KSeF: czy faktura poza systemem daje prawo do odliczenia VAT?

• Zakres wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej w sprawie KSeF
• Opis zdarzenia przyszłego: działalność i obieg faktur
• Faktury poza KSeF mimo obowiązku – realny scenariusz
• Brak wiedzy o statusie dostawcy jako istotny problem
• Pytania do organu skarbowego
• Stanowisko spółki: pełne prawo do odliczenia VAT
• Uzasadnienie skarbówki: szczegółowa analiza przepisów VAT
• Co z JPK i ponownym wystawieniem faktury w KSeF?
• Podsumowanie: brak korekty i zachowane prawo do odliczenia VAT

Interpretacja indywidualna o sygn. 0112-KDIL1-3.4012.67.2026.1.EO z 30 marca 2026 r. dotyczy jednego z najbardziej problematycznych zagadnień po wprowadzeniu obowiązkowego KSeF, czyli prawa do odliczenia VAT z faktur wystawionych poza systemem. W praktyce wielu przedsiębiorców mierzy się z sytuacją, w której dostawcy – mimo nowych przepisów – nadal wystawiają dokumenty w formie papierowej lub elektronicznej. Powstaje więc pytanie, czy takie faktury zachowują pełną moc podatkową. Organ podatkowy odniósł się również do kwestii ewentualnej korekty plików JPK_V7M, gdy faktura zostanie później wprowadzona do KSeF. Rozstrzygnięcie ma istotne znaczenie dla bezpieczeństwa rozliczeń VAT w okresie przejściowym.

Zakres wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej w sprawie KSeF

29 stycznia 2026 r. wpłynął Państwa wniosek z 29 stycznia 2026 r. o wydanie interpretacji indywidualnej, który dotyczy wskazania, czy:

• Spółce będzie przysługiwało prawo do odliczenia VAT naliczonego wynikającego z faktur zakupowych wystawionych na jego rzecz także w sytuacji, kiedy pomimo wejścia w życie przepisów o obowiązkowym KSeF takie faktury zostaną wystawione przez Dostawców w innej formie niż faktura ustrukturyzowana, tj. bez użycia KSeF i zostaną dostarczone Wnioskodawcy poza KSeF oraz,
• w przypadku, kiedy Dostawca zdecyduje się, fakturę wystawioną pierwotnie w postaci papierowej lub elektronicznej przesłać ponownie za pośrednictwem KSeF, w formie faktury ustrukturyzowanej, to Spółce dalej przysługiwać będzie prawo do odliczenia z faktury otrzymanej poza KSeF oraz nie będzie zobligowana do skorygowania złożonej pierwotnie do urzędu skarbowego struktury JPK_V7M, w której wykazała Fakturę Zakupową, otrzymaną w formie papierowej lub elektronicznej i oznaczoną za pomocą oznaczenia „BFK”.

Opis zdarzenia przyszłego: działalność i obieg faktur

Opis zdarzenia przyszłego: Wnioskodawca jest spółką kapitałową, która w związku z prowadzoną działalnością gospodarczą jest zarejestrowana w Polsce jako czynny podatnik podatku VAT. Głównym przedmiotem działalności gospodarczej Wnioskodawcy są roboty związane z (…). W ramach prowadzonej przez siebie działalności, Spółka nabywa różnego rodzaju towary i usługi od podatników zarejestrowanych w Polsce jako czynni podatnicy VAT (dalej: ,,Dostawcy”).

Wnioskodawca otrzymuje od Dostawców faktury dokumentujące dostarczone towary lub wykonane usługi (dalej: ,,Faktury Zakupowe”). W przypadkach objętych złożonym wnioskiem, nabywane przez Spółkę od Dostawców towary i usługi:

• nie podlegają zwolnieniu z VAT,
• są wykorzystywane przez Spółkę do czynności opodatkowanych podatkiem od towarów i usług,
• zarówno w odniesieniu do tych towarów i usług, jak i dokumentujących je Faktur Zakupowych nie zachodzą negatywne przesłanki do odliczenia podatku naliczonego, określone w art. 88 Ustawy VAT.

