Zdaniem Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej zarówno ogólna systematyka, jak i cel Dyrektywa Rady 2003/96/WE opierają się na zasadzie, według której produkty energetyczne są opodatkowane zgodnie z ich faktycznym wykorzystaniem. A zatem zastosowanie stawki akcyzy na olej opałowy jak dla paliwa napędowego w wyniku naruszenia warunku formalnego, podczas gdy faktyczne zużycie tego oleju na cele opałowe nie budzi wątpliwości, godzi w tę systematykę i cel, a przez to jest niezgodne z przepisami unijnymi.
Trzy progresywne stawki podatku od sprzedaży detalicznej, czyli 0,4 proc. od miesięcznego przychodu między 1,5 mln i 17 mln zł, 0,8 proc. od przychodu między 17 mln i 170 mln zł oraz 1,4 proc. od przychodu miesięcznego ponad 170 mln zł - takie rozwiązanie zakłada nowa wersja projektu w zakresie podatku od handlu.
W podatku dochodowym od osób fizycznych (inaczej niż w CIT) umiejscowienie przychodu w odpowiednim źródle na ogromne znaczenie, bo od tego zależy m.in. w jaki sposób przychód (dochód) będzie opodatkowany, jakie zastosujemy do niego koszty, a także jakie obowiązki będą ciążyły na płatniku. Kwestie związane z właściwą kwalifikacją przychodu często są przedmiotem sporu podatników z organami podatkowymi, zwłaszcza gdy chodzi o kontrakty menedżerskie, działalność wykonywaną osobiście oraz prawa majątkowe.
Spółka dokonuje sprzedaży nasion na terenie kraju. Sprzedaż jest opodatkowana stawką 5%. Z uwagi na fakt, iż nasiona znajdują się w magazynie centralnym w Warszawie, a zamówienia klientów dotyczą całego kraju, praktycznie całość zamówień jest wysyłana do klientów firmą kurierską. Firma kurierska obciąża nas kosztami przesyłek opodatkowanych stawką 23%, natomiast my do kosztów transportu stosujemy stawkę 5%, ale wykazujemy tę pozycję odrębnie na fakturze. Czy postępujemy prawidłowo?
Zróżnicowanie stawki podatku VAT dla książek papierowych (5 proc.) i elektronicznych (23 proc.) sprzyja patologiom. Powoduje, że rynek e-booków rośnie wolniej ze względu na wysokie ceny produktów, rozwija się także szara strefa i nielegalne ściąganie książek z internetu. To jednak problem nie tylko w Polsce, lecz także w innych krajach członkowskich UE, bo wynika z przepisów unijnych. Zmiana byłaby łatwa do przeprowadzenia, ale wymaga woli politycznej wszystkich państw.