Naliczanie odsetek za zwłokę a czas trwania kontroli podatkowej, celno-skarbowej lub postępowania podatkowego – zmiany w Ordynacji podatkowej jeszcze w 2025 r.

• Odsetki w kontroli podatkowej i kontroli celno-skarbowej - co się zmieni
• Zawieszenie kontroli nie będzie wliczane do okresu 6 miesięcy
• Odsetki w postępowaniu podatkowym - co się zmieni
• Kiedy nowelizacja wejdzie w życie
• Przepisy przejściowe

Odsetki w kontroli podatkowej i kontroli celno-skarbowej - co się zmieni

Omawiana nowelizacja ma dodać przepis z art. 54 § 1, pkt 7c) Ordynacji podatkowej, zgodnie z którym nie można naliczać odsetek za zwłokę (odsetek od zaległości podatkowych) za okres od dnia wszczęcia kontroli podatkowej albo kontroli celno-skarbowej do dnia jej zakończenia, jeżeli kontrola nie została zakończona w terminie 6 miesięcy od dnia jej wszczęcia.

Początek i koniec kontroli podatkowej

Warto wiedzieć, że moment wszczęcia kontroli podatkowej określa art. 284 § 1 Ordynacji podatkowej, zgodnie z którym wszczęcie kontroli podatkowej następuje przez doręczenie kontrolowanemu upoważnienia do jej przeprowadzenia oraz okazanie legitymacji służbowej. A na podstawie z art. 291 § 4 Ordynacji podatkowej zakończenie kontroli podatkowej następuje w dniu doręczenia kontrolowanemu protokołu kontroli.

W myśl art. 283 § 2 pkt 6 Ordynacji podatkowej upoważnienie do przeprowadzenia kontroli podatkowej zawiera datę rozpoczęcia i przewidywany termin zakończenia kontroli. W obecnie obowiązujących przepisach, w art. 284b Ordynacji podatkowej został nałożony na organ kontrolujący obowiązek zakończenia kontroli bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w terminie wskazanym w upoważnieniu. Ministerstwo Finansów wskazuje, że w terminie wskazanym w tym upoważnieniu powinny być przeprowadzone czynności kontrolne, ale także powinien być sporządzony i doręczony protokół z kontroli. O każdym przypadku niezakończenia kontroli w terminie wskazanym w upoważnieniu kontrolujący ma obowiązek zawiadomić na piśmie kontrolowanego, podając przyczyny przedłużenia terminu zakończenia kontroli i wskazując nowy termin jej zakończenia.

Początek i koniec kontroli celno-skarbowej

Zasady prowadzenia kontroli celno-skarbowej zostały uregulowane w dziale V ustawy z 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz. U. z 2023 r. poz. 615, z późn. zm.), zwanej dalej „ustawą o KAS”. Na podstawie art. 62 ust. 1 i 2 ustawy o KAS wszczęcie kontroli celno-skarbowej następuje z urzędu, na podstawie upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej udzielonego kontrolującemu, a datą wszczęcia kontroli celno-skarbowej jest dzień doręczenia kontrolowanemu upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej. Natomiast zgodnie z art. 63 ust. 1 i 2 ustawy o KAS kontrola celno-skarbowa powinna być zakończona bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w terminie 3 miesięcy od dnia jej wszczęcia, a o każdym przypadku niezakończenia kontroli celno-skarbowej we właściwym terminie zawiadamia się na piśmie kontrolowanego, podając przyczyny przedłużenia terminu zakończenia kontroli celno-skarbowej i wskazując nowy termin jej zakończenia.

Jak wyjaśnia Ministerstwo Finansów, ww. proponowana zmiana ma na celu zmobilizowanie organów do zakończenia kontroli podatkowej i kontroli celno-skarbowej w terminie nie dłuższym niż 6 miesięcy od dnia jej wszczęcia. Wprowadza to z jednej strony bodziec dla organu do sprawnego działania, a z drugiej strony uwalnia podatnika od finansowych konsekwencji przedłużających się kontroli. Podatnik nie będzie płacił odsetek za zwłokę za czas trwania kontroli, jeśli będzie trwała dłużej niż 6 miesięcy.

Zawieszenie kontroli nie będzie wliczane do okresu 6 miesięcy

Jednocześnie omawiana nowelizacja przewiduje (dodawany § 2a w art. 54 Ordynacji podatkowej), że do okresu 6 miesięcy na zakończenie kontroli, o którym mowa w projektowanym art. 54 § 1 pkt 7c nie będzie wliczany okres zawieszenia kontroli.

