REKLAMA

REKLAMA

Kategorie
Zaloguj się

Zarejestruj się

Proszę podać poprawny adres e-mail Hasło musi zawierać min. 3 znaki i max. 12 znaków
* - pole obowiązkowe
Przypomnij hasło
Witaj
Usuń konto
Aktualizacja danych
  Informacja
Twoje dane będą wykorzystywane do certyfikatów.

Czym różni się kontrola celno-skarbowa od kontroli podatkowej?

Michał Sroczyński
Doradca podatkowy
Czym różni się kontrola celno-skarbowa od kontroli podatkowej?
Czym różni się kontrola celno-skarbowa od kontroli podatkowej?

REKLAMA

REKLAMA

Kontrola podatkowa jest podstawowym trybem weryfikacji rozliczeń podatkowych przez naczelników urzędów skarbowych. Od 1 marca 2017 r. zamiast obowiązującej dotychczas kontroli skarbowej wprowadzono kontrolę celno-skarbową. Kontrola celno-skarbowa w założeniu ma dotyczyć najpoważniejszych przypadków – karuzel VAT, zorganizowanej przestępczości podatkowej, lub szczególnie skomplikowanych spraw. Nie oznacza to jednak, że nie może ona dotyczyć drobnego podatnika prowadzącego jednoosobową działalność gospodarczą, mającego minimalne obroty. Czym różnią się oba tryby i czy kontrola celno-skarbowa naprawdę aż tak różni się od kontroli podatkowej?
rozwiń >

Podstawa prawna i organ kontrolujący

Naczelnicy urzędów skarbowych (oraz prezydenci miast) prowadzą kontrolę podatkową na podstawie Ordynacji podatkowej.

REKLAMA

REKLAMA

Natomiast kontrola celno-skarbowa prowadzona jest przez naczelników urzędów celno-skarbowych na podstawie ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej i tylko w zakresie nieuregulowanym stosuje się odpowiednio przepisy Ordynacji podatkowej.

Do kontroli podatkowej prowadzonej wobec przedsiębiorcy, oprócz przepisów Ordynacji podatkowej, stosuje się przepisy rozdziału V ustawy o swobodzie działalności gospodarczej. W ustawie o KAS wskazano wyraźnie, że do kontroli celno-skarbowej nie stosuje się przepisów ustawy o swobodzie działalności gospodarczej. Oznacza to brak w kontroli celno-skarbowej: limitu jednoczesnych kontroli, limitów czasu trwania kontroli, czy możliwości wniesienia sprzeciwu na nieprawidłowe wszczęcie lub prowadzenie kontroli.

Właściwość miejscowa naczelnika urzędu skarbowego obejmuje kilka mniejszych miejscowości, lub tylko część większego miasta, zgodnie z terytorialnym zasięgiem działania natomiast właściwość miejscowa naczelników urzędów celno-skarbowych obejmuje całe terytorium Rzeczpospolitej Polskiej.

REKLAMA

Autopromocja
Konferencja stacjonarna

V Ogólnopolskie Forum Biur Rachunkowych

16.09.2026 8:30-17:10 Warszawa

Praktyczna wiedza • Najlepsi Eksperci • Stoły dyskusyjne

Wszczęcie kontroli

Zarówno kontrola podatkowa jak i kontrola celno-skarbowa wszczynane są na podstawie upoważnienia do przeprowadzenia kontroli. Z tą jednak różnicą, że naczelnik urzędu skarbowego zawiadamia podatnika o zamiarze wszczęcia kontroli, natomiast naczelnik urzędu celno-skarbowego nie. Wszczęcie kontroli podatkowej może nastąpić dopiero po upływie 7 dni od daty doręczenia zawiadomienia (chyba, że podatnik wyraził zgodę na wcześniejsze wszczęcie kontroli lub złożył taki wniosek).

Dalszy ciąg materiału pod wideo

Wszczęcie kontroli celno-skarbowej następuje z chwilą doręczenia podatnikowi upoważnienia do przeprowadzenia kontroli. W tej sytuacji podatnik nie ma możliwości przygotowania się np. poprzez dostoswowanie pracy przedsiębiorstwa do potrzeb kontroli.

Korekta deklaracji

W przypadku kontroli podatkowej podatnik może złożyć korektę deklaracji przed formalnym wszczęciem kontroli, w następstwie otrzymania zawiadomienia o zamiarze wszczęcia postępowania.

