Jak wystawiać faktury dla JST w KSeF? Wyjaśnienia MFiG. Transakcje z gminami i innymi jednostkami samorządu terytorialnego

• Czy KSeF ma luki funkcjonalne odnośnie transakcji z JST? Interpelacja poselska
• Jak wystawiać w KSeF faktury dla JST
• Dlaczego KSeF nie weryfikuje ani nie wymusza uzupełnienia sekcji Podmiot3 w przypadku wskazania JST jako nabywcy?
• Nie będzie obowiązku uzupełniania pola Podmiot3 w przypadku faktur wystawianych dla JST
• Wsparcie dla JST
• Obowiązkowy KSeF - najważniejsze terminy

Czy KSeF ma luki funkcjonalne odnośnie transakcji z JST? Interpelacja poselska

Poseł w interpelacji z połowy grudnia 2025 r. do Ministra Finansów i Gospodarki zwrócił uwagę, że Krajowy System e-Faktur (w modelu obowiązkowym – tzw. KSeF 2.0) może być problematyczny w przypadku transakcji realizowanych na rzecz jednostek samorządu terytorialnego, które charakteryzują się złożoną strukturą organizacyjną oraz wielością jednostek podległych.

Zdaniem posła KSeF – również w wersji 2.0 – nie zawiera funkcjonalności, która w sposób systemowy wymuszałaby uzupełnienie pola Podmiot3 (odbiorca) w przypadku wystawiania faktur dokumentujących dostawy lub usługi realizowane na rzecz JST. Takie faktury mogą być wystawiane wyłącznie z oznaczeniem JST jako nabywcy (Podmiot2), bez wskazania faktycznego odbiorcy będącego jednostką organizacyjną JST.

W podręcznikach KSeF 2.0 Ministerstwo Finansów rekomenduje, aby producenci komercyjnego oprogramowania zintegrowanego z API KSeF wprowadzali mechanizmy sugerujące konieczność uzupełnienia pola Podmiot3 w przypadku, gdy nabywcą jest JST. Poseł zauważył, że te rekomendacje siłą rzeczy nie są obowiązkowym prawem i nie są poparte rozwiązaniami systemowymi po stronie KSeF. W szczególności – jak wskazał poseł - KSeF nie odrzuca faktur bez wypełnionej sekcji Podmiot3 ani nie identyfikuje automatycznie, że dana transakcja dotyczy zakupu realizowanego przez jednostkę samorządu terytorialnego.

Zdaniem posła w tej sytuacji JST muszą się umówić z dostawcami jak prawidłowo wystawiać faktury w KSeF – a w szczególności jak wypełniać sekcję Podmiot3. Wymagać to będzie od JST wyboru modelu fakturowania opartego na identyfikatorach NIP jednostek podległych lub identyfikatorach wewnętrznych (ID WEW).

Może to prowadzić – w opinii posła – do:
- braku jednolitości, zwiększenia ryzyk błędów oraz powstania sporów interpretacyjnych na styku systemów finansowo‑księgowych JST, dostawców oraz KSeF, a także
- problemów z prawidłowym obiegiem dokumentów w JST, kontrolą wydatków, czy rozliczeniami wewnętrznymi pomiędzy jednostkami organizacyjnymi JST.

