Faktury i korekty wystawiane poza KSeF w 2026 r. - co się okazało po kilku tygodniach stosowania KSeF w praktyce

• KSeF nie jest idealny ale nie ma od niego odwrotu
• Faktury wystawiane z pominięciem KSeF a odliczenie podatku naliczonego
• Zasada neutralności podatku dla podmiotów opodatkowanych
• Korekta do faktury poza KSeF

KSeF nie jest idealny ale nie ma od niego odwrotu

Niezależnie od tego, co jako użytkownicy myślimy o systemie KSeF, jego wprowadzenie odcisnęło niewątpliwie piętno na życiu szerokiego kręgu podatników i wywołało efekt podobny do skoków narciarskich, czy piłki nożnej. Wszyscy Polacy, a w szczególności podatnicy VAT, mają swoje wyrobione i ugruntowane zdanie (niezależnie od tego czy pozytywne, czy negatywne) na temat KSeF. To już fenomen, że o nudnych sprawach podatkowych dyskutuje się przy świątecznym stole (byłem tego świadkiem). Ale poważniejąc nieco, bo sprawa jest poważna, należy sobie zadać i spróbować odpowiedzieć na kilka fundamentalnych pytań.

Czy KSeF jest systemem idealnym dla podatników? Nie, jeszcze długo będą wychodzić niedociągnięcia oraz luki w systemie. I to jest słowo klucz - system - bo KSeF tak naprawdę jako zjawisko jest przede wszystkim zmianą systemową, IT, a nie zmianą podatkową i cierpi na wszystkie choroby wieku dziecięcego systemów IT. Czy 1 lutego albo 1 kwietnia br. były dobrym momentem na wprowadzenie KSeF? Nie. Czy słyszeli Państwo o dobrym momencie na wprowadzenie dużego, nowego systemu IT? Na pewno nie, bo nie ma takiego, każdy termin jest zły, bo wiąże się ze zmianą przyzwyczajeń i rutyn, a tego homo sapiens nie lubi i co do zasady unika. Czy zatem można było uniknąć KseF? Można, tak samo jak można było uniknąć deklaracji elektronicznych czy zastąpienia deklaracji VAT-7 JPK VAT. Tyle, że oprócz tego, że brzmi to lekko „dziadersko” to, czy bylibyście Państwo gotowi do powrotu do deklaracji VAT-7, najlepiej w wersji papierowej…? Czy widzieliście Państwo wdrożenie dużego systemu klasy ERP, które przebiegło bezboleśnie? Kładę pieniądze przeciwko orzechom, że nie. To czego spodziewaliśmy się po KseF…?

Osobiście uważam, że systemowo, biorąc pod uwagę zmiany otaczającego nas świata, KseF w takiej czy innej formie był i jest nie do uniknięcia, więc zamiast biadolić, jak niektórzy - nawet eksperci, starałbym się raczej szukać i znajdować odpowiedzi na nowe zagadnienia i problemy, które KSeF stworzył jako naturalne konsekwencje każdej nowości systemowej.

Faktury wystawiane z pominięciem KSeF a odliczenie podatku naliczonego

W tej publikacji wspomnę o dwóch kwestiach, na które w ostatnim czasie musiałem w swojej praktyce najczęściej odpowiadać zdezorientowanym podatnikom kupującym towary i usługi. Pierwsza z nich wynika z faktu, że wielu z nas - podatników - dostało od swoich kontrahentów zawczasu informacje, że z różnych przyczyn, np. technicznych, nie będą w stanie wystawiać faktur w KSeF. Albo takiej informacji nie dostało, tylko stanęło przed takim faktem i co za tym idzie zaczęli zadawać pytania sobie a potem swoim doradcom.

Innymi słowy kontrahent podatnika, pomimo obowiązku wystawiania faktur KseF, dokumentuje realizowane dostawy fakturami VAT wystawianymi z pominięciem KSeF. Czy podatnik-nabywca ma prawo do odliczenia VAT naliczonego z takiego dokumentu?

Absolutnie tak, jeśli wystawiony dokument sprzedaży potwierdza realną transakcję i zawiera wszystkie dane konieczne na fakturze, to jest fakturą w rozumieniu ustawy o VAT, mimo iż nie został przesłany przez sprzedawcę do systemu KSeF. A to oznacza, że przy spełnieniu pozostałych przesłanek do odliczenia (np. związek z działalnością nabywcy opodatkowaną VAT) podatnik-nabywca ma nadal pełne prawo do odliczenia VAT z faktury wystawionej poza KSeF.