Faktury poza KSeF mimo obowiązku – realny scenariusz

Mimo wejścia w życie przepisów o obowiązkowym Krajowym Systemie e-Faktur (dalej również: „KSeF”), co do zasady od 1 lutego 2026 r., Wnioskodawca dalej może otrzymywać od swoich kontrahentów Faktury Zakupowe wystawione po 31 stycznia 2026 r. w postaci:

• papierowej lub
• elektronicznej, będące fakturami elektronicznymi, o których mowa w art. 2 pkt 32 Ustawy VAT, tj. faktury wystawione i otrzymane w dowolnym formacie elektronicznym inne niż faktury ustrukturyzowane (np. w formacie pdf).

Otrzymane przez Wnioskodawcę w tej postaci Faktury Zakupowe nie będą spełniały definicji faktury ustrukturyzowanej określonej w art. 2 pkt 32a Ustawy VAT. W niektórych przypadkach może to wynikać z faktu, że dany Dostawca będzie korzystać z odroczenia obowiązku wystawiania faktur ustrukturyzowanych do 1 kwietnia 2026 r. lub 1 stycznia 2027 r., natomiast może się zdarzyć, że Faktury Zakupowe w innej formie niż faktura ustrukturyzowana będą wystawiać na rzecz Spółki także Dostawcy zobowiązani już do wystawiania faktur w KSeF. Innymi słowy, Wnioskodawca nie może wykluczyć, że pomimo obowiązku wystawiania faktur przy użyciu KSeF, niektórzy Dostawcy nie będą stosować się do tego nakazu. Może to wynikać m.in. z braku wiedzy, awarii systemu, mylnego zastosowania przewidzianego zwolnienia z obowiązku korzystania z KSeF, czy też niegotowości technologicznej uniemożliwiającej wystawienie faktury ustrukturyzowanej.

Brak wiedzy o statusie dostawcy jako istotny problem

Ze względu na to, że dane dotyczące wartości sprzedaży poszczególnych podatników nie są publiczne dostępne, w odniesieniu do Faktur Zakupowych wystawionych po 31 stycznia 2026 r. Wnioskodawca nie będzie w stanie w każdym przypadku określić, czy dany Dostawca jest zobligowany już wystawiać faktury w ramach KSeF, czy też może korzystać jeszcze z przewidzianego odroczenia tego obowiązku do 1 kwietnia 2026 r. lub 1 stycznia 2027 r. Tym samym, Wnioskodawca nie będzie mógł stwierdzić, czy otrzymana w postaci papierowej lub elektronicznej Faktura Zakupowa prawidłowo została wystawiona przez Dostawcę w tej formie, czy też powinna była być wystawiona i dostarczona Spółce przy użyciu KSeF, w formie faktury ustrukturyzowanej.

Spółka nie może przy tym wykluczyć, że Faktury Zakupowe, które zostaną wystawione pierwotnie przez Dostawców w formie papierowej lub elektronicznej pomimo istniejącego obowiązku wystawienia ich w KSeF, będą w przyszłości ponownie wystawiane i dostarczane Spółce przez Dostawców w postaci faktury ustrukturyzowanej, przy użyciu KSeF. Spółka jest przy tym zobligowana do comiesięcznego składania struktury JPK_VAT z deklaracją, regulowanej przez art. 99 ust. 13b oraz 109 ust. 14 Ustawy VAT oraz przez przepisy Rozporządzenia JPK_VAT (dalej: ,,JPK_V7M”).