Poseł poprosił o udzielenie odpowiedzi na następujące pytania:
1) Czy Ministerstwo Finansów identyfikuje brak systemowego obowiązku uzupełniania pola Podmiot3 (odbiorca) przy fakturach wystawianych na rzecz JST jako problem funkcjonalny KSeF?
2) Jakie były przesłanki przyjęcia rozwiązania, w którym KSeF nie weryfikuje ani nie wymusza uzupełnienia sekcji Podmiot3 w przypadku wskazania JST jako nabywcy?
3) Czy Ministerstwo Finansów planuje wprowadzenie zmian w strukturze logicznej KSeF, które umożliwiałyby automatyczne rozpoznawanie transakcji realizowanych na rzecz JST?
4) Czy rozważane jest wprowadzenie systemowego obowiązku uzupełniania pola Podmiot3 w przypadku faktur dokumentujących zakupy JST, wraz z mechanizmem walidacji po stronie KSeF?
5) Jak Ministerstwo Finansów ocenia ryzyko występowania niejednolitych praktyk fakturowania JST wynikających z pozostawienia tej kwestii do indywidualnych uzgodnień pomiędzy JST a dostawcami?
6) Czy Ministerstwo Finansów analizowało wpływ braku jednoznacznych zasad wypełniania pola Podmiot3 na procesy księgowe, kontrolne i audytowe w jednostkach samorządu terytorialnego?
7) Czy planowane są wytyczne lub standardy obligatoryjne dla producentów oprogramowania finansowo‑księgowego w zakresie obsługi faktur dla JST w KSeF?
8) Czy Ministerstwo Finansów przewiduje wsparcie organizacyjne lub techniczne dla JST w zakresie wdrażania jednolitego modelu identyfikacji odbiorców faktur (NIP jednostek podległych lub ID WEW)?
9) Czy w ocenie Ministerstwa Finansów obecne rozwiązania KSeF zapewniają wystarczający poziom pewności prawnej dla dostawców realizujących zamówienia na rzecz JST?
10) Jakie działania legislacyjne lub techniczne planuje Ministerstwo Finansów przed pełnym obowiązkowym wdrożeniem KSeF, aby wyeliminować opisane wątpliwości i ograniczyć ryzyka po stronie JST oraz ich kontrahentów?

Odpowiedzi na tę interpelację udzielił 12 stycznia 2026 roku - z upoważnienia Ministra Finansów i Gospodarki (MFiG) - Zbigniew Stawicki Podsekretarz Stanu, Zastępca Szefa Krajowej Administracji Skarbowej w Ministerstwie Finansów.

Jak wystawiać w KSeF faktury dla JST

Jak wyjaśnił Zastępca Szefa KAS - w odpowiedzi na pytanie nr 1, wprowadzone w strukturze logicznej FA(3) rozwiązanie polega na konieczności wypełnienia w elemencie Podmiot2 (tj. w danych nabywcy) znacznika JST. Każdy podatnik, który będzie wystawiał fakturę, będzie miał obowiązek wskazania w niej, czy dotyczy ona jednostki podrzędnej JST.
Odbywać się to będzie poprzez właściwe wypełnienie znacznika jednostki podrzędnej JST – tj. wskazanie „1” lub „2” w polu JST.

W sytuacji, gdy wystawca faktury wskaże „1” – oznacza to, że faktura dotyczy jednostki podrzędnej JST. W takim przypadku, wystawca faktury powinien wypełnić sekcję Podmiot3, w szczególności podać NIP (lub identyfikator wewnętrzny w przypadku korzystania z modelu uprawnień wykorzystującego IDWew) i określić rolę jako „8”.

Wartość „2" oznacza, że faktura nie dotyczy jednostki podrzędnej JST.

Minister podkreślił, że wypełnienie elementu Podmiot3 nie jest obowiązkowe – ani od strony technicznej ani od strony prawnej. Takie rozwiązanie przyjęte przez Ministerstwo Finansów jest – zdaniem MFiG - kompromisem pomiędzy oczekiwaniami rynku (JST) a ograniczeniami prawnymi w tym zakresie.

W odpowiedzi na pytanie 3 Minister potwierdził, że ww. przewidziane w strukturze logicznej FA(3) rozwiązania pozwalają na rozpoznawanie transakcji realizowanych na rzecz JST.

Polecamy: VAT 2026. Komentarz
 Polecamy: Komplet PODATKI 2026
 Polecamy: Wszystko o KSeF 2026 – poradniki, szkolenia, webinary
Polecamy: Biuletyn VAT (miesięcznik) – wersja PREMIUM - abonament
 Polecamy: KSeF krok po kroku – zasady działania i metody wdrożenia

Dlaczego KSeF nie weryfikuje ani nie wymusza uzupełnienia sekcji Podmiot3 w przypadku wskazania JST jako nabywcy?

Minister wskazał w odpowiedzi na pytanie nr 2, że struktura logiczna e-Faktury jest jedna dla wszystkich rodzajów działalności gospodarczej i podmiotów zobowiązanych do wystawiania faktur.

