Wydając decyzję o odpowiedzialności spadkobierców, organy podatkowe sprawdzają i określają nie tylko wysokość podatku lub straty. Weryfikują też wysokość nadpłaty lub zwrotu, gdy spadkodawca deklaracji nie złożył.
Ordynacja podatkowa daje fiskusowi możliwość orzekania o odpowiedzialności spadkobierców za zaległości spadkodawcy (art. 100). Przed nowelizacją przepis ten nic nie mówił o uprawnieniach spadkobierców, w sytuacji gdy w deklaracji została wykazana nadpłata albo zwrot podatku. Zmiana wprowadza w tym zakresie korzystne dla nich rozwiązania. Obecnie organy podatkowe zobowiązane są także określić w odrębnych decyzjach wysokość nadpłaty albo zwrotu podatku (w tym VAT).
Poprzednio problemy stwarzała zwłaszcza sytuacja, gdy zmarły podatnik VAT nie zdążył złożyć deklaracji. Przepisy ustawy o VAT nie regulują wprost kwestii, czy taką deklarację może złożyć następca prawny zmarłego. Wynika z nich natomiast, że powinna ona zawierać podpis podatnika. Dlatego najczęściej organy podatkowe odmawiały zwrotu podatku naliczonego lub nadwyżki, nawet gdy przyjęły deklarację podpisaną przez spadkobiercę zmarłego. Postępowały tak również w sytuacji, gdy spadkobierca chciał kontynuować działalność gospodarczą zmarłego. Tymczasem NSA (w orzeczeniu z 15 października 2003 r.) uznał, że w tych okolicznościach nic nie stoi na przeszkodzie, by następca prawny dostarczył za zmarłego na jego nazwisko deklarację VAT-7, przez co nabywa prawo do odliczenia podatku naliczonego, a nawet zwrotu nadwyżki podatku (sygn. akt III SA 3566/01). Po nowelizacji art. 100 Ordynacji – te uprawnienia spadkobiercy zmarłego podatnika VAT znalazły podstawę prawną.
