Faktura wystawiona poza KSeF a koszty uzyskania przychodów – jak ocenia to Skarbówka

• Stan faktyczny i wątpliwości podatnika
• Tezy i rozstrzygnięcie Dyrektora KIS
• Argumentacja organu: CIT niezależny od technologii KSeF
• Ponowne przesłanie faktury przez KSeF
• Potwierdzenie dotychczasowej linii interpretacyjnej

Stan faktyczny i wątpliwości podatnika

Z wnioskiem o interpretację wystąpiła do Dyrektora KIS spółka, będąca czynnym podatnikiem VAT i CIT, prowadząca działalność usługową w ramach międzynarodowej grupy kapitałowej. Od 1 lutego 2026 r. Spółka jest zobowiązana do otrzymywania faktur ustrukturyzowanych za pośrednictwem systemu KSeF. Jednak Spółka wskazała, że mimo ustawowego obowiązku, niektórzy dostawcy wystawiają i mogą nadal wystawiać faktury w formie papierowej lub elektronicznej poza KSeF.

Spółka podkreśliła, że nie ma wpływu na sposób wystawiania faktur przez kontrahentów ani na ich ewentualne błędy w tym zakresie. Dlatego sformułowała pytania dotyczące skutków podatkowych otrzymania takich dokumentów po 1 lutego 2026 r.. Kluczową kwestią było to, czy wydatki udokumentowane fakturą wystawioną poza KSeF (wbrew obowiązkowi) mogą zostać zaliczone do kosztów uzyskania przychodów oraz czy prawo to zostanie zachowane, jeśli dostawca później prześle tę samą fakturę poprawnie przez KSeF.

Tezy i rozstrzygnięcie Dyrektora KIS

Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej w interpretacji z 15 czerwca 2026 r. uznał stanowisko podatnika za prawidłowe w pełnym zakresie dotyczącym podatku dochodowego od osób prawnych. Organ potwierdził, że błędy wystawcy faktury w zakresie korzystania z KSeF nie pozbawiają nabywcy prawa do rozliczenia kosztu.
Główna teza organu opiera się na fakcie, że o możliwości zaliczenia wydatku do kosztów podatkowych decyduje art. 15 ust. 1 ustawy o CIT, a nie rodzaj technicznego nośnika, na którym utrwalono informację o transakcji.

Argumentacja organu: CIT niezależny od technologii KSeF

Dyrektor KIS wskazał, że w ustawie o CIT nie wprowadzono zmian analogicznych do tych w ustawie o VAT, które uzależniałyby status kosztu od formy faktury. W uzasadnieniu czytamy: „W ustawie o CIT nie przewidziano nowelizacji uwzględniających wejście w życie Krajowego Systemu e-Faktur. W szczególności nie uzależniono możliwości zaliczenia poniesionego wydatku do kosztów uzyskania przychodów od spełnienia obowiązku wystawienia faktury dokumentującej ten wydatek przy użyciu KSeF”.

Organ podatkowy przypomniał, że aby wydatek był kosztem, musi on spełniać ogólne przesłanki:
- zostać faktycznie poniesiony przez podatnika i mieć charakter definitywny,
- pozostawać w związku z działalnością gospodarczą i służyć osiągnięciu lub zabezpieczeniu przychodów,
- nie znajdować się w katalogu wydatków wyłączonych (art. 16 ust. 1 ustawy o CIT),
- być właściwie udokumentowany.

Dyrektor KIS podkreślił, że: „Celem każdej faktury – zarówno w wersji papierowej, elektronicznej, jak i ustrukturyzowanej − bez względu na jej formę – jest przede wszystkim udokumentowanie rzeczywistego przebiegu zdarzenia gospodarczego i potwierdzenie przeprowadzenia transakcji”. Jeśli faktura poza KSeF jest rzetelna i odzwierciedla realną operację, to jej forma techniczna nie ma znaczenia dla celów CIT.

Ponowne przesłanie faktury przez KSeF

Organ odniósł się również do sytuacji, w której dostawca „naprawia” błąd i przesyła fakturę ponownie, tym razem przez KSeF. Dyrektor KIS uznał, że choć pierwotne wystawienie dokumentu poza systemem jest działaniem nieprawidłowym po stronie sprzedawcy, nabywca nadal dysponuje dowodem poniesienia kosztu.

W interpretacji wskazano wprost: „Fakt, że Dostawca zdecyduje się w późniejszym terminie przesłać ponownie faktury – tym razem prawidłowo za pośrednictwem KSeF w formie faktur ustrukturyzowanych − nie wpłynie zatem na możliwości uznania wydatków udokumentowanych pierwotnie fakturami w postaci papierowej lub elektronicznej za koszt podatkowy na podstawie art. 15 ust. 1 ustawy o CIT”.

Organ zaznaczył jednak, że podatnicy powinni zachować należytą staranność i weryfikować, dlaczego kontrahent nie korzysta z systemu, ponieważ notoryczne omijanie KSeF może być sygnałem ostrzegawczym co do rzetelności dostawcy. Niemniej jednak, dla celów podatku dochodowego, decydujący pozostaje związek przyczynowy wydatku z przychodem, a nie format otrzymanego dokumentu.

Potwierdzenie dotychczasowej linii interpretacyjnej

Omawiana interpretacja stanowi potwierdzenie utrwalonej już linii interpretacyjnej Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej oraz oficjalnego stanowiska Ministerstwa Finansów.

Sama Spółka przywołała we wniosku o interpretację odpowiedź Ministerstwa Finansów dla Business Insidera z 22 sierpnia 2025 r., w której resort jednoznacznie stwierdził, że przepisy o podatku dochodowym nie uzależniają kosztów od wystawienia faktury w KSeF. MF podkreśliło wtedy, że wystawienie faktury poza systemem nie eliminuje automatycznie wydatku z kosztów podatkowych.

Także we wcześniejszych rozstrzygnięciach Dyrektora KIS, było prezentowane prezentowały to samo stanowisko - np. w:
- interpretacji z 14 stycznia 2026 r. (nr 0111-KDIB1-1.4010.606.2025.2.SH),
- interpretacji z 23 lutego 2026 r. (nr 0114-KDIP2-2.4010.594.2025.2.KW),
- interpretacji z 3 marca 2026 r. (nr 0114-KDIP2-2.4010.2.2026.1.ND),
- interpretacji z 10 marca 2026 r. (nr 0111-KDIB2-1.4010.10.2026.1.AG).

Organy podatkowej konsekwentnie prezentują tezę, że o ile ustawa o VAT została znowelizowana pod kątem KSeF, o tyle „wprowadzenie KSeF nie spowodowało zmian w ustawie o CIT”. Dyrektor KIS w przytoczonych źródłach regularnie zauważa, że w ustawie o CIT nie ma przepisów ograniczających zaliczanie wydatków do kosztów ze względu na brak faktury ustrukturyzowanej. Zatem cały czas pozostaje aktualna dawno ukształtowana praktyka organów podatkowych, według której dla celów CIT kluczowa pozostaje merytoryczna zasadność kosztu i jego rzetelne udokumentowanie, a nie techniczny format faktury.

Źródło: interpretacja indywidualna Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z 15 czerwca 2026 r. (sygn. 0114-KDIP2-2.4010.169.2026.2.AS)