Zdaniem MGiG jest również dostosowana do specyfiki JST. W przypadku otrzymywanych przez JST faktur zakupowych w strukturze FA(3) podaje się:
1) dane sprzedawcy w elemencie Podmiot1,
2) dane nabywcy – JST, w elemencie Podmiot2 (wraz z identyfikatorem podatkowym NIP JST nadanym na cele VAT), w tym wartość „1” w polu znacznikowym JST,
3) dodatkowo - dane jednostki podrzędnej JST (np. samorządowej jednostki budżetowej) w elemencie Podmiot3 (wraz z jej identyfikatorem podatkowym NIP oraz wypełnionym polem Rola – „8” – JST odbiorca).

Takie rozwiązanie pozwala na dostęp do faktury, w której nabywcą jest JST:
- JST oraz osobom fizycznym lub podmiotom uprawnionym do dostępu do faktur w ramach identyfikatora podatkowego NIP JST,
- osobom fizycznym lub podmiotom działającym w ramach danej jednostki podrzędnej JST, której dane (w tym identyfikator podatkowy NIP) wskazano na fakturze w Podmiot3.

Alternatywnie, JST wraz ze swoimi jednostkami podrzędnymi, może korzystać z modelu uprawnień wykorzystującego identyfikator wewnętrzny. Wówczas zamiast identyfikatora podatkowego NIP jednostki podrzędnej na fakturach może być podawany tzw. IDWew jednostki podrzędnej.

Zdaniem MFiG wprowadzenie prawnego obowiązku wypełnienia sekcji Podmiot3 jest niemożliwe z uwagi na ograniczenia co do zakresu wymaganych danych na fakturze na podstawie dyrektywy unijnej VAT (art 226 dyrektywy 2006/112/WE Rady z dnia 28.11.2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej ), ale nie jest również konieczne dla osiągnięcia założonego celu wymuszenia podania NIP jednostki wewnętrznej JST lub IDWew jednostki podrzędnej.

Nie będzie obowiązku uzupełniania pola Podmiot3 w przypadku faktur wystawianych dla JST

Odpowiadając na pytanie 4 Minister poinformował, że nie jest planowane wprowadzenie systemowego obowiązku uzupełniania pola Podmiot3 w przypadku faktur dokumentujących zakupy JST, wraz z mechanizmem walidacji po stronie KSeF - z uwagi na wskazane w odpowiedzi na pytanie nr 2 ograniczenia prawne.

Zastępca Szef KAS wskazał jednak, że w ślad za rekomendacjami zawartymi w Podręczniku KSeF 2.0 w zakresie wdrażania mechanizmów w programach finansowo-księgowych, odpowiednie rozwiązania wprowadzono również w Aplikacji Podatnika KSeF 2.0. W przypadku zaznaczenia opcji „Tak” w pytaniu „Czy faktura dotyczy jednostki samorządu terytorialnego” aplikacja wymaga bowiem wskazania danych jednostki podrzędnej JST w Podmiot3.

Wsparcie dla JST

W odpowiedzi na pytanie nr 5 MFiG poinformował, że Ministerstwo Finansów wykonało szereg działań wspierających proces wystawiania faktur na rzecz JST, przy jednoczesnym poszanowaniu obowiązujących norm prawnych (w tym prawa UE). W ocenie resortu wdrożone rozwiązania oraz wydane rekomendacje dla dostawców programów księgowych zabezpieczają interes JST. Ale właściwa komunikacja na linii JST a dostawcami, także jest tu istotna.

W odpowiedzi na pytanie nr 6 MFiG poinformował, że wprowadzone obecnie w strukturze logicznej rozwiązania techniczne w zakresie wypełniania elementów Podmiot2 i Podmiot3 stanowią odpowiedź na potrzeby JST oraz wynikają z analizy postulatów JST, zgłaszanych w trakcie konsultacji KSeF. Ich wdrożenie ma na celu zadanie zabezpieczyć procesy księgowe, kontrolne i audytowe w JST.

W odpowiedzi na pytania nr 7 i 8 MFiG poinformował, że rekomendacje dotyczące zasad wypełniania elementu Podmiot3 znajdują się w Podręczniku KSeF 2.0 cz. IV. Zdaniem resortu finansów wprowadzenie obligatoryjnego wypełniania elementu Podmiot3 nie jest możliwe z uwagi na ograniczenia prawne opisane w ramach odpowiedzi na pytanie nr 2.

