Sąd nie naruszył przepisów poprzedniej ustawy o VAT, uznając prawo podatnika do odliczenia podatku, w sytuacji gdy nie miał on oryginału faktury.
Naczelny Sąd Administracyjny zajął się skargą kasacyjną dyrektora izby skarbowej. Sprawa dotyczyła odliczeniaVAT za wrzesień 2002 roku. Podatnik dokonał odliczenia z faktury dokumentującej zakup ciężarówki. Organ skontrolował zbywcę i stwierdził, że kopie faktur były anulowane. Co prawda transakcja doszła ostatecznie do skutku. Dokumentowała to nowa faktura wystawiona kilka dni później. Podatnik jednak odliczył VAT z pierwszej anulowanej faktury. Co więcej, nie posiadał oryginału późniejszej faktury. Organy podatkowe nie kwestionowały, że sprzedaży w ogóle nie było. Jednak ich zdaniem podatnik stracił prawo do odliczenia, bo nie miał oryginału drugiej faktury.
Spór trafił do sądu I instancji i podatnik wygrał. Sąd potwierdził, że fakturą dokumentującą sprzedaż był drugi dokument. Ale ponieważ nie było wątpliwości, że ostatecznie doszło do nabycia samochodu, nie można pozbawić podatnika prawa do odliczenia.
Z tym stanowiskiem nie zgodziła się izba skarbowa. W skardze kasacyjnej do NSA organ podatkowy podkreślał, że sąd w swoim stanowisku poszedł za daleko. Organ podkreślał również rolę oryginału faktury dla skutecznego odliczenia VAT.
NSA oddalił jednak skargę kasacyjną, a głównym powodem tego okazała się jej konstrukcja. Jak podkreślono w wyroku, głównym zarzutem wobec sądu I instancji było naruszenie art. 19 ust. 1 poprzedniej ustawy o VAT poprzez uznanie prawa do odliczenia mimo braku oryginału faktury. Jak jednak zauważył NSA, przepis ten nie nakładał na podatnika obowiązku przedłożenia oryginału faktury. Jeżeli organ chciał wykazać naruszenie, należało wskazać odpowiedni przepis, bo te wskazane w skardze kasacyjnej nie odnoszą się do tego, czy podatnik otrzymał fakturę i w jakim czasie, ani czy powinien ją posiadać w trakcie kontroli. Wyrok jest prawomocny.
