Zarówno kontrolowanemu podatnikowi, jak i organowi kontrolującemu przysługują w trakcie kontroli podatkowej określone przepisami Ordynacji podatkowej prawa i obowiązki. O ile jednak kontrolowanemu wolno robić wszystko, co nie jest zastrzeżone przepisami prawa, o tyle kontrolujący ma prawo jedynie do działań wyraźnie określonych w tych przepisach. Warto zatem wiedzieć, na co możemy pozwolić sobie, a także kontrolującemu w trakcie kontroli podatkowej.
W przypadku, gdy podatnik wykazał w deklaracji nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu, może domagać się następnie zliczenia zwrotu podatku od towarów i usług na poczet innego podatku, także takiego, dla poboru którego właściwy jest inny urząd skarbowy niż ten, do którego podatnik ma obowiązek uiścić VAT.
Następca prawny podatnika może skorzystać z ochrony, wynikającej z indywidualnej interpretacji przepisów prawa podatkowego, wyłącznie wówczas, gdy podatnik, któremu udzielono tej interpretacji, zastosował się do niej przed dniem wstąpienia w prawa tego podatnika (przez połączenie bądź przejęcie). Uzyska przy tym ochronę tylko w takim zakresie i na takich samych warunkach, na jakich przysługiwałaby ona jego poprzednikowi prawnemu.