Wynika to z faktu, że prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego jest elementem konstrukcyjnym systemu VAT i przysługuje wówczas, gdy zostaną spełnione określone, podstawowe warunki, tzn.:
- odliczenia tego dokonuje podatnik VAT;
- gdy towary i usługi, z których nabyciem podatek został naliczony są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych;
- nie zachodzą tzw. przesłanki negatywne, czyli mówiąc po ludzku, ustawa o VAT nie zabrania odliczenia.

Według art. 86 ust. 10 ustawy o VAT prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego powstaje, co do zasady, w rozliczeniu za okres, w którym w odniesieniu do nabytych lub importowanych przez podatnika towarów i usług powstał obowiązek podatkowy.

Artykuł 88 ustawy o VAT szczegółowo określa natomiast listę wyjątków, przypadków szczególnych, które pozbawiają podatnika prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.

Zgodnie z art. 88 ust. 3a ustawy o VAT nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego faktury w przypadku, gdy:
1) sprzedaż została udokumentowana fakturami lub fakturami korygującymi wystawionymi przez podmiot nieistniejący;
2) transakcja udokumentowana fakturą nie podlega opodatkowaniu albo jest zwolniona od podatku;
3) wystawione faktury, faktury korygujące lub dokumenty celne:
a. stwierdzają czynności, które nie zostały dokonane - w części dotyczącej tych czynności,
b. podają kwoty niezgodne z rzeczywistością - w części dotyczącej tych pozycji, dla których podane zostały kwoty niezgodne z rzeczywistością,
c. potwierdzają czynności, do których mają zastosowanie przepisy art. 58 i 83 Kodeksu cywilnego - w części dotyczącej tych czynności;

4) faktury, faktury korygujące wystawione przez nabywcę zgodnie z odrębnymi przepisami nie zostały zaakceptowane przez sprzedającego;

5) wystawiono faktury, w których została wykazana kwota podatku w stosunku do czynności opodatkowanych, dla których nie wykazuje się kwoty podatku na fakturze - w części dotyczącej tych czynności.

Zasada neutralności podatku dla podmiotów opodatkowanych

Jak wspomniałem podstawową zasadą wspólnego dla UE systemu VAT jest zasada neutralności podatku dla podmiotów opodatkowanych, która przejawia się w tym, że na wszystkich etapach obrotu gospodarczego w transakcjach B2B nabywca, sam prowadząc działalność opodatkowaną VAT, ma prawo do potrącenia podatku zawartego w poprzedniej fazie obrotu (na fakturze zakupowej) - odliczenie VAT naliczonego. Wszelkie ograniczenia prawa do odliczenia podatku naliczonego wpływają na neutralność tego podatku i mogą wynikać jedynie z wyraźnej regulacji ustawowej.

Jak widać z przytaczanego art. 88 ustawy o VAT enumeratywnie określa on zamkniętą listę przypadków, w których podatnik został pozbawiony prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. W jego dyspozycji, także w brzmieniu od 1 lutego 2026 r., nie ujęto przypadku, gdy podatek naliczony wynika z faktur dokumentujących nabycie towarów i usług, które zostały wystawione wbrew obowiązkowi, bez użycia KseF. Fundamentalnie celem faktury jest przede wszystkim udokumentowanie rzeczywistego przebiegu zdarzeń gospodarczych, zarówno pod względem przedmiotu transakcji, jak i podmiotów biorących w niej udział.

Żaden przepis nie nakazuje nabywcy dokonywania weryfikacji zasadności wystawiania przez sprzedającego faktury w określonej postaci (w szczególności badania, czy faktura mogła być wystawiona poza KSeF), np. pod kątem posiadania przez sprzedawcę stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej w Polsce, czy zaistnienia okoliczności uniemożliwiających wystawienie faktury przy użyciu KSeF (awaria, niedostępność KSeF, inna przyczyna). Praw do odliczenia VAT naliczonego z faktur wystawionych poza ksef można w prosty sposób wywieść z wyroków Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej, ale sądzę, że w praktyce nie będzie takiej potrzeby, gdyż nie należy spodziewać się sporów na tym tle z władzami skarbowymi. Podzielają one bowiem powyższy punkt widzenia czemu dały wyraz w dość licznych interpretacjach Dyrektora KIS w tym temacie, np.:
• interpretacji z dnia 4.03.2025 r., nr 0114-KDIP1-3.4012.838.2024.1.MPA,
• interpretacji z dnia 12.08.2025 r., nr 0114-KDIP1-3.4012.507.2025.1.JG,
• interpretacji z dnia 18.11.2025 r., nr 0112-KDIL1-3.4012.722.2025.1.MR,
• interpretacji z dnia 2.01.2026 r., nr 0111-KDIB3-1.4012.857.2025.1.MSO,
• interpretacji z dnia 14.01.2026 r., nr 0112-KDIL1-1.4012.856.2025.1.MG,
• interpretacji z dnia 19.01.2026 r., nr 0111-KDIB3-1.4012.902.2025.1.MSO,
• interpretacji z dnia 21.01.2026 r., nr 0113-KDIPT1-3.4012.1110.2025.1.KAK.

