stosowania Ordynacji podatkowej. Kontrola celno-skarbowa prowadzona jest na podstawie ustawy o KAS, z jednoczesnym odesłaniem do przepisów Ordynacji podatkowej w zakresie nieuregulowanym w ustawie o KAS.

REKLAMA

Autopromocja
Konferencja stacjonarna

V Ogólnopolskie Forum Biur Rachunkowych

16.09.2026 8:30-17:10 Warszawa

Praktyczna wiedza • Najlepsi Eksperci • Stoły dyskusyjne

Kontrola skarbowa prowadzona była przez dyrektorów urzędów kontroli skarbowej w formie postępowania kontrolnego, w ramach którego możliwe, ale nie obowiązkowe było przeprowadzenie kontroli podatkowej. Kolejność była zatem inna niż w standardowych kontrolach i postępowaniach prowadzonych przez naczelników urzędów skarbowych. Natomiast nowa kontrola celno-skarbowa prowadzona jest przez naczelników urzędów celno-skarbowych, a kolejność procedur jest taka jak w przypadku procedur stosowanych przez naczelników urzędów skarbowych.

Dalszy ciąg materiału pod wideo

Właściwość miejscową dyrektorów urzędów kontroli skarbowej ustalało się według miejsca zamieszkania albo adresu siedziby kontrolowanego, natomiast właściwość miejscowa naczelników urzędów celno-skarbowych obejmuje cale terytorium Rzeczpospolitej Polskiej.

W tym miejscu wskazać należy, ze zgodnie z przepisami przejściowymi postępowania kontrolne wszczęte przez dyrektorów urzędów kontroli skarbowej przed wejściem w życie ustawy o KAS zostały przejęte do dalszego prowadzenia przez naczelników urzędów celno-skarbowych jednak na podstawie uchylonej już ustawy o kontroli skarbowej. Oznacza to, że obecnie naczelnicy urzędów celno-skarbowych prowadzą czynności kontrolne w dwóch różnych trybach na podstawie nowych i starych przepisów: kontrole celno-skarbowe w sprawach wszczętych po wejściu w życie ustawy o KAS, oraz postępowania kontrolne w sprawach wszczętych przed jej wejściem w życie.

Wszczęcie kontroli (postępowania kontrolnego)

Kontrola skarbowa wszczynana była na podstawie postanowienia o wszczęciu postępowania kontrolnego, a poprzedzana była co do zasady zawiadomieniem o zamiarze wszczęcia takiego postępowania. W przypadku wszczęcia kontroli podatkowej w toku postępowania kontrolnego nie stosowano już zawiadomienia a jedynie upoważnienie do przeprowadzenia kontroli podatkowej. Nowa kontrola celno-skarbowa wszczynana jest już bez zawiadomienia na podstawie upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej.

Korekta deklaracji

W poprzednim stanie prawnym podatnik mógł złożyć korektę deklaracji przed formalnym wszczęciem postępowania kontrolnego, w następstwie otrzymania zawiadomienia o zamiarze wszczęcia postępowania. W ustawie o KAS przewidziano inne rozwiązanie kontrolowanemu przysługuje w terminie 14 dni od dnia doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej uprawnienie do skorygowania deklaracji w zakresie objętym tą kontrolą. W tej sytuacji pozostawiono uznaniu kontrolujących czy w ciągu 14 dni dokonają już ustaleń i poinformują o nich kontrolowanego, tak aby mógł złożyć korektę.

Stosowanie przepisów o swobodzie działalności gospodarczej

W ustawie o KAS wskazano wyraźnie, że do kontroli celno-skarbowej nie stosuje się przepisów ustawy o swobodzie działalności gospodarczej. Przedsiębiorcy bardzo się tego obawiają ponieważ oznacza to brak limitu jednoczesnych kontroli, brak limitów czasu trwania kontroli, czy brak możliwości wniesienia sprzeciwu. W praktyce jednak nic się nie zmienia, gdyż ustawy o swobodzie działalności gospodarczej nie stosowało się również do postępowania kontrolnego, a jedynie do nieobowiązkowej kontroli podatkowej wszczynanej w toku tego postępowania. Był to jeden z powodów dla, których dyrektorzy urzędów kontroli skarbowej niechętnie i niezmiernie rzadko wszczynali kontrolę podatkową w toku postępowania kontrolnego.

