W przypadku, gdy podatnik wykazał w deklaracji nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu, może domagać się następnie zliczenia zwrotu podatku od towarów i usług na poczet innego podatku, także takiego, dla poboru którego właściwy jest inny urząd skarbowy niż ten, do którego podatnik ma obowiązek uiścić VAT.
W związku z pojawiającymi się wątpliwościami co do stosowania nowych przepisów w zakresie kas fiskalnych, Ministerstwo Finansów wyjaśniło, że zmiany w przepisach rozporządzenia, które weszły w życie 1 kwietnia 2013 r., nie wymagają wymiany używanych do tej pory kas, które pozwalają obecnie na prawidłowe ewidencjonowanie obrotów. Mogą one nadal być wykorzystywane aż do czasu ich zużycia.
Od 1 kwietnia 2013 r. zmienia się przepis, który reguluje zasady korzystania ze zwolnienia z VAT dla usług pocztowych. Ze zwolnienia będą korzystać usługi pocztowe, które można zaliczyć do powszechnych. Jeśli więc ustalimy z pocztą indywidualne warunki świadczenia dla nas usług, będziemy płacić 23% VAT. Ryzyko zastosowania stawki 23% zamiast zwolnienia obciąża również nabywcę, gdyż traci on prawo do odliczenia VAT z takiej faktury, mimo że został naliczony VAT.