Na pytanie, czy ten sam dowód może być podstawą odliczenia z tytułu wpłat na rzecz organizacji pożytku publicznego i jednocześnie z tytułu darowizn na działalność charytatywno-opiekuńczą kościelnych osób prawnych wyjaśniamy, iż odliczanie omawianych wpłat i darowizn normują ustawa z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz.U. z 2000 r. nr 14, poz. 176 ze zm.) oraz ustawy regulujące wzajemne stosunki między państwem a poszczególnymi kościołami (jest ich w sumie 11). - Pismo Ministerstwa Finansów z 20 czerwca 2005 r.
Przy czym niedawno w sposób nie pozostawiający żadnych wątpliwości rozstrzygnięto ostatecznie, iż przepisy dotyczące darowizn kościelnych stanowią odrębną w odniesieniu do ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych pełnoprawną podstawę odliczeń podatkowych (dokonano tego uchwałą z dnia 14 marca 2005 r., podjętą przez sędziów całej Izby Finansowej Naczelnego Sądu Administracyjnego w Warszawie). Odliczanie wpłat na rzecz organizacji pożytku publicznego i darowizn rządzi się odmiennymi zasadami. Wpłaty pozwalają na zmniejszenie podatku, natomiast darowizny odliczane są od dochodu przed opodatkowaniem. Podatnik, chcąc skorzystać ze zmniejszenia podatku, musi przekazać pieniądze na rzecz organizacji, która posiada już formalny status organizacji pożytku publicznego. W przypadku odliczanych od dochodu darowizn nie ma takiego wymogu – ważne jest, aby darowizna została przekazana na określony w przepisach cel. W przypadku tzw. darowizn kościelnych podatnik musi otrzymać w ciągu dwóch lat od daty przekazania darowizny sprawozdanie obdarowanej kościelnej osoby prawnej, co do sposobu wydatkowania darowizny.
Przy dokonywaniu wpłat na rzecz organizacji pożytku publicznego wystarczy zatem wpisać nazwę organizacji. Nie jest istotne, na jaki cel dokonana została wpłata. Natomiast przy darowiźnie dokument, który stanowi jej potwierdzenie, musi określać, na co darowizna zostaje przekazana – w omawianym przypadku na działalność charytatywno-opiekuńczą kościelnej osoby prawnej. Zakładając, że obdarowana kościelna osoba prawna ma status organizacji pożytku publicznego (spełniony jest warunek upoważniający do zmniejszenia podatku o 1 proc.) i prowadzi działalność charytatywno-opiekuńczą (cel darowizny uprawnia do odliczenia od dochodu), podatnik w momencie dokonywania darowizny musi być zdecydowany, w jaki sposób zamierza odliczyć wydatkowane kwoty – czy w ramach kościelnej darowizny, czy w ramach 1 proc. zmniejszenia podatku. W tym pierwszym przypadku obdarowany musi posiadać rozeznanie co do wydatkowania kwot pochodzących z darowizny (co umożliwi obdarowanemu sporządzenie sprawozdania). W drugim wpłata musi być dokonana na konto bankowe organizacji. Trudno także wyobrazić sobie sytuację, w której obdarowana organizacja pożytku publicznego jedną wpłatę dwa razy zalicza do przychodów, raz z tytułu wpłat na rzecz organizacji pożytku publicznego, a drugi raz jako darowiznę na działalność charytatywno-opiekuńczą kościelnej osoby prawnej. Jedna wpłata może być zaliczona tylko raz do przychodów bilansowych osoby prawnej. Gdyby założyć, iż osoba prawna może jedną wpłatę podwójnie zaliczyć do swoich dochodów, to również, przy sporządzeniu bilansu, musiałaby tę podwojoną kwotę wykazać po stronie wydatków.
Reasumując, ten sam wydatek podatnika nie może stanowić podstawy opisanych różnych odpisów podatkowych. Jednakże, gdy podatnik przy wpłacie zaznaczy, że określona kwota stanowi 1 proc. podatku na rzecz organizacji pożytku publicznego (uprawniająca do zmniejszenia podatku), a pozostała to darowizna na rzecz kościelnej osoby prawnej prowadzącej działalność charytatywno-opiekuńczą, nie ma przeszkód, by ten sam dowód wpłaty stanowił podstawę odliczenia, z tym że w przypadku darowizny kościelnej podatnik musi dodatkowo posiadać potwierdzenie obdarowanego o przyjęciu darowizny.
