Z uwagi na swoją złożoną i szczególną strukturę spółdzielnie i wspólnoty mieszkaniowe mają swój odrębny sposób opodatkowania. Wydaje się, że można by było stosować do nich zasady właściwe dla spółek kapitałowych, ale niestety nie, ponieważ nie są osobami prawnymi, a ponadto stanowią zrzeszenie osób, a nie kapitałów. Jak w związku z tym wygląda opodatkowanie spółdzielni i wspólnot mieszkaniowych?
Opłata administracyjna, która nie ma przypisanego okresu obowiązywania, może być zaliczana jednorazowo do kosztów uzyskania przychodów, a prowizja, jeśli dotyczy okresu przekraczającego rok podatkowy, może być rozliczana proporcjonalnie do długości okresu, którego dotyczy umowa gwarancyjna.
Często zdarza się, że na skutek zmieniającej się sytuacji gospodarczej, dalsza realizacja zawartej przez spółkę umowy staje się nieracjonalna z ekonomicznego punktu widzenia. W takim przypadku, jeżeli umowa przewiduję prawo do odstąpienia od niej za zapłatą oznaczonej sumy pieniężnej (odstępne), zapłacona kwota, co do zasady, będzie mogła stanowić koszty uzyskania przychodów.