KSeF 2026: Problemy z duplikatami, podwójnym księgowaniem, wydatkami służbowymi i przyjęciem do magazynu. Spółki z wieloma oddziałami tracą kontrolę nad fakturami

• Największe problemy na początku działania KSeF
• Faktura dotarła, ale do kogo?
• Problem duplikatów i podwójnego księgowania
• Zakłócenia w magazynach i przy wydatkach służbowych
• Jak rozwiązać problemy

Największe problemy na początku działania KSeF

Pierwsze tygodnie po wdrożeniu KSeF 1 lutego br. u największych podatników upłynęły pod znakiem problemów technicznych. Wiele firm zgłaszało trudności z logowaniem do KSeF za pomocą profilu zaufanego – szczególnie było to dotkliwe dla tych spółek, które nie zakończyły integracji własnych systemów księgowych z KSeF. Ministerstwo Finansów wprowadzało ograniczenia w API (interfejs programowania aplikacji), przez co integracje działały niestabilnie. Przy ręcznym pobieraniu faktur firmy szybko napotykały na limity zapytań, co przy dużym wolumenie dokumentów kończyło się błędami i przerywanymi sesjami.

Odpowiedzią na część tych wyzwań jest uruchomiona przez Ministerstwo Finansów możliwość wnioskowania o indywidualne limity API KSeF 2.0 za pośrednictwem formularza kontaktowego oraz logowanie się do KSeF za pomocą węzła krajowego m.in. poprzez aplikację mObywatel.

Faktura dotarła, ale do kogo?

Nawet gdy „technikalia” działały, ujawniły się głębsze problemy organizacyjne – szczególnie w firmach z wieloma oddziałami. Przed erą KSeF obieg faktur był intuicyjny: faktura towarowa przychodziła z dostawą lub mailem, zaś kosztowa trafiała do księgowości lub recepcji danego oddziału. KSeF wymusił głęboką reorganizację tych procesów, na którą część firm nie była gotowa.

Obecnie faktury wpadają do systemu i są pobierane przez uprawnioną księgową, która ręcznie próbuje ustalić, do którego oddziału, osoby czy centrum kosztowego dany dokument należy. Plik XML często zawiera wyłącznie pola obowiązkowe wymagane ustawą o VAT, bez dodatkowych informacji ułatwiających przypisanie. Faktura krąży między księgowością a recepcją centrali, a czas jej opisania i zatwierdzenia się wydłuża. W skrajnych przypadkach dokumenty „giną" w skrzynce odbiorczej lub czekają tygodniami na akceptację, co oznacza ryzyko przekroczenia terminów płatności czy nadszarpnięcia relacji z dostawcami.

Kluczowym krokiem jest jak najszybsze wdrożenie narzędzia zintegrowanego bezpośrednio z KSeF lub – tam gdzie pełna integracja nie jest jeszcze możliwa – rozwiązania umożliwiającego automatyzację i robotyzację obiegu dokumentów. Przejmie ono żmudną pracę ręcznego rozdzielania faktur i skieruje je do właściwych osób bez udziału człowieka.

Problem duplikatów i podwójnego księgowania

Nierzadko część największych dostawców wystawia faktury w KSeF i dodatkowo przesyła je mailem w formacie PDF, który zawiera więcej informacji niż ta sama faktura w systemie KSeF. Do firmy trafiają więc dwa dokumenty dotyczące tej samej transakcji – pracownicy działu zakupów, nieświadomi faktury w KSeF, rejestrują dokument z maila, podczas gdy księgowość pobiera go z platformy rządowej. Do firmy trafiają więc dwie faktury dotyczące tej samej transakcji, co może prowadzić do podwójnego zaksięgowania – z ryzykiem zawyżenia odliczonego VAT lub podwójnej zapłaty.

Co istotne, nie wszystkie faktury będą dostępne w KSeF. Dostawcy objęci obowiązkiem dołączenia do systemu od 1 kwietnia br., transakcje wyłączone z systemu oraz kontrahenci zagraniczni nadal przesyłają dokumenty tradycyjnymi kanałami. Dla faktur objętych KSeF warto wprowadzić jasną zasadę: podstawą do księgowania jest wyłącznie dokument pobrany z systemu i identyfikowany numerem KSeF. Dokumenty mailowe mogą pełnić rolę pomocniczą – nie powinny stanowić podstawy do księgowania, gdy są również w KSeF.

Zakłócenia w magazynach i przy wydatkach służbowych

Szczególnie dotkliwy problem pojawia się w firmach handlowych. Towar dociera do magazynu bez dokumentów – ani WZ (wydanie zewnętrzne), ani faktury papierowej. Faktura znajduje się w KSeF, ale magazynier nie ma dostępu do platformy i nie może wprowadzić towaru do systemu magazynowego. Przyjęcie się blokuje, a procesy się opóźniają. Dodatkową komplikacją są faktury mieszane – częściowo towarowe, częściowo kosztowe – których bez wcześniej zdefiniowanych reguł klasyfikacji nie sposób automatycznie przypisać.

Nowe realia zaskakują też pracowników rozliczających wydatki służbowe. Sprzedawca może dziś wystawić fakturę wyłącznie przez KSeF, bez obowiązku przekazywania kupującemu jakiegokolwiek dokumentu. Pracownicy nie wiedzą, jak udokumentować służbowy zakup, gdyż procedury nie zostały zaktualizowane. Skutkuje to nieuporządkowaną dokumentacją kosztową i frustracją po obu stronach.

Jak rozwiązać problemy

Warto poprosić dostawców, by w polu „Podmiot3 – rola: Odbiorca" zamieszczali dane identyfikujące właściwy oddział lub osobę odpowiedzialną za zakup. Kluczowe jest też opracowanie reguł kategoryzacji faktur – jasnych zasad przypisywania dokumentów do oddziałów i kont kosztowych, opartych na NIP dostawcy, numerze zamówienia lub innych danych z pliku XML, a nawet z zastosowaniem sztucznej inteligencji.

Pracownicy rozliczający wydatki służbowe powinni wiedzieć, że mogą prosić sprzedawcę o wydanie dokumentu potwierdzającego transakcję oraz/lub wpisanie ich adresu e-mail lub numeru pracowniczego w polu „Podmiot3 – rola: Pracownik". Dodatkowe dokumenty, jak wyciąg z karty służbowej, mogą pełnić rolę uzupełniającą przy przypisaniu pracownika do danego wydatku.

1 kwietnia obowiązek wystawiania faktur przez KSeF obejmie kolejną, szerszą grupę podatników – w tym mniejszych dostawców. Dla firm, które jeszcze nie uporządkowały procesów zakupowych, oznacza to nową falę trudności. Ci, którzy już teraz wdrożą reguły kategoryzacji i przeszkolą pracowników, zbudują solidny fundament pod sprawnie działający obieg dokumentów.

Paulina Moroz, Tech Project Manager, zespół Business & Digital Services w CRIDO