Polecamy: Monitor Księgowego – prenumerata

Uprawnienia organów

Uprawnienia KAS dotyczące kontroli w sprawach podatków w zasadzie się nie zmieniły. Wprawdzie w ustawie o KAS połączono uprawnienia kontroli skarbowej i Służby Celnej jednak te drugie mają zastosowanie tylko w sprawach celnych i akcyzowych. Nie dodano zatem nowych uprawnień dotyczących kontroli rozliczeń podatkowych przedsiębiorców, a jedynie kilka z nich zmodyfikowano lub nieznacznie rozszerzono.

W postępowaniu kontrolnym dyrektor urzędu kontroli skarbowej nie miał uprawnień do prowadzenia czynności w siedzibie kontrolowanego, ani w miejscu prowadzenia lub przechowywania ksiąg. Było to możliwe dopiero po wszczęciu kontroli podatkowej w toku postępowania kontrolnego. Przepis ten był nagminnie naruszany przez organy kontroli skarbowej. Natomiast w toku kontroli celno-skarbowej czynności kontrolne mogą być wykonywane w urzędzie celno-skarbowym, w siedzibie kontrolowanego, w miejscu prowadzenia lub przechowywania ksiąg podatkowych oraz w każdym innym miejscu związanym z prowadzoną przez kontrolowanego działalnością, w tym w lokalu mieszkalnym lub w miejscach, w których mogą się znajdować urządzenia, towary lub dokumenty dotyczące tych urządzeń, towarów lub czynności podlegających kontroli. Czynności kontrolne mogą być również wykonywane w innych urzędach obsługujących organy KAS. Ustawa o KAS wyłącza ponadto stosowanie przepisów nakładających na organy obowiązek zawiadomienia o terminie przeprowadzenia dowodu z zeznań świadków na 7 dni przed terminem. Oznacza to, że organy celno-skarbowe uzyskały możliwość zawiadomienia strony o przesłuchaniu świadków bezpośrednio przed dokonaniem czynności a tym samym możliwość uniemożliwienia udziału w przesłuchaniu stronie lub pełnomocnikowi, co z kolei może prowadzić do poważnych nadużyć


Zakończenie kontroli (postępowania kontrolnego)

Kontrola skarbowa prowadzona w formie postępowania kontrolnego nie miała terminu zakończenia uregulowanego w ustawie o kontroli skarbowej. Poprzez odpowiednie stosowanie Ordynacji podatkowej najczęściej wskazywano, że postępowanie kontrolne powinno zakończyć się nie później niż w terminie 2 miesięcy. Mimo, że jest to termin zarezerwowany dla spraw szczególnie skomplikowanych, stosowany był w prawie każdym przypadku, pomimo tego, że nie każda z tych spraw maiła szczególnie skomplikowany charakter. Obecnie wynika wprost z przepisu, że kontrola celno-skarbowa powinna być zakończona bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w terminie 3 miesięcy od dnia jej wszczęcia.

W toku kontroli skarbowej prowadzono jednocześnie kontrolę podatkową i postępowanie kontrolne lub samo postępowanie kontrolne. Kontrola podatkowa w toku postępowania kontrolnego kończyła się protokołem kontroli. Po zakończeniu kontroli postępowanie kontrolne toczyło się nadal. Przed zakończeniem postępowania organ wyznaczał stronie 7 dniowy termin, w którym ponownie przysługiwało prawo do złożenia korekty deklaracji zgodnie z ustaleniami kontroli. Jeżeli kontrolowany złożył korektę uwzględniającą ustalenia organu, lub nie stwierdzono nieprawidłowości wydawano wynik kontroli. Natomiast w przypadku, gdy kontrolowany nie zgadzał się z ustaleniami postępowanie kontrolne kończyło się decyzją.

