Pierwsze rozliczenie VAT po miesiącu z obowiązkowym KSeF: co trzeba sprawdzić przed 20 maja stosując podwójną ścieżkę doręczeń faktur (model hybrydowy)

• Miesiąc z obowiązkowym KSeF - faktury papierowe i w pdf-ach nie zniknęły
• Pułapka faktury hybrydowej i ryzyko dublowania przychodów
• Brak sankcji nie oznacza braku kontroli KAS
• Trzy wersje jednego dokumentu – codzienna rzeczywistość biur rachunkowych
• Co sprawdzić przed zamknięciem miesiąca

Miesiąc z obowiązkowym KSeF - faktury papierowe i w pdf-ach nie zniknęły

Przełom kwietnia i maja przyniósł fundamentalną zmianę w codziennym funkcjonowaniu przedsiębiorstw. Największą barierą wdrożeniową pozostaje przyzwyczajenie do dokumentacji papierowej oraz plików PDF, które w wielu podmiotach wciąż funkcjonują w obiegu obok oficjalnych faktur ustrukturyzowanych.

Pułapka faktury hybrydowej i ryzyko dublowania przychodów

– Przedsiębiorcy dopiero uczą się obsługi KSeF. Wielu z nich trudno jest zrezygnować z dokumentacji papierowej czy przesyłanej drogą mailową. Ze względu na wypracowane relacje i przyzwyczajenia, często wybierana jest podwójna ścieżka doręczania dokumentów: oficjalna w systemie rządowym oraz dodatkowa w formie papierowej lub pliku PDF. Firmy nie zdają sobie sprawy, że takie postępowanie zwiększa ryzyko zarówno dla nich, jak i dla ich kontrahentów. Przede wszystkim dane na wizualizacji faktury mogą różnić się od tych w KSeF, co może negatywnie wpłynąć na spójność deklaracji podatkowych. Istnieje również ryzyko, że dana faktura zostanie zaksięgowana dwukrotnie. Zwiększa to pracochłonność procesów dekretacji oraz weryfikacji dokumentów, a i te czynności nie zawsze gwarantują uniknięcie duplikowania zapisów. Takie sytuacje są problematyczne dla księgowych, którzy muszą rozstrzygać, który dokument powinien ostatecznie trafić do rejestrów – komentuje Monika Piątkowska, doradca podatkowy fillup k24.

Brak sankcji nie oznacza braku kontroli KAS

Ministerstwo Finansów wielokrotnie podkreślało, że monitoruje przedsiębiorstwa pod kątem ich gotowości i stopniowego wdrożenia do nowego systemu. Choć oficjalne kary finansowe zaczną obowiązywać dopiero w przyszłości, administracja skarbowa już teraz dysponuje narzędziami do weryfikacji działań podatników.

– Brak kar związanych z KSeF w 2026 roku powinniśmy traktować raczej jako okres na adaptację do nowego rozwiązania, a nie jako furtkę do unikania odpowiedzialności. KSeF to nowe narzędzie, którego uczymy się wszyscy – zarówno przedsiębiorcy, jak i administracja skarbowa. Nadchodzące miesiące są zatem czasem na dopracowanie przyjętych rozwiązań i ich weryfikację w praktyce; później zabraknie na to miejsca. Przedsiębiorcy powinni zatem wykorzystać ten bezsankcyjny okres, aby bezpiecznie wdrożyć, a następnie opanować system – mówi Monika Piątkowska.

Ekspertka fillup k24 zwraca uwagę, że brak sankcji nie oznacza braku zainteresowania ze strony urzędów skarbowych. – Nie zapominajmy również, że fakt, iż fiskus nie może nas obecnie karać, nie oznacza, że nam się nie przygląda. Przykładowo, w plikach JPK raportuje się, które faktury zostały wystawione poza KSeF i z jakiej przyczyny. Sam resort finansów niejednokrotnie wskazywał, że monitoruje firmy, które jeszcze nie przystąpiły do systemu. Tym bardziej, mimo braku sankcji, warto wykorzystać ten czas na realne przygotowania, gdyż docelowo dołączenie do KSeF będzie nieuniknione – podsumowuje Monika Piątkowska.

Trzy wersje jednego dokumentu – codzienna rzeczywistość biur rachunkowych

W okresie przejściowym księgowi muszą mierzyć się z równoległym funkcjonowaniem aż trzech form tego samego dokumentu: oficjalnego pliku ustrukturyzowanego w KSeF, jego graficznej wizualizacji oraz tradycyjnego pliku PDF bądź papieru. To rozproszenie nakłada na biura rachunkowe obowiązek czasochłonnej weryfikacji statusu każdej faktury oraz ręcznego dopasowywania danych, by wykluczyć ryzyko podwójnego ujęcia transakcji.

