REKLAMA

REKLAMA

Kategorie
Zaloguj się

Zarejestruj się

Proszę podać poprawny adres e-mail Hasło musi zawierać min. 3 znaki i max. 12 znaków
* - pole obowiązkowe
Przypomnij hasło
Witaj
Usuń konto
Aktualizacja danych
  Informacja
Twoje dane będą wykorzystywane do certyfikatów.

Czym różni się kontrola celno-skarbowa od kontroli podatkowej?

Michał Sroczyński
Doradca podatkowy
Czym różni się kontrola celno-skarbowa od kontroli podatkowej?
Czym różni się kontrola celno-skarbowa od kontroli podatkowej?

REKLAMA

REKLAMA

Kontrola podatkowa jest podstawowym trybem weryfikacji rozliczeń podatkowych przez naczelników urzędów skarbowych. Od 1 marca 2017 r. zamiast obowiązującej dotychczas kontroli skarbowej wprowadzono kontrolę celno-skarbową. Kontrola celno-skarbowa w założeniu ma dotyczyć najpoważniejszych przypadków – karuzel VAT, zorganizowanej przestępczości podatkowej, lub szczególnie skomplikowanych spraw. Nie oznacza to jednak, że nie może ona dotyczyć drobnego podatnika prowadzącego jednoosobową działalność gospodarczą, mającego minimalne obroty. Czym różnią się oba tryby i czy kontrola celno-skarbowa naprawdę aż tak różni się od kontroli podatkowej?
rozwiń >

Podstawa prawna i organ kontrolujący

Naczelnicy urzędów skarbowych (oraz prezydenci miast) prowadzą kontrolę podatkową na podstawie Ordynacji podatkowej.

REKLAMA

REKLAMA

Natomiast kontrola celno-skarbowa prowadzona jest przez naczelników urzędów celno-skarbowych na podstawie ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej i tylko w zakresie nieuregulowanym stosuje się odpowiednio przepisy Ordynacji podatkowej.

Do kontroli podatkowej prowadzonej wobec przedsiębiorcy, oprócz przepisów Ordynacji podatkowej, stosuje się przepisy rozdziału V ustawy o swobodzie działalności gospodarczej. W ustawie o KAS wskazano wyraźnie, że do kontroli celno-skarbowej nie stosuje się przepisów ustawy o swobodzie działalności gospodarczej. Oznacza to brak w kontroli celno-skarbowej: limitu jednoczesnych kontroli, limitów czasu trwania kontroli, czy możliwości wniesienia sprzeciwu na nieprawidłowe wszczęcie lub prowadzenie kontroli.

Właściwość miejscowa naczelnika urzędu skarbowego obejmuje kilka mniejszych miejscowości, lub tylko część większego miasta, zgodnie z terytorialnym zasięgiem działania natomiast właściwość miejscowa naczelników urzędów celno-skarbowych obejmuje całe terytorium Rzeczpospolitej Polskiej.

REKLAMA

Autopromocja
Konferencja stacjonarna

V Ogólnopolskie Forum Biur Rachunkowych

16.09.2026 8:30-17:10 Warszawa

Praktyczna wiedza • Najlepsi Eksperci • Stoły dyskusyjne

Wszczęcie kontroli

Zarówno kontrola podatkowa jak i kontrola celno-skarbowa wszczynane są na podstawie upoważnienia do przeprowadzenia kontroli. Z tą jednak różnicą, że naczelnik urzędu skarbowego zawiadamia podatnika o zamiarze wszczęcia kontroli, natomiast naczelnik urzędu celno-skarbowego nie. Wszczęcie kontroli podatkowej może nastąpić dopiero po upływie 7 dni od daty doręczenia zawiadomienia (chyba, że podatnik wyraził zgodę na wcześniejsze wszczęcie kontroli lub złożył taki wniosek).

Dalszy ciąg materiału pod wideo

Wszczęcie kontroli celno-skarbowej następuje z chwilą doręczenia podatnikowi upoważnienia do przeprowadzenia kontroli. W tej sytuacji podatnik nie ma możliwości przygotowania się np. poprzez dostoswowanie pracy przedsiębiorstwa do potrzeb kontroli.

Korekta deklaracji

W przypadku kontroli podatkowej podatnik może złożyć korektę deklaracji przed formalnym wszczęciem kontroli, w następstwie otrzymania zawiadomienia o zamiarze wszczęcia postępowania.

Natomiast w kontroli celno-skarbowej kontrolowanemu przysługuje w terminie 14 dni od dnia doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej uprawnienie do skorygowania deklaracji w zakresie objętym tą kontrolą.