Pytania do organu skarbowego

1. Czy w opisanym zdarzeniu przyszłym Wnioskodawcy będzie przysługiwało prawo do odliczenia VAT naliczonego wynikającego z Faktur Zakupowych wystawionych na jego rzecz także w sytuacji, kiedy pomimo wejścia w życie przepisów o obowiązkowym KSeF takie faktury zostaną wystawione przez Dostawców w innej formie niż faktura ustrukturyzowana, tj. bez użycia KSeF i zostaną dostarczone Wnioskodawcy poza KSeF (niezależnie od tego, czy po stronie Dostawców istniał obowiązek wystawienia i dostarczenia tych faktur za pośrednictwem KSeF)?
2. Czy w przypadku, kiedy stanowisko Wnioskodawcy w zakresie pytania nr 1 będzie prawidłowe oraz Dostawca zdecyduje się fakturę wystawioną pierwotnie w postaci papierowej lub elektronicznej przesłać ponownie za pośrednictwem KSeF, w formie faktury ustrukturyzowanej, Spółce dalej przysługiwać będzie prawo do odliczenia z faktury otrzymanej poza KSeF oraz nie będzie zobligowana do skorygowania złożonej pierwotnie do urzędu skarbowego struktury JPK_V7M, w której wykazała Fakturę Zakupową, otrzymaną w formie papierowej lub elektronicznej i oznaczoną za pomocą oznaczenia „BFK”?

Stanowisko spółki: pełne prawo do odliczenia VAT

1. W ocenie Wnioskodawcy, w opisanym zdarzeniu przyszłym Wnioskodawcy będzie przysługiwało prawo do odliczenia VAT naliczonego wynikającego z Faktur Zakupowych wystawionych na rzecz Spółki przez Dostawców, również w przypadku, gdy – wbrew obowiązkowi – takie faktury zostaną wystawione w innej formie niż faktura ustrukturyzowana, tj. bez użycia KSeF i zostaną dostarczone Wnioskodawcy poza KSeF (niezależnie od tego, czy po stronie Dostawców istniał obowiązek wystawienia i dostarczenia tych faktur za pośrednictwem KSeF).
2. W ocenie Wnioskodawcy, przysługiwać będzie mu prawo do odliczenia na podstawie Faktury otrzymanej poza KSeF (przy spełnieniu warunków wskazanych w pytaniu nr 1) i nie będzie on zobligowany do skorygowania złożonej uprzednio do urzędu skarbowego struktury JPK_V7M, w której wykazała Fakturę Zakupową, otrzymaną w formie papierowej lub elektronicznej i oznaczoną za pomocą oznaczenia „BFK”.

Uzasadnienie skarbówki: szczegółowa analiza przepisów VAT

Ad. 1: Na początku wskazać należy, iż co do zasady od 1 lutego 2026 r. zgodnie z art. 106ga ust. 1 Ustawy VAT, podatnicy są obowiązani wystawiać faktury ustrukturyzowane przy użyciu KSeF. Przy czym, na podstawie przepisów przejściowych (tj. art. 145l i art. 145m Ustawy VAT obowiązujących od 1 lutego 2026 r.), obowiązek wystawiania faktur przy użyciu KSeF, będzie odroczony do:

• 1 kwietnia 2026 r. w przypadku podatników, których łączna wartość sprzedaży wraz z kwotą podatku u tych podatników nie przekroczyła w 2024 r. kwoty 200 000 000 zł oraz
• 1 stycznia 2027 r. w przypadku podatników, których łączna wartość sprzedaży wraz z kwotą podatku u tych podatników udokumentowana tymi fakturami wystawionymi w danym miesiącu jest mniejsza lub równa 10 000 zł.

Wnioskodawca nie może zatem wykluczyć, że niektórzy Dostawcy, pomimo nałożonego Ustawą VAT obowiązku wystawienia faktury przy użyciu KSeF, nie będą tego nakazu stosować. W związku z tym, po 31 stycznia 2026 r. Wnioskodawca może otrzymywać faktury wystawione poza systemem KSeF, w innej formie niż faktura ustrukturyzowana, tj. np. w formie papierowej lub elektronicznej, także w sytuacjach, kiedy Dostawcy będą obowiązani wystawić je przy użyciu KSeF.

Zgodnie z ogólną zasadą wyrażoną w art. 86 ust. 1 Ustawy VAT, w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi, o którym mowa w art. 15, przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, z zastrzeżeniem art. 114, art. 119 ust. 4, art. 120 ust. 17 i 19 oraz art. 124.

