Zdaniem Najwyższej Izby Kontroli izby celne i urzędy skarbowe, poza nielicznymi przypadkami, prawidłowo wykonywały wyroki sądów administracyjnych. NIK zwraca jednak uwagę, że w sytuacji gdy wyrok był korzystny dla organów podatkowych, jego wykonanie przebiegało sprawniej. Od 2013 r. gwałtownie rośnie liczba decyzji podatkowych uchylanych przez sądy administracyjne. Zdaniem NIK wynika to przede wszystkim z błędów po stronie organów podatkowych oraz niskiej jakości prawa.