Sprawdź: INFORLEX SUPERPREMIUM

Uprawnienia organów kontrolujących

Uprawnienia naczelników urzędów celno-skarbowych są szersze niż naczelników urzędów skarbowych i obejmują m.in. możliwość przeprowadzenia kontroli w miejscu zamieszkania, niebędącym siedzibą działalności, możliwość żądania dokumentów także za inny niż kontrolowany okres, czy możliwość przesłuchania na odległość.

W toku kontroli podatkowej czynności kontrolne prowadzone są w siedzibie kontrolowanego, w innym miejscu przechowywania dokumentacji oraz w miejscach związanych z prowadzoną przez niego działalnością i w godzinach jej prowadzenia, a w przypadku skrócenia w toku kontroli czasu prowadzenia działalności – czynności kontrolne mogą być prowadzone przez 8 godzin dziennie. 

Natomiast w toku kontroli celno-skarbowej czynności kontrolne mogą być wykonywane w urzędzie celno-skarbowym, w siedzibie kontrolowanego, w miejscu prowadzenia lub przechowywania ksiąg podatkowych oraz w każdym innym miejscu związanym z prowadzoną przez kontrolowanego działalnością, w tym w lokalu mieszkalnym lub w miejscach, w których mogą się znajdować urządzenia, towary lub dokumenty dotyczące tych urządzeń, towarów lub czynności podlegających kontroli. Czynności kontrolne mogą być również wykonywane w innych urzędach obsługujących organy KAS.

Zakończenie kontroli

Kontrola celno-skarbowa powinna być zakończona bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w terminie 3 miesięcy od dnia jej wszczęcia. Nie jest to jednak termin bezwzględny. O każdym przypadku niezakończenia kontroli celno-skarbowej we właściwym terminie zawiadamia się na piśmie kontrolowanego, podając przyczyny przedłużenia terminu zakończenia kontroli celno-skarbowej i wskazując nowy termin jej zakończenia.

Podobnie wygląda sytuacja w przypadku „zwykłej” kontroli podatkowej, z tym, że nie wynika wprost z przepisu prawa maksymalny termin zakończenia kontroli, przez co część organów wyznacza terminy 6 miesięczne i dłuższe. W związku z wprowadzeniem 3 miesięcznego terminu dla kontroli celno-skarbowej taka praktyka powinna zostać ukrócona.

Kontrola podatkowa kończy się protokołem, natomiast kontrola celno-skarbowa wynikiem kontroli. Mimo różnego nazewnictwa (co może budzić wątpliwości ze względu na zasady techniki prawodawczej) dokumenty te w zasadzie się od siebie nie różnią. W przypadku kontroli podatkowej, podatnik może złożyć deklarację korygującą jeżeli zgadza się z ustaleniami kontroli, lub zastrzeżenia do protokołu w terminie 14 dni od dnia odebrania protokołu, jeżeli nie zgadza się z tymi ustaleniami. Jeżeli podatnik nie złożył korekty deklaracji organ ma 6 miesięcy na wszczęcie postępowania podatkowego. Organy często uznawały, że na złożenie korekty deklaracji podatnik ma tylko 14 dni, w sytuacji gdy w przypadku kontroli podatkowej prowadzonej przez naczelników urzędów skarbowych prawo do złożenia deklaracji korygującej przysługuje do dnia wszczęcia postępowania podatkowego.

Kontrola celno-skarbowa kończy się wynikiem kontroli. W terminie 14 dni od dnia doręczenia wyniku kontroli kontrolowany może skorygować w zakresie objętym kontrolą celno-skarbową uprzednio złożoną deklarację podatkową.  Jeżeli kontrolowany skoryguje złożoną deklarację lub nie stwierdzono nieprawidłowości nie wszczyna się postępowania podatkowego. W sytuacji gdy mimo stwierdzenia w wyniku kontroli nieprawidłowości nie skorygowano deklaracji w wyznaczonym terminie kontrola celno-skarbowa automatycznie przekształca się w postępowanie podatkowe.

Postępowanie podatkowe w obu procedurach prowadzone jest na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej i kończy się decyzją rozstrzygającą sprawę co do istoty lub w inny sposób kończącą postępowanie (np. poprzez umorzenie postępowania).


Odwołanie od decyzji pokontrolnej

Odwołanie od decyzji wydanej przez naczelnika urzędu skarbowego wnosi się w terminie 14 dni  od dnia jego doręczenia, za pośrednictwem organu który wydał decyzję, do właściwego dyrektora izby administracji skarbowej.

W ustawie o KAS przewidziano inne rozwiązanie w przypadku decyzji wydanej przez naczelnika urzędu celno-skarbowego w postępowaniu wszczętym w związku z przeprowadzoną przez ten organ kontrolą celno-skarbową  odwołanie wnosi się w terminie 14 dni do tego samego organu, który wydał decyzję. Ma tu więc miejsce ponowne rozpatrzenie sprawy przez ten sam organ. Od decyzji organu odwoławczego w obu trybach przysługuje skarga do sądu administracyjnego na tej samej podstawie, jednak stroną przeciwną jest dyrektor izby administracji skarbowej w trybie "zwykłym", oraz naczelnik urzędu celno-skarbowego w przypadku postępowań prowadzonych przez naczelników urzędów celno-skarbowych.