Kontrola celno-skarbowa kończy się wynikiem kontroli w każdym przypadku (co może być mylące ponieważ ten sam dokument w nieobowiązującej już kontroli skarbowej miał zupełnie inne znaczenie). W terminie 14 dni od dnia doręczenia wyniku kontroli kontrolowany może skorygować w zakresie objętym kontrolą celno-skarbową uprzednio złożoną deklarację podatkową.  Jeżeli kontrolowany skoryguje złożoną deklarację lub nie stwierdzono nieprawidłowości nie wszczyna się postępowania podatkowego. Natomiast w sytuacji gdy mimo stwierdzenia w wyniku kontroli nieprawidłowości nie skorygowano deklaracji w terminie 14 dni kontrola celno-skarbowa przekształca się automatycznie w postępowanie podatkowe. Postępowanie podatkowe prowadzone jest na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej i kończy się decyzją rozstrzygającą sprawę co do istoty lub w inny sposób kończącą postępowanie (np. umorzenie postępowania).

W stanie prawnym obowiązującym do 28.02.2017 r. dyrektor urzędu kontroli skarbowej wszczynał postępowanie kontrolne, w ramach którego mógł przeprowadzić kontrolę podatkową. Ewentualna kontrola podatkowa kończyła się protokołem kontroli a postępowanie kontrolne trwało nadal i kończyło się decyzją (jeżeli stwierdzono nieprawidłowości, z którymi podatnik się nie zgadzał i nie skorygował deklaracji) lub wynikiem kontroli w sytuacji gdy podatnik złożył korektę deklaracji uwzględniającą ustalenia organu, lub gdy nieprawidłowości nie stwierdzono. Od 1 marca 2017 r. naczelnik urzędu celno-skarbowego wszczyna najpierw kontrolę celno-skarbową, która kończy się wynikiem kontroli (będącym odpowiednikiem protokołu kontroli) a w przypadku stwierdzenia nieprawidłowości i braku złożenia korekty przekształca się w postępowanie podatkowe, które w każdym przypadku kończy się decyzją.

W poprzedniej procedurze wynik kontroli był dokumentem kończącym postępowanie kontrolne w przypadku gdy skorygowano deklarację zgodnie z ustaleniami organu lub gdy nie stwierdzono nieprawidłowości. W aktualnej procedurze wynik kontroli jest zupełnie innym dokumentem. Jest odpowiednikiem protokołu kontroli i kończy kontrolę celno-skarbową w każdym przypadku. Stanowi to naruszenie podstawowych zasad techniki prawodawczej zgodnie z którymi tym samym zwrotom nie należy nadawać różnych znaczeń.

Do 28.02.2017 r. postępowanie kontrolne zakończone wynikiem kontroli można było w każdej chwili podjąć ponownie w przypadku zaistnienia nowych okoliczności. W nowej procedurze każde postępowanie podatkowe kończy się decyzją, która może być wzruszona tylko w nadzwyczajnym trybie. 

Odwołanie od decyzji

Odwołanie od decyzji dyrektora urzędu kontroli skarbowej składało się w terminie 14 dni od dnia jego doręczenia do dyrektora izby skarbowej właściwego dla kontrolowanego w dniu zakończenia postępowania kontrolnego, za pośrednictwem organu który wydał decyzję. W przypadku decyzji wydanej przez naczelnika urzędu celno-skarbowego w postępowaniu wszczętym w związku z przeprowadzoną przez ten organ kontrolą celno-skarbową  odwołanie wnosi się w terminie 14 dni do tego samego organu, który wydał decyzję. Nie ma tu więc rozpatrzenia odwołania przez organ wyższego stopnia a zamiast tego jest ponowne rozpatrzenie sprawy przez ten sam organ. Od decyzji organu odwoławczego w starym i nowym trybie przysługuje skarga do sądu administracyjnego. W związku ze zmianami wprowadzonymi od 1 czerwca w przypadku gdy decyzja zostanie wydana przez urząd celno-skarbowy w nowym trybie, w którym podatnikowi przysługuje odwołanie do organu, który wydał decyzję, może on zrezygnować ze składania odwołania i wnieść skargę na decyzję organu pierwszej instancji bezpośrednio do sądu administracyjnego.

