REKLAMA

REKLAMA

Kategorie
Zaloguj się

Zarejestruj się

Proszę podać poprawny adres e-mail Hasło musi zawierać min. 3 znaki i max. 12 znaków
* - pole obowiązkowe
Przypomnij hasło
Witaj
Usuń konto
Aktualizacja danych
  Informacja
Twoje dane będą wykorzystywane do certyfikatów.

Czym różni się kontrola celno-skarbowa od kontroli podatkowej?

Subskrybuj nas na Youtube
Dołącz do ekspertów Dołącz do grona ekspertów
Michał Sroczyński
Doradca podatkowy
Czym różni się kontrola celno-skarbowa od kontroli podatkowej?
Czym różni się kontrola celno-skarbowa od kontroli podatkowej?

REKLAMA

REKLAMA

Kontrola podatkowa jest podstawowym trybem weryfikacji rozliczeń podatkowych przez naczelników urzędów skarbowych. Od 1 marca 2017 r. zamiast obowiązującej dotychczas kontroli skarbowej wprowadzono kontrolę celno-skarbową. Kontrola celno-skarbowa w założeniu ma dotyczyć najpoważniejszych przypadków – karuzel VAT, zorganizowanej przestępczości podatkowej, lub szczególnie skomplikowanych spraw. Nie oznacza to jednak, że nie może ona dotyczyć drobnego podatnika prowadzącego jednoosobową działalność gospodarczą, mającego minimalne obroty. Czym różnią się oba tryby i czy kontrola celno-skarbowa naprawdę aż tak różni się od kontroli podatkowej?

Podstawa prawna i organ kontrolujący

Naczelnicy urzędów skarbowych (oraz prezydenci miast) prowadzą kontrolę podatkową na podstawie Ordynacji podatkowej.

REKLAMA

REKLAMA

Autopromocja

Natomiast kontrola celno-skarbowa prowadzona jest przez naczelników urzędów celno-skarbowych na podstawie ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej i tylko w zakresie nieuregulowanym stosuje się odpowiednio przepisy Ordynacji podatkowej.

Do kontroli podatkowej prowadzonej wobec przedsiębiorcy, oprócz przepisów Ordynacji podatkowej, stosuje się przepisy rozdziału V ustawy o swobodzie działalności gospodarczej. W ustawie o KAS wskazano wyraźnie, że do kontroli celno-skarbowej nie stosuje się przepisów ustawy o swobodzie działalności gospodarczej. Oznacza to brak w kontroli celno-skarbowej: limitu jednoczesnych kontroli, limitów czasu trwania kontroli, czy możliwości wniesienia sprzeciwu na nieprawidłowe wszczęcie lub prowadzenie kontroli.

Właściwość miejscowa naczelnika urzędu skarbowego obejmuje kilka mniejszych miejscowości, lub tylko część większego miasta, zgodnie z terytorialnym zasięgiem działania natomiast właściwość miejscowa naczelników urzędów celno-skarbowych obejmuje całe terytorium Rzeczpospolitej Polskiej.

REKLAMA

Wszczęcie kontroli

Zarówno kontrola podatkowa jak i kontrola celno-skarbowa wszczynane są na podstawie upoważnienia do przeprowadzenia kontroli. Z tą jednak różnicą, że naczelnik urzędu skarbowego zawiadamia podatnika o zamiarze wszczęcia kontroli, natomiast naczelnik urzędu celno-skarbowego nie. Wszczęcie kontroli podatkowej może nastąpić dopiero po upływie 7 dni od daty doręczenia zawiadomienia (chyba, że podatnik wyraził zgodę na wcześniejsze wszczęcie kontroli lub złożył taki wniosek).

Dalszy ciąg materiału pod wideo

Wszczęcie kontroli celno-skarbowej następuje z chwilą doręczenia podatnikowi upoważnienia do przeprowadzenia kontroli. W tej sytuacji podatnik nie ma możliwości przygotowania się np. poprzez dostoswowanie pracy przedsiębiorstwa do potrzeb kontroli.

Korekta deklaracji

W przypadku kontroli podatkowej podatnik może złożyć korektę deklaracji przed formalnym wszczęciem kontroli, w następstwie otrzymania zawiadomienia o zamiarze wszczęcia postępowania.

Natomiast w kontroli celno-skarbowej kontrolowanemu przysługuje w terminie 14 dni od dnia doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej uprawnienie do skorygowania deklaracji w zakresie objętym tą kontrolą.