Natomiast w kontroli celno-skarbowej kontrolowanemu przysługuje w terminie 14 dni od dnia doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej uprawnienie do skorygowania deklaracji w zakresie objętym tą kontrolą.

Sprawdź: INFORLEX SUPERPREMIUM

Uprawnienia organów kontrolujących

Uprawnienia naczelników urzędów celno-skarbowych są szersze niż naczelników urzędów skarbowych i obejmują m.in. możliwość przeprowadzenia kontroli w miejscu zamieszkania, niebędącym siedzibą działalności, możliwość żądania dokumentów także za inny niż kontrolowany okres, czy możliwość przesłuchania na odległość.

W toku kontroli podatkowej czynności kontrolne prowadzone są w siedzibie kontrolowanego, w innym miejscu przechowywania dokumentacji oraz w miejscach związanych z prowadzoną przez niego działalnością i w godzinach jej prowadzenia, a w przypadku skrócenia w toku kontroli czasu prowadzenia działalności – czynności kontrolne mogą być prowadzone przez 8 godzin dziennie. 

Natomiast w toku kontroli celno-skarbowej czynności kontrolne mogą być wykonywane w urzędzie celno-skarbowym, w siedzibie kontrolowanego, w miejscu prowadzenia lub przechowywania ksiąg podatkowych oraz w każdym innym miejscu związanym z prowadzoną przez kontrolowanego działalnością, w tym w lokalu mieszkalnym lub w miejscach, w których mogą się znajdować urządzenia, towary lub dokumenty dotyczące tych urządzeń, towarów lub czynności podlegających kontroli. Czynności kontrolne mogą być również wykonywane w innych urzędach obsługujących organy KAS.

Zakończenie kontroli

Kontrola celno-skarbowa powinna być zakończona bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w terminie 3 miesięcy od dnia jej wszczęcia. Nie jest to jednak termin bezwzględny. O każdym przypadku niezakończenia kontroli celno-skarbowej we właściwym terminie zawiadamia się na piśmie kontrolowanego, podając przyczyny przedłużenia terminu zakończenia kontroli celno-skarbowej i wskazując nowy termin jej zakończenia.

Podobnie wygląda sytuacja w przypadku „zwykłej” kontroli podatkowej, z tym, że nie wynika wprost z przepisu prawa maksymalny termin zakończenia kontroli, przez co część organów wyznacza terminy 6 miesięczne i dłuższe. W związku z wprowadzeniem 3 miesięcznego terminu dla kontroli celno-skarbowej taka praktyka powinna zostać ukrócona.

Kontrola podatkowa kończy się protokołem, natomiast kontrola celno-skarbowa wynikiem kontroli. Mimo różnego nazewnictwa (co może budzić wątpliwości ze względu na zasady techniki prawodawczej) dokumenty te w zasadzie się od siebie nie różnią. W przypadku kontroli podatkowej, podatnik może złożyć deklarację korygującą jeżeli zgadza się z ustaleniami kontroli, lub zastrzeżenia do protokołu w terminie 14 dni od dnia odebrania protokołu, jeżeli nie zgadza się z tymi ustaleniami. Jeżeli podatnik nie złożył korekty deklaracji organ ma 6 miesięcy na wszczęcie postępowania podatkowego. Organy często uznawały, że na złożenie korekty deklaracji podatnik ma tylko 14 dni, w sytuacji gdy w przypadku kontroli podatkowej prowadzonej przez naczelników urzędów skarbowych prawo do złożenia deklaracji korygującej przysługuje do dnia wszczęcia postępowania podatkowego.

Kontrola celno-skarbowa kończy się wynikiem kontroli. W terminie 14 dni od dnia doręczenia wyniku kontroli kontrolowany może skorygować w zakresie objętym kontrolą celno-skarbową uprzednio złożoną deklarację podatkową.  Jeżeli kontrolowany skoryguje złożoną deklarację lub nie stwierdzono nieprawidłowości nie wszczyna się postępowania podatkowego. W sytuacji gdy mimo stwierdzenia w wyniku kontroli nieprawidłowości nie skorygowano deklaracji w wyznaczonym terminie kontrola celno-skarbowa automatycznie przekształca się w postępowanie podatkowe.

Postępowanie podatkowe w obu procedurach prowadzone jest na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej i kończy się decyzją rozstrzygającą sprawę co do istoty lub w inny sposób kończącą postępowanie (np. poprzez umorzenie postępowania).