Najważniejsze zmiany to zmiana kolejności procedur, brak zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli, brak zawiadomienia o przesłuchania świadka oraz rozpatrywanie odwołania przez ten sam organ, który wydał decyzję lub skarga bezpośrednio do sądu administracyjnego.

Michał Sroczyński, doradca podatkowy

Oceń jakość naszego artykułu

Dziękujemy za Twoją ocenę!

Twoja opinia jest dla nas bardzo ważna

Powiedz nam, jak możemy poprawić artykuł.
Zaznacz określenie, które dotyczy przeczytanej treści:
Autopromocja

REKLAMA

QR Code

REKLAMA

Księgowość
Kara 15 tys. zł wykluczyła najtańszego wykonawcę z kontraktu wartego miliardy. Radca prawny: wyrok ws. Rail Baltica ważnym sygnałem dla rynku zamówień publicznych

Sąd Okręgowy w Warszawie oddalił 4 września 2026 r. skargę konsorcjum Mirbud–Torpol dotyczącą wykluczenia z największego pojedynczego przetargu kolejowego w Polsce. W centrum sporu znalazła się kara środowiskowa w wysokości 15 tys. zł oraz kwestia informacji przekazanych o niej zamawiającemu. Choć kwota może wydawać się niewielka wobec kontraktu liczonego w miliardach złotych, dzisiejszy wyrok pokazuje, że w zamówieniach publicznych nawet pozornie drugorzędna okoliczność może mieć poważne konsekwencje.

Odwołanie do KIO i postępowanie odwoławcze przed Krajową Izbą Odwoławczą

Odwołanie do KIO to jedno z najważniejszych narzędzi ochrony wykonawcy w systemie zamówień publicznych. W 2026 roku postępowanie odwoławcze przed Krajową Izbą Odwoławczą funkcjonuje już z istotnymi zmianami, które dotyczą m.in. zdalnych rozpraw, wcześniejszego przedstawiania dowodów oraz nowych obowiązków odwołującego, zamawiającego i przystępującego. W tym artykule wyjaśniamy, kiedy warto wnieść odwołanie do KIO, jak wygląda procedura przed Izbą, jakie dokumenty przygotować oraz na co zwrócić uwagę po zmianach obowiązujących od 13 marca 2026 r.

Lawina donosów do skarbówki: aż 45,5 tys. zgłoszeń w 6 miesięcy. Z roku na rok ich liczba rośnie

Polacy zasypują skarbówkę donosami: w ciągu 6 pierwszych miesięcy 2026 r. złożono aż 45,5 tys. donosów. Co więcej, z roku na rok ich liczba stale rośnie. Należy jednak zwrócić uwagę na to, że ok. 70% zgłoszeń nie znajduje potwierdzenia w rzeczywistości.

Zmiany w VAT od 2027 roku. Mniej formalności, ale też nowe obowiązki dla przedsiębiorców [GOŚĆ INFOR.PL]

Podatek VAT po raz kolejny się zmienia. Od stycznia 2027 roku przedsiębiorców czeka szereg nowych regulacji – część z nich ma uprościć rozliczenia, inne oznaczają nowe obowiązki. Zmiany obejmą m.in. firmy kończące działalność, import samochodów, kasy fiskalne, odpowiedzialność solidarną za VAT oraz tzw. składy VAT.O zmianach rozmawialiśmy z Joanną Dmowską, redaktorką naczelną „Biuletynu VAT”.