Sprawdź: INFORLEX SUPERPREMIUM

Uprawnienia organów kontrolujących

Uprawnienia naczelników urzędów celno-skarbowych są szersze niż naczelników urzędów skarbowych i obejmują m.in. możliwość przeprowadzenia kontroli w miejscu zamieszkania, niebędącym siedzibą działalności, możliwość żądania dokumentów także za inny niż kontrolowany okres, czy możliwość przesłuchania na odległość.

W toku kontroli podatkowej czynności kontrolne prowadzone są w siedzibie kontrolowanego, w innym miejscu przechowywania dokumentacji oraz w miejscach związanych z prowadzoną przez niego działalnością i w godzinach jej prowadzenia, a w przypadku skrócenia w toku kontroli czasu prowadzenia działalności – czynności kontrolne mogą być prowadzone przez 8 godzin dziennie. 

Natomiast w toku kontroli celno-skarbowej czynności kontrolne mogą być wykonywane w urzędzie celno-skarbowym, w siedzibie kontrolowanego, w miejscu prowadzenia lub przechowywania ksiąg podatkowych oraz w każdym innym miejscu związanym z prowadzoną przez kontrolowanego działalnością, w tym w lokalu mieszkalnym lub w miejscach, w których mogą się znajdować urządzenia, towary lub dokumenty dotyczące tych urządzeń, towarów lub czynności podlegających kontroli. Czynności kontrolne mogą być również wykonywane w innych urzędach obsługujących organy KAS.

Zakończenie kontroli

Kontrola celno-skarbowa powinna być zakończona bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w terminie 3 miesięcy od dnia jej wszczęcia. Nie jest to jednak termin bezwzględny. O każdym przypadku niezakończenia kontroli celno-skarbowej we właściwym terminie zawiadamia się na piśmie kontrolowanego, podając przyczyny przedłużenia terminu zakończenia kontroli celno-skarbowej i wskazując nowy termin jej zakończenia.

Podobnie wygląda sytuacja w przypadku „zwykłej” kontroli podatkowej, z tym, że nie wynika wprost z przepisu prawa maksymalny termin zakończenia kontroli, przez co część organów wyznacza terminy 6 miesięczne i dłuższe. W związku z wprowadzeniem 3 miesięcznego terminu dla kontroli celno-skarbowej taka praktyka powinna zostać ukrócona.

Kontrola podatkowa kończy się protokołem, natomiast kontrola celno-skarbowa wynikiem kontroli. Mimo różnego nazewnictwa (co może budzić wątpliwości ze względu na zasady techniki prawodawczej) dokumenty te w zasadzie się od siebie nie różnią. W przypadku kontroli podatkowej, podatnik może złożyć deklarację korygującą jeżeli zgadza się z ustaleniami kontroli, lub zastrzeżenia do protokołu w terminie 14 dni od dnia odebrania protokołu, jeżeli nie zgadza się z tymi ustaleniami. Jeżeli podatnik nie złożył korekty deklaracji organ ma 6 miesięcy na wszczęcie postępowania podatkowego. Organy często uznawały, że na złożenie korekty deklaracji podatnik ma tylko 14 dni, w sytuacji gdy w przypadku kontroli podatkowej prowadzonej przez naczelników urzędów skarbowych prawo do złożenia deklaracji korygującej przysługuje do dnia wszczęcia postępowania podatkowego.

Kontrola celno-skarbowa kończy się wynikiem kontroli. W terminie 14 dni od dnia doręczenia wyniku kontroli kontrolowany może skorygować w zakresie objętym kontrolą celno-skarbową uprzednio złożoną deklarację podatkową.  Jeżeli kontrolowany skoryguje złożoną deklarację lub nie stwierdzono nieprawidłowości nie wszczyna się postępowania podatkowego. W sytuacji gdy mimo stwierdzenia w wyniku kontroli nieprawidłowości nie skorygowano deklaracji w wyznaczonym terminie kontrola celno-skarbowa automatycznie przekształca się w postępowanie podatkowe.

Postępowanie podatkowe w obu procedurach prowadzone jest na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej i kończy się decyzją rozstrzygającą sprawę co do istoty lub w inny sposób kończącą postępowanie (np. poprzez umorzenie postępowania).


Odwołanie od decyzji pokontrolnej

Odwołanie od decyzji wydanej przez naczelnika urzędu skarbowego wnosi się w terminie 14 dni  od dnia jego doręczenia, za pośrednictwem organu który wydał decyzję, do właściwego dyrektora izby administracji skarbowej.

