Nie można pozbawić prawa odliczenia VAT naliczonego podatnika VAT, który mimo zachowania należytej staranności nie wiedział i nie mógł wiedzieć, że w ramach danej transakcji dostawca dopuścił się przestępstwa lub że inna transakcja w łańcuchu dostaw, dokonana przed transakcją przeprowadzoną przez owego podatnika lub po niej, miała miejsce z naruszeniem przepisów o podatku VAT. Problem w tym, że przepisy nie określają standardów owej należytej staranności, a praktyka organów podatkowych jest różna. Ministerstwo Finansów przygotowuje listę działań świadczących o należytej staranności i dobrej wierze podatnika VAT.
Niejednokrotnie zdarza się, że nieuczciwi najemcy, nie przestrzegają postanowień umów (najmu, dzierżawy czy leasingu), nie zwracają w określonym terminie wynajętego przedmiotu. W takiej sytuacji właścicielowi przysługuje wynagrodzenie za bezumowne korzystanie z rzeczy. Pojawia się w związku z tym problem, czy takie wynagrodzenie podlega opodatkowaniu VAT?
Wynajem służbowego samochodu pracownikowi, nawet na warunkach rynkowych, przekreśla możliwość odliczenia pełnego VAT - tak uznał NSA w dwu wyrokach. Sąd orzekł, że taki wynajem nie jest działalnością gospodarczą i nie daje pewności, że pojazd będzie wykorzystywany wyłącznie dla tych celów. Należy więc przyjąć, że samochód jest wykorzystywany w sposób mieszany.
Umowne zniesienie współwłasności, które polega na podziale rzeczy wspólnej, ma charakter rozporządzenia tą rzeczą i prowadzi do uzyskania przez każdego ze współwłaścicieli wyłącznego prawa własności do nowej rzeczy, co na gruncie podatku VAT stanowi dostawę towaru. Jeśli czynność ta ma charakter odpłatny, wyrażający się zastosowaniem dopłaty pieniężnej, to nieodpłatne zniesienie współwłasności rzeczy nie podlega opodatkowaniu VAT – orzekł Naczelny Sąd Administracyjny.