Koniec umowy najmu może się wiązać z koniecznością dokonania wzajemnych rozliczeń między stronami tej umowy, a w konsekwencji dodatkowo z rozliczeniami w VAT. W praktyce spotykamy różne sytuacje, np. wiążące się ze sporami między stronami, rozliczeniem nakładów i ulepszeń, różnymi świadczeniami odszkodowawczymi itp. Większość z nich może spowodować obowiązek rozliczeń VAT zarówno po stronie najemcy, jak i wynajmującego.
Jeżeli wynajmujący zgodzi się na obniżenie, zwolnienie lub odroczenie płatności czynszu za najem, to aby skutek ten nastąpił, należy zawrzeć aneks do umowy. Nie jest korzystne podatkowo umarzanie czynszu, gdyż VAT i tak należy rozliczyć. Istnieje także ryzyko, że organy podatkowe uznają zwolnienie z czynszu za świadczenie na cele osobiste najemcy, w efekcie i tak trzeba będzie naliczyć VAT. Dlatego lepszym pomysłem jest czynsz za 1 zł. W zawartym aneksie należy dokładnie opisać przyczyny podjętych działań, aby po ustaniu epidemii nie zarzucono nam bezprawnej optymalizacji.