KSeF zmienia system podatkowy. Firmy wchodzą w erę stałego nadzoru skarbówki, a MF zapowiada kolejne zmiany

• Harmonogram wdrożenia KSeF i wyjątki dla firm
• Korzyści i bariery wdrożenia systemu
• KSeF w praktyce: potrzeba dalszych usprawnień
• Nowe podejście fiskusa: od kontroli do bieżącego monitoringu

Eksperci i przedsiębiorcy pozytywnie oceniają pierwsze miesiące działania Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF), choć większe firmy lepiej poradziły sobie z jego wdrożeniem niż sektor MŚP. Ministerstwo Finansów Ministerstwo Finansów prowadzi konsultacje w sprawie zmian w systemie, a specjaliści wśród najpotrzebniejszych wymieniają te dotyczące m.in. korekt zbiorczych, dostępności platformy w języku angielskim czy terminu na wysyłkę faktury do systemu. Podkreślają też, że KSeF oznacza jakościową zmianę w relacjach przedsiębiorców z fiskusem.

"Duzi przedsiębiorcy dość płynnie weszli w KSeF. Długo się do tego przygotowywali i idzie im to sprawnie. Mniejszym podatnikom, szczególnie z sektora MŚP, idzie to powoli. Nie wszyscy do niego dołączyli, duża część tak, a ci, którzy to zrobili, raczej sobie go chwalą. Jeśli ktoś nie ma bardzo specyficznych przypadków, to KSeF jest raczej ułatwieniem w dystrybucji faktur" – mówi agencji Newseria Andrzej Nikończyk, przewodniczący Rady Podatkowej Konfederacji Lewiatan Konfederacja Lewiatan. "Pierwsze miesiące funkcjonowania obowiązkowego KSeF-u oceniamy raczej pozytywnie. System działa, mimo naszych wątpliwości. Była szeroka akcja promocyjna i informacyjna prowadzona zarówno w mediach, jak i przez organy skarbowe. Większość drobnych i średnich przedsiębiorców była dobrze poinformowana i w naszej ocenie bardzo dobrze weszła w nowe obowiązki. Wystawianie faktur nie sprawia im specjalnych problemów" – uważa Anna Rembecka-Orłowska, senior manager w TMF Group.

Harmonogram wdrożenia KSeF i wyjątki dla firm

Krajowy System e-Faktur (KSeF) wdrażany jest stopniowo. Od 1 lutego 2026 roku objął duże firmy, które w 2024 roku osiągnęły sprzedaż powyżej 200 mln zł. Od 1 kwietnia br. obowiązek wystawiania faktur w systemie dotyczy pozostałych podatników. Wyjątkiem są te podmioty, których wartość sprzedaży dokumentowana fakturami za okresy miesięczne nie przekracza kwoty 10 tys. zł (brutto). One do końca 2026 roku są z tego obowiązku zwolnione.

"Występują pewne problemy i błędy. Ktoś źle coś wpisał, nie może znaleźć faktury. Natomiast to są początki. Do końca roku mamy okres bez kar, kiedy możemy się przyzwyczaić i spokojnie wejść w KSeF. Myślę, że przedsiębiorcy za parę lat będą się cieszyć, że ten moment nastąpił" – podkreśla Andrzej Nikończyk.

Korzyści i bariery wdrożenia systemu

W marcu 2026 roku organizacja Grant Thornton przeprowadziła badanie wśród 150 przedstawicieli działów finansowo-księgowych dużych i średnich firm w Polsce. Wśród największych korzyści wdrożenia KSeF najczęściej wskazywali oni brak konieczności przechowywania papierowych faktur, większą automatyzację procesów, a także stały dostęp do faktur. Badani dostrzegali jednak wady systemu, m.in. brak powiadomień o nowych fakturach, brak podglądu faktury przed jej wystawieniem, a także problemy ze stabilnością systemu, w tym jego przeciążenia i sporadyczne awarie.

Jak podkreśla ekspertka TMF Group, w ocenie sektora MŚP korzyści płynące z wprowadzenia KSeF przeważają nad związanymi z nim wyzwaniami i kosztami.

KSeF w praktyce: potrzeba dalszych usprawnień

"KSeF będzie się zmieniał na bieżąco, w zależności od potrzeb. Ministerstwo Finansów jest otwarte na zmiany ułatwiające np. korekty zbiorcze, które pozwalają korygować jedną fakturą wiele innych. Ważne jest, żeby to było w danym okresie" – podkreśla przewodniczący Rady Podatkowej Konfederacji Lewiatan. – "Po tym, gdy pewne wymagania ustawowe zostały spełnione w KSeF-ie, przychodzi czas na ułatwienia, dlatego że systemy informatyczne są w stanie szybciej przetwarzać pewne rzeczy niż ręcznie".

9 czerwca br. w resorcie finansów odbyły się otwarte konsultacje, które rozpoczęły cykl spotkań. W ich trakcie zaproponowano m.in. wprowadzenie dodatkowych danych biznesowych w API KSeF 2.0 prezentowanych w formie zdarzeń powiązanych z e-fakturami, które obejmują zarówno te wykonywane na fakturze przez podmiot, jak i inne zdarzenia biznesowe powiązane z e-fakturą.