– Pierwszy pełny miesiąc pracy z Krajowym Systemem e-Faktur pokazuje w praktyce coś, o czym księgowi mówili już wcześniej: sam system nie jest największym wyzwaniem. Najtrudniejsze jest dziś połączenie danych z KSeF z dokumentami, które wciąż funkcjonują poza nim. W biurze rachunkowym widzimy, że problemem jest przede wszystkim rozproszenie dokumentów. Część faktur pobieramy z systemu, część klientów nadal przekazuje w formie PDF lub papierowej, a do tego dochodzą jeszcze wizualizacje faktur z KSeF – wyjaśnia Zuzanna Kwiatkowska, księgowa w fillup k24.

Jak przyznaje ekspertka, w pierwszych tygodniach obowiązkowego systemu kluczowa staje się stała kontrola kompletności dokumentacji. – W praktyce oznacza to, że księgowy musi za każdym razem sprawdzić, czy dokument przesłany przez klienta jest faktycznie fakturą ustrukturyzowaną z systemu, czy tylko jej wizualizacją. Dodatkowe zamieszanie powodują sytuacje, w których kontrahent najpierw wysyła fakturę poza systemem, a dopiero później wystawia ją w KSeF. Wtedy trzeba ustalić, który dokument jest właściwy do księgowania i czy nie pojawia się ryzyko podwójnego ujęcia. W pierwszych tygodniach pracy z systemem największym wyzwaniem jest więc kontrola kompletności dokumentów i ich prawidłowe dopasowanie do siebie – dodaje Zuzanna Kwiatkowska.

Od 1 kwietnia 2026 r., wraz z wdrożeniem systemu, praca księgowych uległa wyraźnej zmianie. W okresie przejściowym funkcjonują równolegle trzy wersje tego samego dokumentu: faktura w KSeF, jej wizualizacja oraz dokument przekazany klientowi poza systemem, co powoduje niepewność przy księgowaniu zakupów i weryfikowaniu sprzedaży.

– Dlatego kluczowe staje się uporządkowanie procesu pracy. W biurach rachunkowych coraz częściej wprowadza się stałe procedury pobierania dokumentów z KSeF i porównywania ich z tym, co przekazują klienci. Pomagają też narzędzia, które potrafią połączyć oba światy dokumentów. Dobrym przykładem jest fillup k24, który umożliwia pracę zarówno na fakturach z KSeF, jak i na dokumentach przekazywanych w tradycyjnej formie, ale w ramach aplikacji przez klienta w formie cyfrowej. W praktyce bardzo ułatwia to kontrolę, czy dokument nie został zaksięgowany dwa razy i czy wszystkie faktury rzeczywiście znalazły się w systemie – podkreśla Zuzanna Kwiatkowska.

Co sprawdzić przed zamknięciem miesiąca

W obecnej rzeczywistości prawnej sprawne zamknięcie miesiąca wymaga od firm oraz obsługujących je biur rachunkowych wdrożenia restrykcyjnych procedur weryfikacyjnych. Aby zapewnić pełną spójność danych przed wysyłką deklaracji, kluczowe jest skontrolowanie następujących obszarów:
1) czy wszystkie faktury sprzedaży klienta zostały wystawione, a w przypadku obowiązku wystawienia ich w KSeF, czy zostały prawidłowo przetworzone przez system (status 200 wraz z UPO),
2) czy faktury pobrane z KSeF zgadzają się z dokumentami przekazanymi przez klienta (np. wizualizacje),
3) czy nie pojawiły się zdublowane dokumenty, np. faktura przesłana wcześniej poza systemem bez numeru KSeF i później wystawiona w KSeF,
4) czy zostały pobrane wszystkie faktury zakupowe dostępne w KSeF a także czy w ewidencji księgowej oraz w JPK_V7 został wskazany numer KSeF dokumentów,
5) czy prawidłowo ustalono moment ujęcia dokumentu w ewidencji księgowej oraz dla celów odliczenia VAT/ wykazania VAT należnego,
6) czy zostały zweryfikowane dokumenty, które nadal funkcjonują poza systemem, np. faktury od kontrahentów zagranicznych, paragony z NIP oraz faktury spoza KSeF i oznaczone prawidłowo w JPK_V7 właściwym oznaczeniem – podsumowuje Zuzanna Kwiatkowska.