Postępowanie sprawdzające wszczęte przez organ podatkowy w sprawie zasadności zwrotu podatku VAT opiera się co prawda na uznaniu administracyjnym, ale przepisy ustawy o VAT nakładają wymóg, by zasadność weryfikacji była co najmniej uprawdopodobniona. Przesłanką do wszczęcia postępowania w sprawie zasadności zwrotu podatku VAT nie jest sam fakt wykazania przez podatnika nadwyżki do zwrotu, ale muszą istnieć istotne wątpliwości co do zasadności zwrotu.