Zdaniem sądu administracyjnego nie powinno się odmawiać podatnikowi prawa do odliczenia VAT nie tylko wtedy, gdy nieprawidłowości dotyczą wcześniejszej lub późniejszej transakcji, ale nawet wtedy, gdy dotyczą one bezpośrednio transakcji zakupu zawartej przez tego podatnika, czyli tej transakcji, której dotyczy podatek naliczony do odliczenia, pod warunkiem jednak, że na podstawie obiektywnych przesłanek nie da się stwierdzić, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, że zawierana przez niego transakcja zakupu wiązała się z przestępstwem popełnionym przez wystawcę faktury.
Niektóre wydatki na zakup usług niematerialnych od podmiotów powiązanych podlegają limitowaniu w kosztach uzyskania przychodu na gruncie podatku CIT. Do takich wydatków zalicza się usługi doradcze, reklamowe, zarządzania i kontroli, przetwarzania danych, ubezpieczeń, gwarancji i poręczeń, badania rynku oraz świadczenia o podobnym charakterze.
Minister Finansów potwierdził, że w podatkach dochodowych (PIT i CIT), sformułowania „podatek od wartości dodanej” i polski „podatek od towarów i usług” stanowią celowościowo synonimy opisujące tę samą daninę. Oznacza to powinność analogicznego stosowania do obydwu pojęć rozwiązań przewidzianych w przepisach ustaw o podatkach dochodowych (ustawa o CIT i ustawa o PIT) z wszelkimi konsekwencjami, w zakresie przychodów i kosztów uzyskania przychodów. Prowadzi to w następstwie, w świetle art. 12 ust. 4 pkt 9 ustawy o CIT oraz (odpowiednio) art. 14 ust. 1 ustawy o PIT, do nieuwzględniania w podstawie opodatkowania (stanowiącej przychód netto) podatku od wartości dodanej do celów poboru podatku u źródła, o którym mowa w art. 21 ustawy o CIT i art. 29 ustawy o PIT. Natomiast otrzymanie zwrotu podatku w innym państwie członkowskim w ramach szczególnej procedury VAT-REFUND spowoduje zasadniczo efekt ekonomiczny tożsamy z odliczeniem podatku naliczonego co oznacza, że podatnik nie poniesie ekonomicznego ciężaru podatku.