W pliku JPK_VAT podatnicy są zobowiązani do uwidocznienia numerów faktur sprzedażowych i zakupowych. Część testów wykonywanych na pliku może dotyczyć ich numeracji. Nawet nie znając treści transakcji, można na tej podstawie wykryć potencjalne błędy w rozliczeniach VAT. Organy podatkowe zaczęły już prowadzić taką analizę i wykryły pierwsze nieprawidłowości. Z drugiej strony, wystarczy rzut oka na własny plik JPK_VAT, aby przekonać się, czy przygotowaliśmy go prawidłowo.