Ministerstwo wskazuje tu na art. 119g § 1 Ordynacji podatkowej, zgodnie z którym Szef Krajowej Administracji Skarbowej – dalej „Szef KAS” wszczyna postępowanie podatkowe lub, w drodze postanowienia, w całości lub w części na wniosek organu podatkowego przejmuje do dalszego prowadzenia postępowanie podatkowe, kontrolę podatkową lub kontrolę celno-skarbową, jeżeli w sprawach wskazanych w tym przepisie może być wydana decyzja dotycząca unikania opodatkowania. Przejmując kontrolę podatkową lub kontrolę celno-skarbową, Szef KAS z urzędu ją zawiesza i jednocześnie wszczyna postępowanie podatkowe (art. 119g § 3). Mając na uwadze, że zawieszenie kontroli nie powoduje zaprzestania wykonywania czynności, a jedynie przeniesienie działań organów do innej procedury tj. postępowania podatkowego w przypadku unikania opodatkowania - Ministerstwo Finansów uważa, że brak jest uzasadnienia do nienaliczania odsetek za zwłokę za okres tego zawieszenia.

Także na podstawie art. 284 § 5 Ordynacji podatkowej w razie niemożności prowadzenia czynności kontrolnych z powodu nieobecności kontrolowanego, reprezentanta kontrolowanego lub pełnomocnika, w szczególności gdy nie jest zapewniony dostęp do dokumentów związanych z przedmiotem kontroli, kontrolę zawiesza się do czasu umożliwienia przeprowadzenia tych czynności. Zaś organ podatkowy może zawiesić kontrolę podatkową, jeżeli w okresie 30 dni od dnia jej wszczęcia nie zostaną ustalone dane identyfikujące kontrolowanego – o czym stanowi art. 284a § 5 tej ustawy.

Odsetki w postępowaniu podatkowym - co się zmieni

Omawiana nowelizacja ma także zmienić termin, w którym nie można naliczać odsetek za zwłokę (odsetek od zaległości podatkowych) w postępowaniu podatkowym. Aktualnie, zgodnie z art. 54 § 1, pkt 7) Ordynacji podatkowej, odsetek za zwłokę nie nalicza się za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji, jeżeli decyzja nie została doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania.

Nowelizacja ma wydłużyć ten termin do 6 miesięcy.

Ta zmiana nie jest korzystna dla podatników, bo wydłuża termin organom na prowadzenie postępowania.

Jak wyjaśnia Ministerstwo Finansów, zmiana proponowana w art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej ma charakter dostosowawczy i polega na ujednoliceniu długości okresu warunkującego nienaliczanie odsetek za zwłokę w przypadku przedłużających się postępowań podatkowych z okresem odnoszącym się do kontroli podatkowej i kontroli celno-skarbowej.

MF wskazuje, że zarówno postępowanie podatkowe jak i kontrola podatkowa czy celno-skarbowa są procedurami złożonymi i czasochłonnymi. Zdaniem Ministerstwa przemawia to za przyjęciem jednolitej długości okresu warunkującego nienaliczanie odsetek za zwłokę.

Jednocześnie, do 6-miesięcznego terminu warunkującego nienaliczanie odsetek w przypadku przedłużających się postępowań podatkowych nie będzie wliczany okres zawieszenia postępowania, analogicznie jak w przypadku kontroli podatkowych i celno-skarbowych (dodawany § 2a w art. 54 Ordynacji podatkowej).

Kiedy nowelizacja wejdzie w życie

Projekt przewiduje, że nowelizacja wejdzie w życie po upływie 14 dni od dnia ogłoszenia (tj. publikacji w Dzienniku Ustaw). Wszystko wskazuje na to, że stanie się to jeszcze w 2025 roku. Aktualnie projekt jest w toku rządowej procedury legislacyjnej, a przyjęcie go przez Radę Ministrów jest planowane jeszcze w II kwartale 2025 r.

Przepisy przejściowe

Projekt zawiera też przepisy przejściowe, zgodnie z którymi:

- Do naliczania odsetek za zwłokę w przypadku opóźnienia w wydaniu decyzji przez organ pierwszej instancji w postępowaniu podatkowym wszczętym i niezakończonym przed dniem wejścia w życie omawianej nowelizacji stosuje się przepisy dotychczasowe.
- Przepisy art. 54 § 1 pkt 7c oraz § 2 i 2a Ordynacji podatkowej, w brzmieniu nadanym omawianą nowelizacją, stosuje się również do naliczania odsetek za zwłokę w przypadku opóźnienia w zakończeniu kontroli podatkowej albo kontroli celno-skarbowej, wszczętej i niezakończonej przed dniem wejścia w życie tej nowelizacji.

 Źródło: Projekt z (7 maja 2025 r.) ustawy o zmianie ustawy – Ordynacja podatkowa (UDER26)