Polskie organy podatkowej uważają, że zagraniczny podatek VAT należny jest przychodem, a naliczony kosztem. Sądy orzekają odwrotnie, że nie jest przychodem, a kosztem tylko wtedy, gdy się go nie odzyska. Spory o to trwają od kilku lat i dotyczą każdego polskiego przedsiębiorcy, który działa za granicą i wystawia faktury z tamtejszym podatkiem należnym (np. niemieckim, szwedzkim) oraz otrzymuje dokumenty z wykazanym na nich podatkiem naliczonym.
Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 29 stycznia 2016 r., (sygn. akt II FSK 3178/13) rozstrzygnął kwestię tego, jak należy interpretować termin ,,wartość zadłużenia”, o którym mowa w art. 16 ust. 1 pkt 60 i 61 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (przepisy dot. tzw. cienkiej kapitalizacji). W orzecznictwie sporne jest, czy przez to określenie rozumieć trzeba jedynie wartość pożyczek czy też wszystkich zobowiązań wobec podmiotu powiązanego.
Uszczelnienie poboru podatku VAT, przede wszystkim w związku z obrotem paliwami ciekłymi, to cel projektu nowelizacji ustawy o VAT, który rząd przyjął podczas posiedzenia w dniu 24 maja. Ministerstwo Finansów szacuje, że budżet zyska na tym rozwiązaniu około 2,5 mld zł rocznie. Nowe regulacje mają obowiązywać od 1 sierpnia 2016 r.
W przypadku gdy nabywcą usług budowlanych lub budowlano-montażowych jest podmiot niebędący podatnikiem VAT (konsument), obowiązek podatkowy z tytułu świadczenia tych usług powstanie z chwilą wykonania usługi. Jeżeli natomiast nabywcą tych usług jest podatnik VAT, obowiązek podatkowy powstanie z chwilą wystawienia faktury z tytułu świadczenia usług - w takim przypadku fakturę wystawia się nie później niż 30. dnia od dnia wykonania usługi, lecz nie wcześniej niż 30. dnia przed tym dniem; dla usług o charakterze ciągłym faktura może być wystawiona wcześniej niż 30. dnia od dnia wykonania usługi, jeżeli zawiera informację, jakiego okresu rozliczeniowego dotyczy.