Artykuł 86 ust. 2 Ustawy VAT wskazuje, że kwotę podatku naliczonego stanowi suma kwot podatku wynikających z faktur otrzymanych przez podatnika z tytułu nabycia towarów i usług oraz dokonania całości lub części zapłaty przed nabyciem towaru lub wykonaniem usługi.

Prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego powstaje w rozliczeniu za okres, w którym w odniesieniu do nabytych lub importowanych przez podatnika towarów i usług powstał obowiązek podatkowy (art. 86 ust. 10 Ustawy VAT).

Przy czym, w myśl art. 86 ust. 10b pkt 1 Ustawy VAT, prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego w przypadkach, o których mowa w ust. 2 pkt 1 oraz pkt 2 lit. a – powstaje nie wcześniej niż w rozliczeniu za okres, w którym podatnik otrzymał fakturę lub dokument celny. Innymi słowy, otrzymanie faktury stanowi jeden z warunków determinujących prawo podatnika do odliczenia podatku VAT naliczonego.

Przepisy Ustawy VAT definiują fakturę jako dokument w postaci papierowej lub w postaci elektronicznej, zawierający dane wymagane ustawą i przepisami wydanymi na jej podstawie (art. 2 pkt 31 Ustawy VAT). Natomiast przez fakturę ustrukturyzowaną rozumie się fakturę wystawioną przy użyciu KSeF wraz z przydzielonym numerem identyfikującym tę fakturę w tym systemie (art. 2 pkt 32a Ustawy VAT).

Przepisy Ustawy VAT przewidują również katalog sytuacji, w których podatnikowi prawo do odliczenia nie przysługuje. Zgodnie bowiem z art. 88 ust. 3a Ustawy VAT, nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego faktury i dokumenty celne w przypadku gdy:

1. sprzedaż została udokumentowana fakturami lub fakturami korygującymi:

a) wystawionymi przez podmiot nieistniejący;

b) (uchylona)

2. transakcja udokumentowana fakturą nie podlega opodatkowaniu albo jest zwolniona od podatku;
3. (uchylony)
4. wystawione faktury, faktury korygujące lub dokumenty celne:

a) stwierdzają czynności, które nie zostały dokonane – w części dotyczącej tych czynności,

b) podają kwoty niezgodne z rzeczywistością – w części dotyczącej tych pozycji, dla których podane zostały kwoty niezgodne z rzeczywistością,

c) potwierdzają czynności, do których mają zastosowanie przepisy art. 58 i 83 Kodeksu cywilnego – w części dotyczącej tych czynności;

5. faktury, faktury korygujące wystawione przez nabywcę zgodnie z odrębnymi przepisami nie zostały zaakceptowane przez sprzedającego;
6. (uchylony)
7. wystawiono faktury, w których została wykazana kwota podatku w stosunku do czynności opodatkowanych, dla których nie wykazuje się kwoty podatku na fakturze – w części dotyczącej tych czynności.

Dodatkowo, jak wynika z art. 88 ust. 4 Ustawy VAT, obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego nie stosuje się również do podatników, którzy nie są zarejestrowani jako podatnicy VAT czynni, zgodnie z art. 96, z wyłączeniem przypadków, o których mowa w art. 86 ust. 2 pkt 7.

Co istotne, po pierwsze powyższy katalog przesłanek ma charakter zamknięty, tzn. tylko w przypadkach wyraźnie wskazanych podatnik traci prawo do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktury zakupowej. Po drugie, fundamentalną zasadą systemu VAT jest zasada neutralności, której gwarancją jest prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego od wydatków związanych z prowadzoną działalnością bez względu na cel czy rezultaty tej działalności, pod warunkiem, że co do zasady podlega ona sama opodatkowaniu podatkiem VAT.

Wskazać trzeba, że z powyższych przepisów nie wynika aby jedną z przesłanek negatywnych tj. wyłączających prawo podatnika (będącego czynnym podatnikiem VAT) do odliczenia podatku naliczonego była sytuacja, w której podatek naliczony wynikałby z faktury dokumentującej nabycie towarów lub usług, wystawionej wbrew obowiązkowi bez użycia KSeF i otrzymanej przez nabywcę poza KSeF.