Odwołanie od decyzji pokontrolnej

Odwołanie od decyzji wydanej przez naczelnika urzędu skarbowego wnosi się w terminie 14 dni  od dnia jego doręczenia, za pośrednictwem organu który wydał decyzję, do właściwego dyrektora izby administracji skarbowej.

W ustawie o KAS przewidziano inne rozwiązanie w przypadku decyzji wydanej przez naczelnika urzędu celno-skarbowego w postępowaniu wszczętym w związku z przeprowadzoną przez ten organ kontrolą celno-skarbową  odwołanie wnosi się w terminie 14 dni do tego samego organu, który wydał decyzję. Ma tu więc miejsce ponowne rozpatrzenie sprawy przez ten sam organ. Od decyzji organu odwoławczego w obu trybach przysługuje skarga do sądu administracyjnego na tej samej podstawie, jednak stroną przeciwną jest dyrektor izby administracji skarbowej w trybie "zwykłym", oraz naczelnik urzędu celno-skarbowego w przypadku postępowań prowadzonych przez naczelników urzędów celno-skarbowych.

Najważniejsze różnice pomiędzy tymi trybami to brak stosowania przepisów o swobodzie działalności gospodarczej, brak zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli, brak możliwości wniesienia zastrzeżeń do wyniku kontroli oraz rozpatrywanie odwołania przez ten sam organ, który wydał decyzję w przypadku kontroli celno-skarbowej prowadzonej przez naczelników urzędów celno-skarbowych.

Michał Sroczyński, doradca podatkowy

Oceń jakość naszego artykułu

Dziękujemy za Twoją ocenę!

Twoja opinia jest dla nas bardzo ważna

Powiedz nam, jak możemy poprawić artykuł.
Zaznacz określenie, które dotyczy przeczytanej treści:
Autopromocja

REKLAMA

QR Code

REKLAMA

Księgowość
Kara 15 tys. zł wykluczyła najtańszego wykonawcę z kontraktu wartego miliardy. Radca prawny: wyrok ws. Rail Baltica ważnym sygnałem dla rynku zamówień publicznych

Sąd Okręgowy w Warszawie oddalił 4 września 2026 r. skargę konsorcjum Mirbud–Torpol dotyczącą wykluczenia z największego pojedynczego przetargu kolejowego w Polsce. W centrum sporu znalazła się kara środowiskowa w wysokości 15 tys. zł oraz kwestia informacji przekazanych o niej zamawiającemu. Choć kwota może wydawać się niewielka wobec kontraktu liczonego w miliardach złotych, dzisiejszy wyrok pokazuje, że w zamówieniach publicznych nawet pozornie drugorzędna okoliczność może mieć poważne konsekwencje.

Odwołanie do KIO i postępowanie odwoławcze przed Krajową Izbą Odwoławczą

Odwołanie do KIO to jedno z najważniejszych narzędzi ochrony wykonawcy w systemie zamówień publicznych. W 2026 roku postępowanie odwoławcze przed Krajową Izbą Odwoławczą funkcjonuje już z istotnymi zmianami, które dotyczą m.in. zdalnych rozpraw, wcześniejszego przedstawiania dowodów oraz nowych obowiązków odwołującego, zamawiającego i przystępującego. W tym artykule wyjaśniamy, kiedy warto wnieść odwołanie do KIO, jak wygląda procedura przed Izbą, jakie dokumenty przygotować oraz na co zwrócić uwagę po zmianach obowiązujących od 13 marca 2026 r.

Polacy zasypują skarbówkę donosami: 45,5 tys. donosów w 6 miesięcy. Z roku na rok ich liczba rośnie

Polacy zasypują skarbówkę donosami: w ciągu 6 pierwszych miesięcy 2026 r. złożono aż 45,5 tys. donosów. Co więcej, z roku na rok ich liczba stale rośnie. Należy jednak zwrócić uwagę na to, że ok. 70% zgłoszeń nie znajduje potwierdzenia w rzeczywistości.

Zmiany w VAT od 2027 roku. Mniej formalności, ale też nowe obowiązki dla przedsiębiorców [GOŚĆ INFOR.PL]

Podatek VAT po raz kolejny się zmienia. Od stycznia 2027 roku przedsiębiorców czeka szereg nowych regulacji – część z nich ma uprościć rozliczenia, inne oznaczają nowe obowiązki. Zmiany obejmą m.in. firmy kończące działalność, import samochodów, kasy fiskalne, odpowiedzialność solidarną za VAT oraz tzw. składy VAT.O zmianach rozmawialiśmy z Joanną Dmowską, redaktorką naczelną „Biuletynu VAT”.

