Do pewnego czasu, zdaniem wielu urzędów skarbowych, brak rejestracji do podatku VAT oznaczał brak możliwości odliczenia podatku od zakupów, które zostały poniesione przed rejestracją. Jednak prawo unijne mówi wprost, że jeśli podmiot zachowuje się jako podatnik, to oznacza to, że jest podatnikiem i nabywa przy tym zarówno prawa jak i obowiązki z tym związane.
Zarówno kontrolowanemu podatnikowi, jak i organowi kontrolującemu przysługują w trakcie kontroli podatkowej określone przepisami Ordynacji podatkowej prawa i obowiązki. O ile jednak kontrolowanemu wolno robić wszystko, co nie jest zastrzeżone przepisami prawa, o tyle kontrolujący ma prawo jedynie do działań wyraźnie określonych w tych przepisach. Warto zatem wiedzieć, na co możemy pozwolić sobie, a także kontrolującemu w trakcie kontroli podatkowej.
W przypadku, gdy podatnik wykazał w deklaracji nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu, może domagać się następnie zliczenia zwrotu podatku od towarów i usług na poczet innego podatku, także takiego, dla poboru którego właściwy jest inny urząd skarbowy niż ten, do którego podatnik ma obowiązek uiścić VAT.