Podkreślić trzeba również, że żaden przepis Ustawy VAT, nie nakazuje nabywcy, dokonywania jakiejkolwiek weryfikacji zasadności wystawienia przez sprzedawcę faktury w określonej formie (tj. przy użyciu KSeF, czy też papierowo lub elektronicznie).

Ponadto, zaznaczyć trzeba, że analizowane regulacje dot. prawa do odliczenia podatku naliczonego, pomimo zmian przepisów wynikających z wprowadzenia obowiązkowego KSeF, nie uległy zmianie. Natomiast Ustawa VAT przewiduje sankcje dla podatników (sprzedawców), którzy pomimo nałożonego obowiązku nie będą wystawiali faktur przy użyciu KSeF. Zdaniem Wnioskodawcy, powyższe jasno wskazuje, iż celem ustawodawcy nie było karanie podatników (nabywców) utratą prawa do odliczenia podatku naliczonego w zależności od formy faktury (tj. czy została wystawiona przy użyciu KSeF, czy też nie). Ewentualne sankcje za wystawienie faktury w niewłaściwej formie, tj. poza KSeF, są przewidziane dla sprzedawców zobligowanych wystawiać faktury ustrukturyzowane. Tym samym, zdaniem Wnioskodawcy, w opisanym zdarzeniu przyszłym nie zachodzą przypadki, w których Ustawa VAT pozbawia podatnika prawa do odliczenia podatku naliczonego.

W konsekwencji, Wnioskodawca uważa, że w opisanym zdarzeniu przyszłym, będzie przysługiwało mu prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wynikającego z Faktur Zakupowych wystawionych przez Dostawców poza KSeF, pomimo ustawowego obowiązku wystawienia faktur w formie ustrukturyzowanej, tj. przy użyciu KSeF.

VAT 2026. Komentarz

Wystawienie faktury bez użycia KSeF pomimo istnienia takiego obowiązku nie powoduje zdaniem Wnioskodawcy tego, że dokument ten nie stanowi dowodu istnienia prawa do odliczenia podatku VAT naliczonego. Podkreślić trzeba, że faktury wystawione w formie papierowej lub elektronicznej zgodnie z przywołanymi przepisami będą dalej stanowić faktury na gruncie Ustawy VAT, pomimo niedochowania obowiązku ich wystawienia za pośrednictwem KSeF ze wszystkimi konsekwencjami prawnymi. W szczególności wprowadzenie takiego dokumentu do obrotu przez sprzedawcę będzie go obligowało do zapłaty podatku wskazanego na takim dokumencie. Zatem w analizowanej sprawie należy stwierdzić, że Spółce będzie przysługiwało prawo do odliczenia VAT naliczonego wynikającego z Faktur Zakupowych wystawionych na jej rzecz przez Dostawców, wbrew obowiązkowi, bez użycia KSeF, przy założeniu, że spełnione będą pozostałe warunki uprawniające Wnioskodawcę do skorzystania z prawa do odliczenia VAT naliczonego.

Powyższe stanowisko Wnioskodawcy znajduje również potwierdzenie w interpretacjach indywidualnych wydawanych przez Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej. Tytułem przykładu można wskazać następujące interpretacje indywidualne:

Interpretacja indywidualna z 21 marca 2024 r., sygn. 0112-KDIL1-3.4012.2.2024.2.KK, w której stwierdzono:

„Powyższe wynika z faktu, że dla istnienia prawa do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktury (nawet w przypadku wskazanym wyżej), obok fundamentalnych przesłanek takich jak status odliczającego jako czynnego, zarejestrowanego podatnika VAT i związek zakupionych towarów i usług z czynnościami opodatkowanymi (u odliczającego) i faktycznie zrealizowana transakcja, to również najistotniejsze jest to, by nabyta usługa lub towar podlegały opodatkowaniu i nie korzystały przy tym ze zwolnienia od tego podatku. Prawidłowe wystawienie faktury papierowej, elektronicznej czy ustrukturyzowanej pod kątem formalnym i materialnym, stanowi spełnienie jednej z przesłanek do skorzystania z prawa do odliczenia. Jej wystawienie bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur nie powoduje jednak tego, że wadliwie wystawiony dokument nie stanowi dowodu istnienia prawa do odliczenia podatku naliczonego”.

