Zwrot VAT: Tylko organ I instancji może przedłużyć termin – przełomowy wyrok WSA

• Zwrot VAT tylko w ramach aktywnego postępowania – wyrok WSA
• Kontrole podatkowe coraz intensywniejsze
• Fikcyjne faktury i podejrzenie karuzeli VAT
• Trzykrotne przedłużenie – bez skutku
• NSA: brak jednoznacznych dowodów
• Tylko organ I instancji może przedłużać termin
• Po uchyleniu decyzji nie można przedłużyć zwrotu VAT

Zwrot VAT tylko w ramach aktywnego postępowania – wyrok WSA

Termin zwrotu podatku VAT nie może zostać przedłużony w ramach postępowania odwoławczego. Postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu może być wydane tylko w momencie prowadzenia postępowania w danej procedurze, a więc nie w sytuacji, gdy sprawa trafi do ponownego rozpatrzenia. Tak, na korzyść przedsiębiorcy, orzekł Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi w wyroku z 9 kwietnia 2025 r.

Oznacza to, że postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu VAT może zostać zastosowane tylko przez organ I instancji, który prowadzi postępowanie w danej procedurze i to on decyduje o tym, czy zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania. Jeśli organ odwoławczy uchyli decyzję organu I instancji i przekaże mu sprawę do ponownego rozpoznania, to nie ma on już możliwości ponownego przedłużenia terminu zwrotu VAT.

Kontrole podatkowe coraz intensywniejsze

Nadal niezapełniona w poprzednich latach luka w VAT powoduje każdego roku intensywną aktywność organów podatkowych. W 2023 r. urzędy skarbowe wykryły w ramach kontroli podatkowych i czynności sprawdzających uszczuplenia na kwotę 9,5 mld zł, czyli więcej niż rok wcześniej (ok. 9 mld zł).

Od 2023 r. rośnie również liczba kontroli VAT, podczas gdy przez osiem poprzednich lat dominowały kontrole w zakresie podatków dochodowych (PIT, CIT). Urzędy skarbowe zatrzymują też coraz więcej zwrotów VAT. Wracają również sprawy karuzeli podatkowych, szczególnie dotyczących usług budowlanych. Organy podatkowe interesują się także m.in. usługami niematerialnymi, ale nie tylko.

Fikcyjne faktury i podejrzenie karuzeli VAT

Naczelnik urzędu skarbowego przeprowadził w jednej z firm kontrolę podatkową m.in. w zakresie rozliczeń z 2016 r., w wyniku której stwierdził, że faktury dokumentujące nabyte przez nią tekstylia są fikcyjne. Uznał, że firma uczestniczyła w karuzeli podatkowej, w której nabywała tkaniny od kontrahenta w Polsce, a dostawy kierowane były na Słowację.

W 2019 r. wydał decyzję, w której określił przedsiębiorcy ponad 63 tys. zł zwrotu VAT zamiast wykazanych przez niego w deklaracji do zwrotu 432 tys. zł.

Trzykrotne przedłużenie – bez skutku

W 2021 r. dyrektor izby administracji skarbowej podtrzymał decyzję naczelnika w mocy. Na początku 2022 r. uchylił ją sąd, a w listopadzie 2023 r. jego wyrok podtrzymał NSA. Pół roku później DIAS zastosował się do wyroku i uchylił w całości decyzję organu I instancji, zwracając mu sprawę do ponownego rozpatrzenia.

Od sierpnia 2024 r. naczelnik urzędu skarbowego trzykrotnie przedłużał termin zwrotu VAT pozostałych 369 tys. zł, i trzykrotnie jego postanowienia w tej sprawie podtrzymywał w mocy dyrektor izby administracji skarbowej.

NSA: brak jednoznacznych dowodów

Dyrektor IAS tłumaczył, że tak długo prowadzone postępowanie w tej sprawie to „wina” Naczelnego Sądu Administracyjnego, który w swoim wyroku zwrócił uwagę, że organy podatkowe nie zdołały jednoznacznie, zrozumiale i przekonująco wyjaśnić, na czym polegało zarzucane przedsiębiorcy oszustwo podatkowe. Dlatego też zasadnym było prowadzenie tego postępowania tak długo, aż urzędnicy zgromadzą dowody na rzeczywiste uszczuplenie przez przedsiębiorcę wpływów Skarbu Państwa.