Ministerstwo Finansów oferuje wsparcie dla JST w zakresie KSeF, w tym również możliwych do stosowania rozwiązań (model uprawnień dedykowany JST czy korzystanie z rozwiązania w postaci identyfikatora wewnętrznego). Ponadto w ramach prowadzonej w ostatnim czasie akcji szkoleniowej „Środy z KSeF” jeden z omawianych modułów, także poruszał zagadnienia poświęcone JST.

Ministerstwo Finansów zwraca również uwagę, że JST podobnie jak pozostali podatnicy, mogą korzystać z infolinii KAS do spraw KSeF. Konsultanci infolinii oferują wsparcie telefoniczne w tematach merytorycznych oraz technicznych związanych z KSeF.
Możliwe jest również zadanie pytania poprzez formularz kontaktowy (https://ksef.podatki.gov.pl/formularz/).

Istnieje także możliwość umówienia wizyty w urzędzie skarbowym, w celu uzyskania informacji na temat KSeF. Pracownicy urzędów skarbowych udzielą podatnikom (w tym również JST) niezbędnych informacji w tym obszarze.

W odpowiedzi na pytania nr 9 i 10 MFiG poinformował, że - jak wskazano w odpowiedzi na pytanie nr 2 - nie jest możliwe wprowadzenie zmian legislacyjnych w zakresie obowiązku wypełniania elementu Podmiot3. Kwestia ta nie ulegnie zmianie.

Ministerstwo Finansów rekomenduje, aby w programach finansowo-księgowych zintegrowanych z API KSeF 2.0 zostały wprowadzone mechanizmy sugerujące konieczność wypełnienia sekcji Podmiot3, w przypadku gdy w sekcji Podmiot2 wskazano, że faktura dotyczy jednostki podrzędnej JST. Analogiczne rozwiązanie dostępne jest w bezpłatnym narzędziu MF, tj. w Aplikacji Podatnika KSeF 2.0, która aktualnie jest dostępna w wersji testowej i przedprodukcyjnej (demo).

W ocenie Ministra Finansów i Gospodarki zastosowane w strukturze logicznej FA(3) rozwiązania są optymalne, a wydane rekomendacje będą miały charakter stały.

Źródło: Interpelacja nr 14259 w sprawie luk funkcjonalnych KSeF w zakresie fakturowania na rzecz jednostek samorządu terytorialnego.

Obowiązkowy KSeF - najważniejsze terminy

Od 1 lutego 2026 r. zasadą będzie wystawianie faktur wyłącznie w formie faktur ustrukturyzowanych, za pośrednictwem Krajowego Systemu e-Faktur. Jak informuje Ministerstwo Finansów, obowiązek wystawiania faktur w KSeF wejdzie etapami:
- od 1 lutego 2026 r. dla podatników (także dla JST), którzy w 2024 r. mieli sprzedaż powyżej 200 mln zł (z VAT),
- od 1 kwietnia 2026 r. dla pozostałych podatników (także dla JST).

Ale do 31 grudnia 2026 r. można jeszcze wystawiać faktury poza KSeF (papierowe lub elektroniczne), jeśli w danym miesiącu suma sprzedaży z VAT na takich fakturach nie przekroczy 10 000 zł. Jeśli natomiast nastąpiłoby przekroczenie limitu 10 000 zł – wówczas obowiązek wystawiania faktur w KSeF wystąpi począwszy od faktury którą przekroczono limit 10 000 zł.

Natomiast od 1 lutego 2026 r. co do zasady wszyscy podatnicy będą musieli odbierać faktury przy użyciu KSeF (również dotyczy to jednostek samorządu terytorialnego).

Ministerstwo Finansów w „Podręczniku KSeF 2.0” wskazuje, że od 1 lutego 2026 roku:
- nastąpi wdrożenie wersji obligatoryjnej systemu (KSeF 2.0),
- obowiązkowe będzie otrzymywanie faktur w KSeF dla wszystkich podatników (z wyjątkiem podmiotów, którzy otrzymują faktury w sposób uzgodniony),
- obowiązywać zacznie struktura logiczna FA(3),
- pojawi się możliwość wystawiania i przesyłania do KSeF faktur z załącznikiem (po uprzednim zgłoszeniu tego zamiaru w eUrzędzie Skarbowym),
- pojawi się możliwość wykorzystywania certyfikatów KSeF do uwierzytelniania w systemie (certyfikat typu 1) oraz do wystawiania faktur w trybie OFFLINE (certyfikat typu 2).