Organy podatkowe mają do dyspozycji szereg różnych instrumentów w celu sprawdzenia zasadności zwrotu podatku VAT. Dodatkowo, w myśl art. 273 dyrektywy 2006/112/WE, poza obowiązkami wymienionymi w tytule XI-tej dyrektywy, mogą nakładać inne obowiązki, jakie uznają za niezbędne dla zapewnienia prawidłowego poboru VAT i zapobieżenia oszustwom podatkowym. Zapominają przy tym jednak, że z tej samej dyrektywy wynika, iż sama weryfikacja prawidłowości rozliczeń musi odbywać się w ramach procedur, przewidzianych prawem krajowym.
Parlament Europejski przyjął czwartą dyrektywę zapobiegającą praniu pieniędzy (AMLD). Przepisy mają na celu zapobieganie praniu pieniędzy, przestępstwom podatkowym oraz finansowaniu terroryzmu. Zgodnie z przyjętą dyrektywą banki oraz instytucje finansowe, prawnicy, audytorzy, księgowi, doradcy podatkowi czy pośrednicy w handlu nieruchomościami mieliby obowiązek zwracać uwagę na podejrzane transakcje klientów.
Sam zakup protezy można odliczyć w ramach ulgi rehabilitacyjnej, natomiast zabieg jej wszczepienia już nie podlega odliczeniu. W związku z tym jeżeli podatnik dysponuje fakturą, w której podana jest jedna cena, obejmująca i protezę, i jej wszczepienie, wówczas nie odliczy już niczego. Konieczna jest zatem faktura na zakup protezy, by móc ją odliczyć w ramach ulgi rehabilitacyjnej.
Od momentu akcesji Rzeczypospolitej Polskiej do Unii Europejskiej, czyli od 1 maja 2004 r., Polska zobowiązana jest przestrzegać prawa unijnego. Oznacza to, że przepisy krajowe powinny być interpretowane z uwzględnieniem uregulowań wspólnotowych i orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. W zakresie podatku od towarów i usług, interpretacja ta, powinna uwzględniać głównie Dyrektywy 112/2006/WE (w odniesieniu do stanu prawnego z 2011) oraz orzecznictwo TSUE, odnoszące się do tego aktu. Nie jest jednak tajemnicą, że w praktyce polskie organy podatkowe miewają duże trudności z wdrożeniem tych zasad w swojej działalności.