Organy podatkowe mają do dyspozycji szereg różnych instrumentów w celu sprawdzenia zasadności zwrotu podatku VAT. Dodatkowo, w myśl art. 273 dyrektywy 2006/112/WE, poza obowiązkami wymienionymi w tytule XI-tej dyrektywy, mogą nakładać inne obowiązki, jakie uznają za niezbędne dla zapewnienia prawidłowego poboru VAT i zapobieżenia oszustwom podatkowym. Zapominają przy tym jednak, że z tej samej dyrektywy wynika, iż sama weryfikacja prawidłowości rozliczeń musi odbywać się w ramach procedur, przewidzianych prawem krajowym.
    
                            
    
        
        
    
    
        Od momentu akcesji Rzeczypospolitej Polskiej do Unii Europejskiej, czyli od 1 maja 2004 r., Polska zobowiązana jest przestrzegać prawa unijnego. Oznacza to, że przepisy krajowe powinny być interpretowane z uwzględnieniem uregulowań wspólnotowych i orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. W zakresie podatku od towarów i usług, interpretacja ta, powinna uwzględniać głównie Dyrektywy 112/2006/WE (w odniesieniu do stanu prawnego z 2011) oraz orzecznictwo TSUE, odnoszące się do tego aktu. Nie jest jednak tajemnicą, że w praktyce polskie organy podatkowe miewają duże trudności z wdrożeniem tych zasad w swojej działalności.
    
                            
    
        
        
    
    
        Od 1 lipca 2015 r. zmieniają się zasady korzystania z ulgi na złe długi przez wierzycieli i dłużników. Prawo do skorzystania z tej ulgi będzie miał wierzyciel, gdy nie otrzyma płatności za fakturę, która dokumentuje transakcję między podmiotami powiązanymi, i to niezależnie od tego, czy powiązania miały wpływ na ustalenie ceny. Natomiast dłużnik, który będzie w trakcie postępowania upadłościowego lub likwidacji, nie będzie musiał korygować odliczonego VAT z niezapłaconej faktury.
    
                            
    
        
        
    
    
        Ministerstwo Finansów zapowiada, że po 20 czerwca będzie w stanie udostępnić nową usługę elektroniczną, tj. możliwość weryfikacji kontrahenta zarejestrowanego w zakresie podatku VAT. Zdaniem MF zapewni to bezpieczeństwo transakcji, bo podatnik będzie wiedział, że ma do czynienia z zarejestrowanym kontrahentem, zwiększy też pewność płacenia podatków.