Interpretacja indywidualna z 4 marca 2025 r., sygn. 0114-KDIP1-3.4012.838.2024.1.MPA, w której stwierdzono:

„Mając na uwadze powołane przepisy prawa w kontekście przedstawionego opisu sprawy stwierdzić należy, że Spółce (czynnemu podatnikowi podatku VAT) będzie przysługiwało – na podstawie art. 86 ust. 1 bądź art. 86 ust. 1 pkt 8 ustawy – prawo do odliczenia kwoty podatku naliczonego wynikającego z Faktur Zakupowych dokumentujących nabycie towarów i usług wystawionych wbrew obowiązkowi bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur, wykorzystywanych przez Spółkę do czynności opodatkowanych w ramach prowadzonej działalności gospodarczej. Wystawienie Faktur Zakupowych wbrew obowiązkowi bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur, nie pozbawia Państwa prawa do odliczenia podatku naliczonego, gdyż nie stanowi to negatywnej przesłanki, uniemożliwiającej odliczenie tego podatku, wymienionej w art. 88 ustawy”.

Interpretacja indywidualna z 13 października 2025 r., sygn. 0113-KDIPT1- 3.4012.833.2025.2.ALN, w której stwierdzono:

„Zatem w analizowanej sprawie należy stwierdzić, że będzie Państwu przysługiwało prawo do odliczenia VAT naliczonego wynikającego z Faktur Zakupowych wystawionych na Państwa rzecz przez Dostawców, w tym również wystawionych wbrew obowiązkowi bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur, przy założeniu, że spełnione będą pozostałe warunki uprawniające Państwa do skorzystania z prawa do odliczenia podatku naliczonego”.

Interpretacja indywidualna z 20 października 2025 r., sygn. 0114-KDIP1-3.4012.739.2025.1.AMA, w której stwierdzono:

„Tym samym, w analizowanej sprawie należy stwierdzić, że będzie Państwu przysługiwało prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego wynikającego z Faktur Zakupowych wystawionych na Państwa rzecz przez Dostawców i odebranych przez Państwa – wbrew obowiązkowi – bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur, przy założeniu, że spełnione będą pozostałe warunki uprawniające Państwa do skorzystania z prawa do odliczenia podatku naliczonego”.

Interpretacja indywidualna z 2 stycznia 2026 r., sygn. 0111-KDIB3-1.4012.857.2025.1.MSO w której stwierdzono:

„Mając na uwadze powołane przepisy prawa w kontekście przedstawionego opisu sprawy stwierdzić należy, że Państwu (czynnemu podatnikowi podatku VAT) będzie przysługiwało – na podstawie art. 86 ust. 1 bądź art. 86 ust. 8 pkt 1 ustawy – prawo do odliczenia kwoty podatku naliczonego wynikającego z Faktur Zakupowych dokumentujących nabycie towarów i usług wystawionych wbrew obowiązkowi bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur, wykorzystywanych przez Państwa do czynności opodatkowanych w ramach prowadzonej działalności gospodarczej. Wystawienie Faktur Zakupowych wbrew obowiązkowi bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur, nie pozbawia Państwa prawa do odliczenia podatku naliczonego, gdyż nie stanowi to negatywnej przesłanki, uniemożliwiającej odliczenie tego podatku, wymienionej w art. 88 ustawy.(...)