W ustawie o KAS przewidziano inne rozwiązanie w przypadku decyzji wydanej przez naczelnika urzędu celno-skarbowego w postępowaniu wszczętym w związku z przeprowadzoną przez ten organ kontrolą celno-skarbową  odwołanie wnosi się w terminie 14 dni do tego samego organu, który wydał decyzję. Ma tu więc miejsce ponowne rozpatrzenie sprawy przez ten sam organ. Od decyzji organu odwoławczego w obu trybach przysługuje skarga do sądu administracyjnego na tej samej podstawie, jednak stroną przeciwną jest dyrektor izby administracji skarbowej w trybie "zwykłym", oraz naczelnik urzędu celno-skarbowego w przypadku postępowań prowadzonych przez naczelników urzędów celno-skarbowych.

Najważniejsze różnice pomiędzy tymi trybami to brak stosowania przepisów o swobodzie działalności gospodarczej, brak zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli, brak możliwości wniesienia zastrzeżeń do wyniku kontroli oraz rozpatrywanie odwołania przez ten sam organ, który wydał decyzję w przypadku kontroli celno-skarbowej prowadzonej przez naczelników urzędów celno-skarbowych.

Michał Sroczyński, doradca podatkowy

Zapisz się na newsletter
Chcesz uniknąć błędów? Być na czasie z najnowszymi zmianami w podatkach? Zapisz się na nasz newsletter i otrzymuj rzetelne informacje prosto na swoją skrzynkę.
Zaznacz wymagane zgody
loading
Zapisując się na newsletter wyrażasz zgodę na otrzymywanie treści reklam również podmiotów trzecich
Administratorem danych osobowych jest INFOR PL S.A. Dane są przetwarzane w celu wysyłki newslettera. Po więcej informacji kliknij tutaj.
success

Potwierdź zapis

Sprawdź maila, żeby potwierdzić swój zapis na newsletter. Jeśli nie widzisz wiadomości, sprawdź folder SPAM w swojej skrzynce.

failure

Coś poszło nie tak

Oceń jakość naszego artykułu

Dziękujemy za Twoją ocenę!

Twoja opinia jest dla nas bardzo ważna

Powiedz nam, jak możemy poprawić artykuł.
Zaznacz określenie, które dotyczy przeczytanej treści:
Autopromocja

REKLAMA

QR Code

REKLAMA

Księgowość
Zapisz się na newsletter
Zobacz przykładowy newsletter
Zapisz się
Wpisz poprawny e-mail
Czy pracodawca może obowiązkowo wysłać pracownika na zaległy urlop wypoczynkowy? Przepisy, orzeczenia sądów i stanowisko PIP

To dość częsta i wywołująca sporo wątpliwości sytuacja. Pracownik ma zaległy urlop ale nie wypełnia wniosków urlopowych i „chomikuje” ten urlop na przyszłość. Na różne nieprzewidziane sytuacje. Dla pracodawcy to kłopot, bo może być w niektórych sytuacjach ukarany za to grzywną przez Państwową Inspekcję Pracy od 1 tys. do 30 tys. zł (art. 282 § 1 pkt 2 kodeksu pracy). A ponadto pracodawca może być zobowiązany do tworzenia tzw. rezerw (tak naprawdę są to bierne rozliczenia międzyokresowe kosztów) w bilansie na o wynagrodzenia za czas urlopu zaległego (niewykorzystanego w terminie). Czy zatem pracodawca może zmusić (tj. skutecznie skłonić metodami zgodnymi z prawem) pracownika do wykorzystania urlopu lub zaległego urlopu z poprzedniego roku? Przecież urlop to uprawnienie pracownika i jest udzielany na wniosek pracownika.

Które faktury nie zostaną objęte KSeF?

Krajowy System e-Faktur to jedna z największych reform ostatnich lat. W 2026 roku każdy przedsiębiorca co do zasady będzie musiał wystawiać faktury ustrukturyzowane właśnie w KSeF. Celem jest uszczelnienie systemu VAT, łatwiejsza kontrola rozliczeń i automatyzacja obiegu dokumentów. Jednak nie wszystkie dokumenty sprzedażowe zostaną objęte obowiązkiem. Ustawodawca przewidział szereg wyłączeń i okresów przejściowych, które mają ułatwić podatnikom dostosowanie się do rewolucji w fakturowaniu.

Nowe faktury elektroniczne w 2026 r. Prof. Modzelewski: art. 106nda ust. 3 ustawy o VAT nakłada niewykonalne obowiązki i jest sprzeczny z prawem UE

Nowe faktury elektroniczne, o których mowa w art. 106nf, 106nh, 106nda i 106nha ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (ustawa o VAT), które będą w przyszłym roku wystawione zgodnie z wzorem faktury ustrukturyzowanej, budzą wśród podatników najwięcej wątpliwości – pisze prof. dr hab. Witold Modzelewski.

KSeF 2026: Tylko 4 miesiące na przygotowanie. Czego wymagać od dostawców oprogramowania? Kto powinien mieć dostęp do systemu?