REKLAMA

KSeF nie wykryje fałszywej faktury. Firmy nadal muszą sprawdzać, za co płacą

KSeF cyfryzuje obieg faktur, ale nie gwarantuje, że każda faktura w systemie dokumentuje prawdziwą transakcję. Eksperci wskazują, że przedsiębiorcy nadal potrzebują własnych mechanizmów kontroli, które sprawdzą zgodność dokumentu z zamówieniem, dostawą i wcześniejszą współpracą z kontrahentem.

Polska bez ustawy wdrażającej MiCA. Firmy krypto mogą przenieść biznes za granicę

Polska wciąż nie ma operacyjnej ustawy wdrażającej unijne rozporządzenie MiCA, podczas gdy zbliża się kluczowy termin dla firm kryptowalutowych. Najnowszy raport Warsaw Enterprise Institute ostrzega, że przedłużający się brak krajowych przepisów może oznaczać odpływ firm, kapitału i miejsc pracy do innych państw UE, a zbyt restrykcyjne rozwiązania mogą dodatkowo osłabić konkurencyjność polskiego rynku.

Skarbówka z dostępem do kamer drogowych systemu ANPRS? Czy to oznacza inwigilację każdego kierowcy? RPO sprawdza doniesienia u źródła

Twój PIT wygląda skromnie, a jeździsz całkiem niezłym samochodem? Skarbówka może już o tym wiedzieć. Wystarczy, że przejedziesz w oku kamery drogowej. RPO wysłał do szefa KAS pismo z pytaniem, czy skarbówka naprawdę wykorzystuje dane z Automatycznego Systemu Rozpoznawania Numerów Rejestracyjnych (ANPRS) i do czego? Wątpliwość? Taka masowa inwigilacja każdego na polskiej drodze narusza prywatność.

Jak skutecznie wnioskować o wstrzymanie wykonania decyzji podatkowej?

Wniosek o wstrzymanie wykonania decyzji podatkowej to dla wielu podatników ostatnia deska ratunku przed egzekucją. Praktyka orzecznicza pokazuje jednak, że znaczna część takich wniosków kończy się odmową nie dlatego, że sprawa jest przegrana co do meritum, lecz dlatego, że sam wniosek jest źle przygotowany. Naczelny Sąd Administracyjny po raz kolejny przypomniał o tym w postanowieniu z 17 lipca 2026 r. (sygn. akt II FZ 63/26).

REKLAMA

Tajemnica przedsiębiorstwa w zamówieniach publicznych – zasady ochrony i skuteczne zastrzeżenie informacji

Zastrzeżenie tajemnicy przedsiębiorstwa w zamówieniach publicznych nie polega na prostym oznaczeniu dokumentu jako „poufny”. Wykonawca musi wskazać konkretne informacje, wykazać ich wartość gospodarczą i udowodnić, że faktycznie chroni je przed ujawnieniem. Sprawdź, jakie dane można zastrzec, jakie błędy najczęściej popełniają firmy i kiedy zamawiający może odtajnić informacje.

VAT w 2027 roku: dodatkowy podatek za zakup tańszej usługi

Niedługo zostanie uchwalony kolejny potworek legislacyjny w ustawie o VAT – pisze prof. dr hab. Witold Modzelewski. Zmiany te mają obowiązywać od 2027 roku.

Zapisz się na newsletter
Chcesz uniknąć błędów? Być na czasie z najnowszymi zmianami w podatkach? Zapisz się na nasz newsletter i otrzymuj rzetelne informacje prosto na swoją skrzynkę.
Zaznacz wymagane zgody
loading
Zapisując się na newsletter wyrażasz zgodę na otrzymywanie treści reklam również podmiotów trzecich
Administratorem danych osobowych jest INFOR PL S.A. Dane są przetwarzane w celu wysyłki newslettera. Po więcej informacji kliknij tutaj.
success

Potwierdź zapis

Sprawdź maila, żeby potwierdzić swój zapis na newsletter. Jeśli nie widzisz wiadomości, sprawdź folder SPAM w swojej skrzynce.

failure

Coś poszło nie tak

REKLAMA