Tym samym, odpowiadając wprost na Państwa pytanie, należy stwierdzić, że będzie Państwu przysługiwało prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego wynikającego z Faktur Zakupowych wystawionych na Państwa rzecz przez Dostawców – wbrew obowiązkowi – bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur, przy założeniu, że spełnione będą pozostałe warunki uprawniające Państwa do skorzystania z prawa do odliczenia podatku naliczonego”.*

Interpretacja indywidualna z 9 stycznia 2026 r., sygn. 0111-KDIB3-1.4012.875.2025.2.IK w której stwierdzono:

„Tym samym, odpowiadając wprost na Państwa pytanie, należy stwierdzić, że będzie Państwu przysługiwało prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego wynikającego z Faktur Zakupowych wystawionych na Państwa rzecz przez Dostawców – wbrew obowiązkowi – bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur, przy założeniu, że spełnione będą pozostałe warunki uprawniające Państwa do skorzystania z prawa do odliczenia podatku naliczonego”.

Podsumowanie Stanowiska Wnioskodawcy w odniesieniu do pytania nr 1 zadanego we wniosku. W związku z powyższym, Wnioskodawca stoi na stanowisku, że w opisanym zdarzeniu przyszłym będzie przysługiwało mu prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wynikającego z Faktur Zakupowych wystawionych przez Dostawców poza KSeF, pomimo ustawowego obowiązku wystawienia faktur w formie ustrukturyzowanej tj. przy użyciu KSeF.

Co z JPK i ponownym wystawieniem faktury w KSeF?

Ad. 2: W przypadku potwierdzenia przez Organ stanowiska Wnioskodawcy w odniesieniu do pytania nr 1, Spółce będzie przysługiwało prawo do odliczenia wykazanego podatku VAT wynikającego z otrzymanych w formie papierowej lub elektronicznej Faktur Zakupowych, także w sytuacji, gdy powinny one być wystawione za pośrednictwem KSeF.

W takiej sytuacji, Spółka w okresie, w którym spełnione są warunki do skorzystania z prawa do odliczenia VAT lub też w jednym z kolejnych 3 okresów – wykaże otrzymaną Fakturę Zakupową w składanej do urzędu skarbowego strukturze JPK_V7M oraz dokona odliczenia VAT naliczonego.

Zgodnie z przepisami Rozporządzenia JPK_VAT, które zaczną obowiązywać od 1 lutego 2026 r., ewidencja VAT pozwalająca na prawidłowe rozliczenie podatku naliczonego powinna zawierać numer identyfikujący fakturę w Krajowym Systemie e-Faktur (§ 11 ust. 4a Rozporządzenia JPK_VAT).

Jeśli faktura nie posiada takiego numeru, zgodnie § 11 ust. 8 Rozporządzenia JPK VAT należy wybrać jedno z trzech oznaczeń tj.:

• ,,OFF” – faktura, o której mowa w art. 106nf ust. 1 Ustawy VAT, która na dzień złożenia ewidencji nie posiada numeru identyfikującego tę fakturę w Krajowym Systemie e-Faktur,
• ,,BFK” – faktura elektroniczna oraz faktura w postaci papierowej,
• ,,DI” – dowód inny niż faktura.

Natomiast w myśl części II pkt 14 Rozporządzenia JPK_VAT, numer identyfikujący w Krajowym Systemie e-Faktur fakturę, fakturę VAT RR potwierdzającą nabycie produktów rolnych lub usług rolniczych i fakturę VAT RR KOREKTA jest wykazywany w ewidencji, o ile został on nadany i nastąpiło to do dnia przesłania ewidencji. Co istotne, przepisy Rozporządzenia JPK_VAT, które zaczną obowiązywać od 1 lutego 2026 r., zawierają jeden wyjątek od powyższej zasady.

Zgodnie z częścią II pkt 15 Rozporządzenia JPK_VAT – w przypadku gdy faktura jest wystawiana w sposób określony w art. 106nda ust. 1 oraz art. 106nh ust. 1 Ustawy VAT, i udostępniana nabywcy w sposób inny niż przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur oraz na dzień przesłania ewidencji podatnik nie posiada numeru identyfikującego tę fakturę w Krajowym Systemie e-Faktur, jest ona wykazywana w ewidencji po stronie danych pozwalających na prawidłowe rozliczenie podatku należnego i oznaczana jako „DI”. Po uzyskaniu numeru identyfikującego tę fakturę w Krajowym Systemie e-Faktur podatnik koryguje ewidencję i oznacza tę fakturę numerem identyfikującym ją w Krajowym Systemie e-Faktur.