Od 1 lutego 2026 roku w Polsce zacznie obowiązywać obligatoryjne fakturowanie elektroniczne z wykorzystaniem faktur ustrukturyzowanych wprowadzonych do ustawy o podatku VAT. Najpierw dotyczyć to będzie największych podatników (przekroczone 200 mln zł obrotów brutto w 2024 r.), a od 1 kwietnia 2026 r. - pozostałych. Oznacza to, że wymiana faktur pomiędzy przedsiębiorcami będzie musiała odbywać się za pośrednictwem Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF).

REKLAMA

Zmiany w VAT: rozliczanie importu towarów bezpośrednio w deklaracji podatkowej

W dniu 17 września 2025 r. Rada Ministrów przyjęła projekt nowelizacji ustawy o podatku od towarów i usług, będący częścią pakietu deregulacyjnego. Jak wyjaśnia Ministerstwo Finansów nowelizacja ta jest konieczna, bowiem po wprowadzeniu od czerwca br. nowego systemu celnego AIS/IMPORT PLUS, niektóre firmy posiadające pozwolenie na stosowanie zgłoszenia uproszczonego i stosujące to uproszczenie zostałyby de facto pozbawione możliwości rozliczania podatku VAT z tytułu importu towarów bezpośrednio w deklaracji podatkowej. Dzięki nowym przepisom ci przedsiębiorcy będą mogli nadal rozliczać podatek VAT z tytułu importu towarów bezpośrednio w deklaracji podatkowej.

Ulga B+R na wakacjach. O czym należy pamiętać przy ewidencji czasu pracy w czasie nieobecności pracowników?

Ulga na działalność badawczo-rozwojową (ulga B+R) to jeden z najistotniejszych i najbardziej przystępnych instrumentów wspierających finansowanie innowacji w Polsce. Ta preferencja podatkowa umożliwia przedsiębiorcom odliczenie od podstawy opodatkowania kosztów poniesionych na działania badawczo-rozwojowe nawet na poziomie 200%. W praktyce oznacza to możliwość odzyskania wydatków ponoszonych m.in. na wynagrodzenia pracowników zaangażowanych w prace B+R. Jednak dużym wyzwaniem pozostaje prawidłowe ewidencjonowanie czasu pracy osób zaangażowanych w takie projekty.

Od kiedy KSeF: co to za system faktur, co warto wiedzieć? Dla kogo będzie obowiązkowy w 2026 roku?

No i staje przed nami nowe wyzwanie. Nadchodzi koniec tradycyjnego modelu księgowości. Od 1 lutego 2026 r. największe podmioty będą musiały wystartować z wystawianiem faktur przez KSeF. Natomiast wszyscy odbiorcy będą musieli za pośrednictwem KSeF te faktury odbierać. Dla kogo w 2026 r. system KSeF będzie obowiązkowy?

Konsekwencje dla łańcucha dostaw przez zamknięcie kolejowego przejścia granicznego w Małaszewiczach w związku z manewrami Zapad-2025

Polska zdecydowała o czasowym zamknięciu kolejowych przejść granicznych z Białorusią, w tym kluczowego węzła w Małaszewiczach. Powodem są zakrojone na szeroką skalę rosyjsko-białoruskie manewry wojskowe Zapad-2025. Decyzja ta, choć motywowana względami bezpieczeństwa, rodzi poważne skutki gospodarcze i logistyczne, uderzając w europejsko-azjatyckie łańcuchy dostaw.

REKLAMA

KSeF a JDG – rewolucja w fakturach dla jednoosobowych działalności

Krajowy System e-Faktur (KSeF) to największa zmiana dla firm od lat. Do tej pory dla wielu przedsiębiorców prowadzących jednoosobowe działalności gospodarcze (JDG) faktura była prostym dokumentem np. wystawianym w Wordzie, Excelu czy nawet odręcznie. W 2026 roku ta rzeczywistość diametralnie się zmieni. Faktura będzie musiała być wystawiona w formie ustrukturyzowanej i przekazana do centralnego systemu Ministerstwa Finansów.

Liczne zmiany w podatkach PIT i CIT od 2026 r: nowe definicje ustawowe, ulga mieszkaniowa, amortyzacja, programy lojalnościowe, zbywanie nieruchomości, estoński CIT, IP Box

Na stronach Rządowego Centrum Legislacji został opublikowany 16 września 2025 r. projekt ustawy o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych oraz niektórych innych ustaw. Projekt ten, nad którym pracuje Ministerstwo Finansów, ma na celu uszczelnienie systemu podatkowego. Zmiany mają wejść w życie od początku 2026 roku.

REKLAMA