Korekta do faktury poza KSeF

Drugi przypadek wątpliwości to taki, gdy sprzedawca wystawił fakturę ustrukturyzowaną dokumentującą sprzedaż, a potem wystawił korektę in minus do tej faktury, ale poza KSeF (w wersji papierowej bez kodu QR), ze względu np. na trudności techniczne. I tu rodzi się pytanie, kiedy nabywca ma obowiązek obniżenia podatku naliczonego: w momencie otrzymania tej faktury nie KSeF-owej, czy dopiero jak sprzedawca wprowadzi taką fakturę do KSeF, co pośrednio mogłyby sugerować przepisy art. 29a opisujące obowiązki i prawa sprzedawcy w takim wypadku.

Otóż stoję na stanowisku, że udokumentowanie przez sprzedawcę obniżenia podstawy opodatkowania (podatku należnego) fakturą korygującą (nie będącą fakturą z KSeF), która spełnia wymogi formalnym z art. 106j ust. 2 ustawy o VAT (zawiera konieczne dane), powoduje, iż podatnik-nabywca będzie zobowiązany do zmniejszenia podatku naliczonego VAT za okres otrzymania takiej faktury.

W tym zakresie do dnia 1 lutego 2026 r. nabywca obowiązany był do zmniejszenia kwoty podatku naliczonego w rozliczeniu za okres, w którym warunki obniżenia podstawy opodatkowania dla dostawy zostały uzgodnione ze sprzedawcą, jeżeli przed upływem tego okresu rozliczeniowego te warunki zostały spełnione.

W następstwie zmiany przepisu art. 86 ust. 19a ustawy o VAT z dniem 1 lutego 2026 r.: „W przypadku obniżenia podstawy opodatkowania, o którym mowa wart. 29a ust. 13-13c, lub stwierdzenia pomyłki w kwocie podatku na fakturze, o którym mowa w art. 29a ust. 14, nabywca towaru lub usługi jest obowiązany do zmniejszenia kwoty podatku naliczonego w rozliczeniu za okres, w którym otrzymał fakturę korygującą. Jeżeli podatnik nie obniżył kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego określonego na fakturze, której korekta dotyczy, a prawo do takiego obniżenia mu przysługuje, zmniejszenie kwoty podatku naliczonego uwzględnia się w rozliczeniu za okres, w którym podatnik dokonuje tego obniżenia.”

Z powyższego wynika, że podstawę formalną dla zmniejszenia podatku naliczonego stanowić będę faktura korygująca.

Powyższy przepis nie uzależnia jednak wykonania obowiązku zmniejszenia kwoty podatku naliczonego oraz momentu dokonania tej czynności od tego, czy otrzymana faktura korygująca ma postać ustrukturyzowaną (KseF). A to akurat ważne, bo wszędzie tam, gdzie ustawodawca wiązał określone skutki prawne od formy wystawionej lub otrzymanej faktury wyraźnie wskazywał na taką zależność, np. we wspomnianych regulacjach odnoszących się do sprzedawcy – art. 29a ust.13-13c.

Tym samym, jeśli faktura korygująca będzie dokumentować rzeczywisty przebieg zdarzeń gospodarczych, to fakt, że nie ma ona postaci KSeF, nie oznacza, że nabywca nie musi skorygować swojego podatku naliczonego. Jest to logiczne i spójne z tym, że również korektę in plus potraktowalibyśmy jak inne faktury zakupowe wystawione poza KseF, a więc odliczali z nich podatek VAT.

Marcin Chomiuk, Doradca podatkowy z 30 letnim doświadczeniem - Partner zarządzający ADN Podatki sp. z o.o.