Zdaniem sądu administracyjnego nie powinno się odmawiać podatnikowi prawa do odliczenia VAT nie tylko wtedy, gdy nieprawidłowości dotyczą wcześniejszej lub późniejszej transakcji, ale nawet wtedy, gdy dotyczą one bezpośrednio transakcji zakupu zawartej przez tego podatnika, czyli tej transakcji, której dotyczy podatek naliczony do odliczenia, pod warunkiem jednak, że na podstawie obiektywnych przesłanek nie da się stwierdzić, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, że zawierana przez niego transakcja zakupu wiązała się z przestępstwem popełnionym przez wystawcę faktury.
Ustawa o PIT nie zawiera wykazu wydatków, który przesądzał by o ich zaliczeniu do kosztów uzyskania przychodów. Dlatego przyjmuje się, że kosztami uzyskania przychodów są wszelkie racjonalnie uzasadnione wydatki związane z prowadzoną działalnością, których celem jest osiągnięcie, zabezpieczenie i zachowanie źródła przychodów, tak aby to źródło przynosiło przychody także w przyszłości. Mogą to być takżę wydatki na nabycie uprawnień zawodowych, np. na uzyskanie licencji pilota.
Niektóre wydatki na zakup usług niematerialnych od podmiotów powiązanych podlegają limitowaniu w kosztach uzyskania przychodu na gruncie podatku CIT. Do takich wydatków zalicza się usługi doradcze, reklamowe, zarządzania i kontroli, przetwarzania danych, ubezpieczeń, gwarancji i poręczeń, badania rynku oraz świadczenia o podobnym charakterze.