"W naszej ocenie należy usprawnić przede wszystkim informacje oraz dostępność platformy w języku angielskim. Brak możliwości wystawiania faktur przez osoby nieposługujące się językiem polskim jest dosyć sporą barierą wejścia przez inwestorów na polski rynek. Znacznie podwyższa to koszt funkcjonowania takich podmiotów i opłacalność inwestycji na polskim rynku" – uważa Anna Rembecka-Orłowska.

Podkreśla również, że dużym problemem jest jednodniowy termin na wysyłkę faktury do KSeF. Zgodnie z obowiązującymi przepisami, jeśli podatnik wystawia fakturę w trybie online, musi być ona wysłana do systemu jeszcze tego samego dnia.

"Apelowaliśmy do przedstawicielstwa ministerstwa o wydłużenie tego terminu w przyszłych zmianach legislacji. W naszej ocenie wydłużenie o kilka dni – może trzy, może pięć – byłoby wystarczające, żeby wszystkie podmioty zdążyły przeprocesować faktury i wysłać je w oczekiwanym formacie na platformę KSeF" – podkreśla ekspertka TMF Group.

VAT 2026. Komentarz

Nowe podejście fiskusa: od kontroli do bieżącego monitoringu

Podczas Kongresu Rady Podatkowej Konfederacji Lewiatan, który odbył się 16 czerwca w Warszawie, dr Tomasz Tratkiewicz, dyrektor departamentu VAT w Ministerstwie Finansów Ministerstwo Finansów, zachęcał przedsiębiorców do udziału w konsultacjach dotyczących Krajowego Systemu e-Faktur. Zapowiedział także wprowadzenie kolejnych usprawnień, w tym modernizację aplikacji, która ma zostać lepiej dostosowana do potrzeb firm i zyskać bardziej biznesowy charakter.

Resort planuje m.in. utrzymanie tokenów jako jednej z metod logowania do KSeF również po 31 grudnia 2026 roku. Dziś mniej więcej jedna trzecia użytkowników loguje się do systemu z wykorzystaniem tokenów. Propozycje zmian zostaną przedstawione na przełomie czerwca i lipca.

W trakcie kongresu eksperci zwracali uwagę również na zmianę, jaką KSeF oznacza dla relacji na linii fiskus–przedsiębiorca. Obowiązek korzystania z systemu faktur elektronicznych sprawia, że organy podatkowe mają dostęp w czasie rzeczywistym do niemal wszystkich faktur wystawionych w obrocie między podatnikami. Tego typu sformalizowane narzędzia pozwalają więc zbierać i analizować informacje na temat podatnika w trybie ciągłym zamiast w trakcie wyrywkowych kontroli.

"Już dziś możemy mówić nie tyle o kontroli organów podatkowych, ile o monitoringu. Ministerstwo Finansów i KAS dostają na bieżąco dane od podatników i, mam nadzieję, je monitorują. Mogą kontrolować łańcuchy obrotu, prawidłowości wykazywania, mogą też kontrolować podatników na zasadach porównawczych" – podkreśla Andrzej Nikończyk.

Ten trend jest już widoczny w statystykach. Z raportu kancelarii MDDP i Konfederacji Lewiatan „Przedsiębiorcy pod lupą fiskusa” wynika, że w 2025 roku czynności sprawdzające były najczęściej wykorzystywaną formą weryfikacji rozliczeń podatkowych. To prostsza i mniej sformalizowana forma niż klasyczne kontrole, która pozwala na szybką i masową weryfikację wybranych obszarów rozliczeń. W ubiegłym roku ich liczba wyniosła 2,3 mln, co oznacza średnio 19 nowych czynności rozpoczynanych w każdej minucie. W ramach tej procedury stwierdzono prawie 11 mld zł zaległości podatkowych, o jedną czwartą więcej niż rok wcześniej.

Z kolei liczba wszczętych kontroli podatkowych od kilku lat spada i w 2025 roku wyniosła 9,5 tys., podobnie jak liczba kontroli celno-skarbowych, których wszczęto 5,2 tys. Jest to zgodne z zapowiedziami Ministerstwa Finansów i KAS, według których większość spraw powinna być załatwiana w ramach czynności sprawdzających (prowadzonych na bieżąco, niedługo po złożeniu deklaracji), a kontrole (w szczególności celno-skarbowe) powinny być wszczynane tylko w sytuacji, gdy organ podatkowy ma już istotne dane, które potwierdzają możliwość wystąpienia nieprawidłowości.

"Współdziałania ministerstwa z podatnikami idą w stronę miękkich procedur, które pozwalają podatnikom poprawić, skorygować swoje rozliczenia. Odbieramy to jako dobrą zmianę. Natomiast podmioty, które rozliczają się w sposób nieprawidłowy, muszą się liczyć z tym, że ich działalność zostanie szybciej wykryta" – zaznacza przewodniczący Rady Podatkowej Konfederacji Lewiatan.

źródło: Newseria