Najważniejsze różnice pomiędzy tymi trybami to brak stosowania przepisów o swobodzie działalności gospodarczej, brak zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli, brak możliwości wniesienia zastrzeżeń do wyniku kontroli oraz rozpatrywanie odwołania przez ten sam organ, który wydał decyzję w przypadku kontroli celno-skarbowej prowadzonej przez naczelników urzędów celno-skarbowych.

Michał Sroczyński, doradca podatkowy

Oceń jakość naszego artykułu

Dziękujemy za Twoją ocenę!

Twoja opinia jest dla nas bardzo ważna

Powiedz nam, jak możemy poprawić artykuł.
Zaznacz określenie, które dotyczy przeczytanej treści:
Autopromocja

REKLAMA

QR Code

REKLAMA

Księgowość
Wyciek danych z MyDr a bezpieczeństwo finansów firmy. Jak działać, gdy dane już wyciekną?

Wyciek danych z MyDr jest potężnym ostrzeżeniem dla biznesu. To zdarzenie pokazało, że cyberprzestępcy coraz rzadziej atakują same firmy, a uderzają w ich zewnętrznych dostawców. W obszarze księgowości i kadr taki atak to nie tylko kryzys wizerunkowy, ale natychmiastowy paraliż operacyjny, brak wypłat i ryzyko wysokich kar od UODO czy KAS. Słowne obietnice i deklaracje o „dbaniu o bezpieczeństwo” przestały mieć znaczenie. W świecie cyfrowym i pracy zdalnej liczą się twarde normy (ISO 27001, ISO 9001), zasada Zero Trust oraz sprawdzone procedury reagowania na kryzys. Jak więc chronić finanse, kadry i księgowość przed atakami łańcucha dostaw i jak krok po kroku działać, gdy dane już wyciekną?

Skarbówka wydała właśnie korzystną interpretację. Studia podyplomowe można zaliczyć do kosztów

Aplikant adwokacki prowadzący jednoosobową działalność chciał ująć w kosztach czesne, opłatę rekrutacyjną, dojazdy na uczelnię i podręczniki związane ze studiami podyplomowymi z zakresu rynków kapitałowych. Dyrektor KIS potwierdził, że to koszt podatkowy. Kluczowe jest jednak spełnienie pewnych warunków.

Zmiany w VAT od 2027 roku. Mniej formalności, ale większa odpowiedzialność nabywców

W dniu 17 lipca 2026 r. Sejm uchwalił nowelizację obejmującą ponad 20 obszarów podatku VAT. Z jednej strony ograniczy ona część formalności i ułatwi niektóre rozliczenia, z drugiej – rozszerzy odpowiedzialność solidarną nabywców wybranych usług za zaległości podatkowe usługodawców. Ustawa trafiła do Senatu 20 lipca a 6 lipca Senat wniósł poprawki do tej ustawy.

Firmy z Pomorza mogą dostać nawet 2 mln zł. Rusza nabór na projekty B+R

Pomorskie firmy mogą sięgnąć po od 600 tys. do 2 mln zł dofinansowania na projekty badawczo-rozwojowe. Agencja Rozwoju Pomorza przeznaczyła na drugi nabór 30 mln zł, a wnioski będzie można składać od 31 sierpnia do 28 października 2026 r. Kto może ubiegać się o pieniądze i na jakie projekty można je przeznaczyć?

REKLAMA

Mały biznes bez zakładania firmy. Działalność nierejestrowana do 10 813,50 zł przychodu na kwartał w 2026 roku. Co z KSeF, VAT, PIT i składkami ZUS?

Do końca 2025 roku przychód należny z działalności nierejestrowanej nie mógł przekroczyć 3/4 minimalnego wynagrodzenia w żadnym miesiącu. Od 1 stycznia 2026 roku obowiązują nowe zasady. Limit został podniesiony do 225% minimalnego wynagrodzenia i jest rozliczany raz na kwartał. Oznacza to, że przy płacy minimalnej wynoszącej 4 806 zł maksymalny przychód z działalności nierejestrowanej może wynieść 10 813,50 zł w kwartale.

Koniec zakładania firm w urzędzie. Od 1 listopada jednoosobową działalność gospodarczą założysz tylko online

Od 1 listopada 2026 roku założenie jednoosobowej działalności gospodarczej będzie możliwe wyłącznie online. A jeszcze w 2024 roku prawie co trzeci wniosek o założenie firmy składano poza kanałem elektronicznym. Przy ponad 345 tys. rejestracji przedsiębiorstw rocznie zmiana obejmie dużą grupę osób, które dotychczas korzystały z pomocy urzędników. Ich potrzeba uzyskania wsparcia nie zniknie, zmieni się jedynie miejsce, w którym będą go szukać.

