Dyrektor KIS: Z faktury wystawionej poza KSeF można odliczyć VAT naliczony. Ale muszą być spełnione podstawowe warunki

• Obowiązkowy KSeF 2026 - najważniejsze terminy
• Błędy dostawców a odliczenie VAT Zdarzenie przyszłe: realny problem tysięcy firm
• Pytanie spółki do fiskusa i jej stanowisko
• Stanowisko Dyrektora KIS: dla odliczenia VAT nie ma znaczenia wystawienie faktury poza KSeF
• Dlaczego niewystawienie faktury KSeF nie blokuje odliczenia VAT?
• Podatnicy VAT powinni być spokojni?

Obowiązkowy KSeF 2026 - najważniejsze terminy

Od 1 lutego 2026 r. zasadą będzie wystawianie faktur wyłącznie w formie faktur ustrukturyzowanych, za pośrednictwem Krajowego Systemu e-Faktur. Jak informuje Ministerstwo Finansów, obowiązek wystawiania faktur w KSeF wejdzie etapami:
- od 1 lutego 2026 r. dla firm, które w 2024 r. miały sprzedaż powyżej 200 mln zł (z VAT),
- od 1 kwietnia 2026 r. dla pozostałych.

Ale do 31 grudnia 2026 r. można jeszcze wystawiać faktury poza KSeF (papierowe lub elektroniczne), jeśli w danym miesiącu suma sprzedaży z VAT na takich fakturach nie przekroczy 10 000 zł. Jeśli natomiast nastąpiłoby przekroczenie limitu 10 000 zł – wówczas obowiązek wystawiania faktur w KSeF wystąpi począwszy od faktury którą przekroczono limit 10 000 zł.

Natomiast od 1 lutego 2026 r. co do zasady wszyscy podatnicy będą musieli odbierać faktury przy użyciu KSeF.

Ministerstwo Finansów w „Podręczniku KSeF 2.0” wskazuje, że od 1 lutego 2026 roku:
- nastąpi wdrożenie wersji obligatoryjnej systemu (KSeF 2.0),
- obowiązkowe będzie otrzymywanie faktur w KSeF dla wszystkich podatników (z wyjątkiem podmiotów, którzy otrzymują faktury w sposób uzgodniony),
- obowiązywać zacznie struktura logiczna FA(3),
- pojawi się możliwość wystawiania i przesyłania do KSeF faktur z załącznikiem (po uprzednim zgłoszeniu tego zamiaru w eUrzędzie Skarbowym),
- pojawi się możliwość wykorzystywania certyfikatów KSeF do uwierzytelniania w systemie (certyfikat typu 1) oraz do wystawiania faktur w trybie OFFLINE (certyfikat typu 2).

Błędy dostawców a odliczenie VAT Zdarzenie przyszłe: realny problem tysięcy firm

Ustawodawca przewidział co prawda wyjątki i okresy przejściowe, jednak praktyka gospodarcza każe przypuszczać, że nie wszyscy dostawcy będą od razu gotowi. To właśnie w tym kontekście jedna ze spółek postanowiła zabezpieczyć swoje interesy podatkowe i wystąpiła do Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej o interpretację indywidualną. Wnioskodawcą była spółka komandytowa, czynny podatnik VAT i CIT, prowadząca działalność sprzedażową i regularnie nabywająca towary oraz usługi opodatkowane VAT. Spółka ta wskazała, że:
- nabywane towary i usługi służą wyłącznie czynnościom opodatkowanym,
- nie występują przesłanki negatywne z art. 88 ustawy o VAT,
- wydatki spełniają kryteria kosztów uzyskania przychodów w CIT.

Jednocześnie spółka przypuszcza, że po 31 stycznia 2026 r. będzie nadal otrzymywać faktury:
- papierowe,
- „zwykłe” faktury elektroniczne (PDF, e-mail),
czyli wystawione z pominięciem KSeF, mimo że powinny być fakturami ustrukturyzowanymi.

Przyczyn takiego stanu rzeczy może być wiele: błędna ocena statusu podatnika, mylne skorzystanie ze zwolnień, awarie systemu, brak wiedzy lub niegotowość technologiczna dostawców.