Zasady zwrotu VAT według ustawy

Na początku 2025 r. pełnomocnik przedsiębiorcy wniósł skargę do WSA w Łodzi, wnosząc o uchylenie decyzji organu II instancji i zasądzenie zwrotu kosztów postępowania. Sąd poddał pod analizę treść art. 87 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług.

Przepis ten stanowi, że zwrot VAT następuje w zasadniczym terminie 60 dni liczonych od dnia złożenia przez podatnika rozliczenia w tym podatku, z którego wynika zwrot. Jeśli jego zasadność wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanego w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej lub postępowania podatkowego, albo postępowania kontrolnego. Po zakończeniu weryfikacji pozytywnym dla podatnika wynikiem, organ zobowiązany jest dokonać na jego konto zwrotu wraz z odsetkami.

Przesłanki skutecznego przedłużenia zwrotu

W oparciu o ww. regulację sąd stwierdził, że aby mogło dojść do skutecznego przedłużenia terminu zwrotu podatku, muszą zostać spełnione łącznie 3 przesłanki:

1. termin do dokonania zwrotu jeszcze nie upłynął,
2. weryfikacja odbywa się w toku czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, postępowania podatkowego albo kontrolnego,
3. powzięcie przez organ przekonania o konieczności dodatkowej weryfikacji co najmniej z uprawdopodobnionych powodów.

Co istotne, mając na uwadze treść wyroku NSA wydanego w składzie 7 sędziów z 23 kwietnia 2018 r. (sygn. I FSK 255/17), termin zwrotu VAT może zostać skutecznie przedłużony tylko gdy przed jego upływem podatnikowi doręczy się postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu. Po upływie tego terminu przedłużanie terminu zwrotu podatku jest niemożliwe, bo wraz z jego upływem podatnik nabiera prawa do zwrotu.

Polecamy: Komplet podatki 2025

Tylko organ I instancji może przedłużać termin

WSA dodatkowo podzielił wyrażane w orzecznictwie stanowisko, że skoro weryfikacja rozliczenia podatnika ma być dokonywana w ramach określonych postępowań, to postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu podatku może być wydane tylko w momencie prowadzenia tych postępowań, a więc nie może zostać wydane w trakcie postępowania odwoławczego.

Oznacza to, że postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu VAT może zostać zastosowane tylko przez organ I instancji, który prowadzi postępowanie w danej procedurze i to on decyduje o tym, czy zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania.

Po uchyleniu decyzji nie można przedłużyć zwrotu VAT

Sąd zauważył, że co prawda w tej sprawie zaskarżone postanowienie o przedłużeniu z grudnia 2024 r. zostało wydane w czasie trwania postępowania przed organem I instancji, jednak postępowanie to toczy się przed tym organem ponownie – po uchyleniu wcześniejszej decyzji naczelnika US z października 2019 r.

A po uchyleniu decyzji nie jest możliwe wydanie postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu VAT – organ I instancji nie nabywa bowiem w skutek uchylenia takich uprawnień (wyrok WSA w Łodzi z 9 kwietnia 2025 r., sygn. akt I SA/Łd 100/25).

Jak przygotować firmę do kontroli?

Jak przygotować firmę do kontroli podatkowej? Kluczowe jest uporządkowanie dokumentacji finansowo-księgowej. Warto stworzyć system archiwizacji i obiegu dokumentów, który ułatwi przebieg kontroli.

Przeprowadzanie regularnych audytów wewnętrznych pozwala na wykrycie ewentualnych nieprawidłowości zanim zostaną one zauważone przez kontrolerów. Współpraca z doradcą podatkowym również może pomóc w rozwiązywaniu problemów podatkowych, a także w przygotowaniu się do ewentualnej kontroli.

Warto pamiętać, że konsekwencje zakwestionowania rzeczywistego charakteru czynności opodatkowanych mogą być poważne, również w zakresie odpowiedzialności karnej i karnoskarbowej.