W tym przypadku, przepisy wyraźnie obligują podatnika do skorygowania złożonej struktury JPK_V7M, jeśli faktura wystawiona w sposób określony art. 106nda ust. 1 oraz art. 106nh ust. 1 Ustawy VAT na moment złożenia struktury JPK_V7M nie posiadała numeru KSeF a w późniejszym czasie taki numer został nadany. Należy jednak podkreślić, że przepis ten dotyczy oznaczenia „DI”, przewidzianego dla innych dokumentów niż faktury elektroniczne lub faktury w postaci papierowej (dla których przewidziano oznaczenie „BFK”).

Jednocześnie należy wskazać, że późniejszy fakt przesłania faktury w formie ustrukturyzowanej poprzez KSeF, gdy wcześniej został wystawiony dokument stanowiący fakturę w formie papierowej lub elektronicznej, nie modyfikuje prawa ani momentu odliczenia podatku VAT.

Takie podejście znajduje potwierdzenie przykładowo w interpretacji indywidualnej z dnia 12 stycznia 2026 r. sygn. 0112-KDIL1-3.4012.851.2025.1.KM, w której wskazano, że: „Według przywołanego art. 86 ust. 2 pkt 1 ustawy, jednym z warunków dokonania odliczenia podatku VAT jest posiadanie przez podatnika faktury dokumentującej zakup związany z działalnością opodatkowaną podatkiem VAT. Zatem otrzymanie faktury przez podatnika wyznacza moment, od którego możliwe jest zrealizowanie tego prawa.

Jak już wyżej wskazano, prawidłowe wystawienie faktury papierowej, elektronicznej czy ustrukturyzowanej pod kątem formalnym i materialnym, stanowi spełnienie jednej z przesłanek do skorzystania z prawa do odliczenia. Jej wystawienie bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur nie powoduje jednak tego, że wadliwie wystawiony dokument nie stanowi dowodu istnienia prawa do odliczenia podatku naliczonego.

W związku z powyższym, stwierdzić należy, że skoro Spółce będzie przysługiwało prawo do odliczenia podatku VAT z faktury wystawionej poza KSeF (taki dokument jest bowiem fakturą w rozumieniu ustawy), to konsekwentnie należy przyjąć, że datą powstania prawa do odliczenia podatku VAT z takiej faktury będzie data jej faktycznego otrzymania poza Krajowym Systemem e-Faktur. Bez znaczenia pozostawać będzie natomiast jej ewentualne (późniejsze) wprowadzenie do systemu KSeF”.

Podsumowanie: brak korekty i zachowane prawo do odliczenia VAT

Tym samym, nawet jeśli któryś z Dostawców zdecyduje się Fakturę wystawioną pierwotnie w postaci papierowej lub elektronicznej wystawić ponownie i przesłać za pośrednictwem KSeF, w formie faktury ustrukturyzowanej, Spółka nie będzie zobligowana do skorygowania złożonej pierwotnie do urzędu skarbowego struktury JPK_V7M, w której wykazała Fakturę Zakupową. Wskazane przepisy Rozporządzenia JPK_VAT takiego obowiązku bowiem na podatników nie nakładają. Pierwotnie złożony przez Spółkę plik JPK_V7M będzie więc pozostawał aktualny i nie będzie wymagał korekty.

Podsumowanie Stanowiska Wnioskodawcy w odniesieniu do pytania nr 2 zadanego we wniosku: W ocenie Wnioskodawcy, przysługiwać będzie mu prawo do odliczenia na podstawie Faktury otrzymanej poza KSeF (przy spełnieniu warunków wskazanych w pytaniu nr 1) i nie będzie on zobligowany do skorygowania złożonej do urzędu skarbowego struktury JPK_V7M, otrzymaną w formie papierowej lub elektronicznej i oznaczoną za pomocą oznaczenia „BFK”.