Polecamy: Komplet PODATKI 2026

 Polecamy: Wszystko o KSeF 2026 – poradniki, szkolenia, webinary

Polecamy: KSeF krok po kroku – zasady działania i metody wdrożenia

Polecamy: VAT 2026. Komentarz

Pytanie spółki do fiskusa i jej stanowisko

Spółka zapytała Dyrektora KIS: „Czy w opisanym zdarzeniu przyszłym Wnioskodawcy będzie przysługiwało prawo do odliczenia VAT naliczonego wynikającego z Faktur Zakupowych (…) również w przypadku, gdy – wbrew obowiązkowi – Faktura Zakupowa zostanie wystawiona bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur?” To pytanie, które zadaje sobie dziś ogromna część rynku (podatników VAT).

Spółka wskazała, że jej zdaniem prawo do odliczenia VAT nie może być uzależnione od tego, czy sprzedawca prawidłowo dopełnił obowiązku wystawienia faktury w KSeF. W interpretacji stanowisko Wnioskodawcy (tj. Spółki) zostało ujęte następująco: „Zdaniem Wnioskodawcy, w opisanym zdarzeniu przyszłym będzie mu przysługiwało prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego wynikającego z Faktur Zakupowych dokumentujących nabycie Towarów lub Usług, również w przypadku, gdy Faktura Zakupowa – wbrew obowiązkowi – zostanie wystawiona bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur.”

Stanowisko Dyrektora KIS: dla odliczenia VAT nie ma znaczenia wystawienie faktury poza KSeF

Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej w pełni zgodził się ze Spółką. Organ podatkowy uznał jej stanowisko za prawidłowe. Jego zdaniem otrzymanie faktury wystawionej z naruszeniem obowiązku korzystania w tym celu z KSeF nie pozbawia nabywcy prawa do odliczenia VAT, o ile spełnione są ogólne warunki wynikające z art. 86 ustawy o VAT i nie zachodzą przesłanki negatywne z art. 88.

Dyrektor KIS przypomniał kluczowe przepisy - w tym art. 86 ust. 1, 2,8,10, 11, art. 88 ust. 3a, art. 106b ust. 1, art. 106ga ust. 1-4, art. 106ga, art. 106gb i art. 106 ustawy o VAT.

Jedną z najważniejszych zasad podatku VAT jest prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego (czyli tzw. prawo do odliczenia VAT). Prawo to przysługuje wówczas, gdy zostaną spełnione następujące warunki:
- odliczenia tego dokonuje podatnik podatku od towarów i usług oraz
- towary i usługi, z których nabyciem podatek został naliczony są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych.
Podstawowym warunkiem umożliwiającym podatnikowi skorzystanie z prawa do odliczenia podatku naliczonego jest związek zakupów z wykonanymi czynnościami opodatkowanymi, tzn. takimi, których następstwem jest określenie podatku należnego (powstanie zobowiązania podatkowego).

Podatnik VAT ma prawo do odliczenia podatku naliczonego w całości lub w części, pod warunkiem spełnienia przez niego zarówno przesłanek pozytywnych, wynikających z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT oraz niezaistnienia przesłanek negatywnych, określonych w art. 88 tej ustawy. Przepis ten określa listę wyjątków, które pozbawiają podatnika prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.

Dlatego czynnemu podatnikowi VAT przysługuje – na podstawie art. 86 ust. 1 bądź art. 86 ust. 8 pkt 1 ustawy o VAT – prawo do odliczenia kwoty podatku naliczonego wynikającego z faktur zakupowych dokumentujących nabycie towarów i usług wystawionych (wbrew obowiązkowi) bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur, wykorzystywanych przez podatnika VAT (nabywcę) do czynności opodatkowanych w ramach prowadzonej działalności gospodarczej. Wystawienie faktur zakupowych poza KSeF, nie pozbawia nabywcy prawa do odliczenia podatku naliczonego, gdyż nie stanowi to negatywnej przesłanki, uniemożliwiającej odliczenie tego podatku, wymienionej w art. 88 ustawy o VAT.

Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej wyjaśnił, że dla istnienia prawa do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktury (nawet w przypadku wskazanym wyżej), obok fundamentalnych przesłanek takich jak status odliczającego jako czynnego, zarejestrowanego podatnika VAT i związek zakupionych towarów i usług z czynnościami opodatkowanymi (u odliczającego) i faktycznie zrealizowana transakcja, to również najistotniejsze jest to, by nabyta usługa lub towar podlegały opodatkowaniu i nie korzystały przy tym ze zwolnienia od tego podatku. Ponadto, prawo do odliczenia przysługuje również, jeżeli importowane lub nabyte towary i usługi dotyczą dostawy towarów lub świadczenia usług przez podatnika poza terytorium kraju, jeżeli kwoty te mogłyby być odliczone, gdyby czynności te były wykonywane na terytorium kraju, a podatnik posiada dokumenty, z których wynika związek odliczonego podatku z tymi czynnościami. Prawidłowe wystawienie faktury papierowej, elektronicznej czy ustrukturyzowanej pod kątem formalnym i materialnym, stanowi spełnienie jednej z przesłanek do skorzystania z prawa do odliczenia. Jej wystawienie bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur nie powoduje jednak tego, że wadliwie wystawiony dokument nie stanowi dowodu istnienia prawa do odliczenia podatku naliczonego.

Dlatego Dyrektor KIS odpowiedział końcowo Spółce, że będzie jej przysługiwało prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego wynikającego z faktur zakupowych wystawionych na rzecz Spółki przez jej dostawców – wbrew obowiązkowi – bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur, przy założeniu, że spełnione będą pozostałe warunki uprawniające Spółkę do skorzystania z prawa do odliczenia podatku naliczonego.

Dlaczego niewystawienie faktury KSeF nie blokuje odliczenia VAT?

Warto podkreślić kilka kluczowych argumentów, które wskazał Dyrektor KIS:

1. Zasada neutralności VAT. Prawo do odliczenia podatku naliczonego jest fundamentalną zasadą systemu VAT, potwierdzoną wielokrotnie w orzecznictwie TSUE i NSA. Ograniczenia tego prawa muszą wynikać wprost z ustawy.
2. Art. 88 ustawy o VAT jest zamkniętym katalogiem. Wśród przesłanek wyłączających prawo do odliczenia nie ma przypadku faktury wystawionej poza KSeF. Nie można więc takiej sankcji „domniemywać”.
3. Faktura ma dokumentować rzeczywiste zdarzenie gospodarcze. Jeżeli faktura – nawet wystawiona wadliwie – odzwierciedla realną transakcję, a towar lub usługa faktycznie została nabyta i jest wykorzystywana do czynności opodatkowanych, prawo do odliczenia pozostaje zachowane.
4. Sankcje dotyczą wystawcy, nie nabywcy. Ustawa przewiduje kary pieniężne za niewystawienie faktury w KSeF, ale są one adresowane do sprzedawcy, na którym ciąży obowiązek wystawienia faktury ustrukturyzowanej.

Podatnicy VAT powinni być spokojni?

To oczywiste, że omawiana interpretacja ma ogromne znaczenie praktyczne dla podatników VAT. Nabywcy nie muszą obawiać się podstawowej sankcji (braku odliczenia) za błędy dostawców. Niewystawienie faktury w KSeF nie blokuje odliczenia VAT ani ujęcia wydatku w kosztach. Cały czas najważniejsze są: realność transakcji, związek z działalnością opodatkowaną i status podatnika VAT.

To znaczące uspokojenie rynku na kilka tygodni przed rewolucją e-fakturową. Warto jednak podkreślić, że interpretacja indywidualna jest dość pewną ochroną ale przede wszystkim dla podmiotu, na wniosek którego ją wydano. Dość niepokojąco brzmi jednak standardowa formuła użyta pod tą interpretacją: "Interpretacja dotyczy zdarzenia przyszłego, które Państwo przedstawili i stanu prawnego, który obowiązuje w dniu wydania interpretacji." Niepokojąco, bowiem w dniu wydania tej interpretacji nie obowiązują jeszcze przepisy dot. obowiązkowego modelu KSeF.

Źródło: interpretacja indywidualna Dyrektora KIS z 2 stycznia 2026 r. - sygn. 0111-KDIB3-1.4012.857.2025.1.MSO.