Rząd policzył koszt 2 proc. podatku na Kościoły. Padła kwota, która może zaskoczyć. To miliardy złotych

2-procentowy odpis podatkowy na rzecz wybranego Kościoła lub związku wyznaniowego może kosztować budżet państwa znacznie więcej niż obecny Fundusz Kościelny. Rząd przedstawił wyliczenia, z których wynika, że przy określonej frekwencji podatników koszt mógłby sięgnąć od około 1 do nawet kilku miliardów złotych. Tymczasem w budżecie na 2026 rok na Fundusz Kościelny zagwarantowano 272,56 mln zł. Czy to oznacza, że planowana reforma Funduszu Kościelnego będzie droższa od obecnego rozwiązania?

14 sierpnia nie załatwisz sprawy w urzędzie skarbowym ani w placówce ZUS

W piątek 14 sierpnia 2026 roku wszystkie placówki ZUS będą zamknięte. Tego dnia nie będzie można również skorzystać z pomocy konsultantów infolinii ZUS. Tego dnia również będą nieczynne wszystkie izby administracji skarbowej i urzędy skarbowe. Ale sprawy w ZUS i sprawy podatkowe można załatwiać też online.

REKLAMA

Koniec interpretacji podatkowych w gminach? Ważna zmiana od 1 lipca 2027 roku

Kto będzie rozstrzygał wątpliwości dotyczące podatku od nieruchomości, podatku rolnego czy opłaty reklamowej? Ministerstwo Finansów chce przenieść kompetencje z gmin do Krajowej Informacji Skarbowej. Zmiana ma objąć także inne podatki i opłaty lokalne. Sprawdzamy, co dokładnie ma się zmienić i dlaczego rząd chce scentralizować wydawanie interpretacji.

Interpretacje podatkowe ważne tylko 5 lat. Wydane przed 2023 r. stracą ważność w połowie 2028 r. Ministerstwo Finansów szykuje duże zmiany w interpretacjach

Ministerstwo Finansów szykuje istotną reformę ordynacji podatkowej w zakresie wydawania interpretacji podatkowych. Jedną z ważniejszych zmian będzie likwidacja bezterminowości indywidualnych interpretacji podatkowych. Zgodnie z opublikowanymi niedawno założeniami te interpretacje wydawane przez Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej mają być ważne tylko przez 5 lat. Zmiana ta ma na celu wyeliminowanie z obrotu nieaktualnych interpretacji ale dla firm oznacza nowe obowiązki – zwłaszcza przy rozliczeniach ciągłych. Jak wskazuje Monika Piątkowska, doradca podatkowy w e-pity, przedsiębiorcy będą musieli przejąć rolę stale czujnego audytora własnych rozliczeń. Co więcej, nowelizacja wprowadzi harmonogram utraty ważności wcześniej wydanych interpretacji indywidualnych. Przykładowo interpretacje wydane przed 1 stycznia 2023 r. stracą ważność z dniem 30 czerwca 2028 r. Innymi ważnymi zmianami mają być: przeniesienie (od 1 lipca 2027 r.) kompetencji do wydawania interpretacji indywidualnych dotyczących podatków i opłat pozostających we właściwości organów samorządowych z gminnych organów podatkowych do Dyrektora KIS (ta zmiana wynika z innego projektu nowelizacji Ordynacji podatkowej) a także rozszerzenie ochrony prawnej podatnika na skutki podatkowe zaistniałe przed opublikowaniem interpretacji ogólnej poprzez wprowadzenie możliwości wyboru zastosowania się do wykładni wynikającej z interpretacji ogólnej albo do utrwalonej praktyki organów krajowej administracji skarbowej. Ponadto ma być rozszerzony zakres ochrony prawnej wynikającej z interpretacji indywidualnej na skutki podatkowe, które miały miejsce również przed doręczeniem interpretacji.

Zapisz się na newsletter
Chcesz uniknąć błędów? Być na czasie z najnowszymi zmianami w podatkach? Zapisz się na nasz newsletter i otrzymuj rzetelne informacje prosto na swoją skrzynkę.
Zaznacz wymagane zgody
loading
Zapisując się na newsletter wyrażasz zgodę na otrzymywanie treści reklam również podmiotów trzecich
Administratorem danych osobowych jest INFOR PL S.A. Dane są przetwarzane w celu wysyłki newslettera. Po więcej informacji kliknij tutaj.
success

Potwierdź zapis

Sprawdź maila, żeby potwierdzić swój zapis na newsletter. Jeśli nie widzisz wiadomości, sprawdź folder SPAM w swojej skrzynce.

failure

Coś poszło nie tak

REKLAMA