Od czerwca 2020 r., tj. od momentu zaprezentowania założeń wdrożenia w Polsce estońskiej metody rozliczenia CIT, narosło wokół niej wiele nieporozumień. Autorzy (Jan Sarnowski, podsekretarz stanu w Ministerstwie Finansów i Aleksander Łożykowski, Dyrektor Departamentu Podatków Dochodowych w Ministerstwie Finansów) przywołali argumentację stojącą w kontrze do najczęściej powtarzanych w przestrzeni publicznej mitów dotyczących projektowanej regulacji. Szczególnie istotne znaczenie mają w tym procesie szersze tło ekonomiczne omawianego rozwiązania, moment cyklu koniunkturalnego, w którym jest ona wdrażana, oraz doświadczenie płynące z ponad 20 lat stosowania tego mechanizmu w innych krajach Europy.
W zależności od tego, co podatnik zrobi z zyskiem, okres przedawnienia zobowiązań podatkowych skróci się lub przeciwnie ‒ wydłuży. Co więcej, może ono nawet nigdy nie nastąpić. Taki może być skutek nowych przepisów o tzw. estońskim CIT, czyli ryczałcie od dochodów spółek kapitałowych. Projekt zakłada bowiem nie tylko nowe zasady rozliczania się z fiskusem przez firmy o przychodzie nieprzekraczającym 50 mln zł, lecz także specyficzną zasadę przedawniania zobowiązań podatkowych.
W nowym systemie, który ma obowiązywać od 2021 roku, CIT od większych spółek wzrośnie do 25 i 20 proc. (stawka obniżona), a od mniejszych do 15 i 10 proc. Efektywnie jednak – jak zapewniło Ministerstwo Finansów w odpowiedzi na pytanie DGP – opodatkowanie zmaleje. Tak zwany estoński CIT będzie polegał na tym, że dopóki spółka będzie reinwestować zyski, dopóty nie zapłaci podatku dochodowego ani w ciągu roku, ani po jego zakończeniu. Fiskus weźmie daninę wtedy, gdy firma przekaże zysk wspólnikom, czyli wypłaci im dywidendę.
Ministerstwo Finansów chce, by projekt dotyczący estońskiego CIT-u jeszcze w czerwcu 2020 r. trafił do konsultacji i wszedł w życie 1 stycznia 2021 roku – poinformował 18 czerwca 2020 r. wiceminister finansów Jan Sarnowski. „Będzie to podatek opcjonalny, nikogo nie będziemy zmuszać”, powiedział Minister Finansów Tadeusz Kościński. Dodał, że rozwiązanie to będzie miało dwa warianty. W pierwszym, klasycznym, wszystkie zyski są przeznaczone na inwestycje, a w drugim firma może przekazywać część zysków na rachunek inwestycyjny. Podatnik będzie mógł wybrać system estoński na 4 lata i przedłużyć na kolejne 4-letnie okresy.