REKLAMA

KSeF nie wykryje fałszywej faktury. Firmy nadal muszą sprawdzać, za co płacą

KSeF cyfryzuje obieg faktur, ale nie gwarantuje, że każda faktura w systemie dokumentuje prawdziwą transakcję. Eksperci wskazują, że przedsiębiorcy nadal potrzebują własnych mechanizmów kontroli, które sprawdzą zgodność dokumentu z zamówieniem, dostawą i wcześniejszą współpracą z kontrahentem.

Polska bez ustawy wdrażającej MiCA. Firmy krypto mogą przenieść biznes za granicę

Polska wciąż nie ma operacyjnej ustawy wdrażającej unijne rozporządzenie MiCA, podczas gdy zbliża się kluczowy termin dla firm kryptowalutowych. Najnowszy raport Warsaw Enterprise Institute ostrzega, że przedłużający się brak krajowych przepisów może oznaczać odpływ firm, kapitału i miejsc pracy do innych państw UE, a zbyt restrykcyjne rozwiązania mogą dodatkowo osłabić konkurencyjność polskiego rynku.

Skarbówka z dostępem do kamer drogowych systemu ANPRS? Czy to oznacza inwigilację każdego kierowcy? RPO sprawdza doniesienia u źródła

Twój PIT wygląda skromnie, a jeździsz całkiem niezłym samochodem? Skarbówka może już o tym wiedzieć. Wystarczy, że przejedziesz w oku kamery drogowej. RPO wysłał do szefa KAS pismo z pytaniem, czy skarbówka naprawdę wykorzystuje dane z Automatycznego Systemu Rozpoznawania Numerów Rejestracyjnych (ANPRS) i do czego? Wątpliwość? Taka masowa inwigilacja każdego na polskiej drodze narusza prywatność.

Jak skutecznie wnioskować o wstrzymanie wykonania decyzji podatkowej?

Wniosek o wstrzymanie wykonania decyzji podatkowej to dla wielu podatników ostatnia deska ratunku przed egzekucją. Praktyka orzecznicza pokazuje jednak, że znaczna część takich wniosków kończy się odmową nie dlatego, że sprawa jest przegrana co do meritum, lecz dlatego, że sam wniosek jest źle przygotowany. Naczelny Sąd Administracyjny po raz kolejny przypomniał o tym w postanowieniu z 17 lipca 2026 r. (sygn. akt II FZ 63/26).

REKLAMA

Tajemnica przedsiębiorstwa w zamówieniach publicznych – zasady ochrony i skuteczne zastrzeżenie informacji

Zastrzeżenie tajemnicy przedsiębiorstwa w zamówieniach publicznych nie polega na prostym oznaczeniu dokumentu jako „poufny”. Wykonawca musi wskazać konkretne informacje, wykazać ich wartość gospodarczą i udowodnić, że faktycznie chroni je przed ujawnieniem. Sprawdź, jakie dane można zastrzec, jakie błędy najczęściej popełniają firmy i kiedy zamawiający może odtajnić informacje.

VAT w 2027 roku: dodatkowy podatek za zakup tańszej usługi

Niedługo zostanie uchwalony kolejny potworek legislacyjny w ustawie o VAT – pisze prof. dr hab. Witold Modzelewski. Zmiany te mają obowiązywać od 2027 roku.

Zapisz się na newsletter
Chcesz uniknąć błędów? Być na czasie z najnowszymi zmianami w podatkach? Zapisz się na nasz newsletter i otrzymuj rzetelne informacje prosto na swoją skrzynkę.
Zaznacz wymagane zgody
loading
Zapisując się na newsletter wyrażasz zgodę na otrzymywanie treści reklam również podmiotów trzecich
Administratorem danych osobowych jest INFOR PL S.A. Dane są przetwarzane w celu wysyłki newslettera. Po więcej informacji kliknij tutaj.
success

Potwierdź zapis

Sprawdź maila, żeby potwierdzić swój zapis na newsletter. Jeśli nie widzisz wiadomości, sprawdź folder SPAM w swojej skrzynce.

failure

Coś poszło nie tak

REKLAMA