Ministerstwo Finansów bardziej szczegółowo zbada, czy transakcje i zmiany organizacyjne w ramach jednej grupy mają uzasadnienie biznesowe, czy służą jedynie korzyści podatkowej. Najbardziej narażone na kontrolę są firmy, które dokonują transakcji z podmiotami zagranicznymi, w szczególności mającymi siedzibę lub zarząd w krajach, gdzie obowiązują niższe stawki podatkowe niż w Polsce.
Zarówno kontrolowanemu podatnikowi, jak i organowi kontrolującemu przysługują w trakcie kontroli podatkowej określone przepisami Ordynacji podatkowej prawa i obowiązki. O ile jednak kontrolowanemu wolno robić wszystko, co nie jest zastrzeżone przepisami prawa, o tyle kontrolujący ma prawo jedynie do działań wyraźnie określonych w tych przepisach. Warto zatem wiedzieć, na co możemy pozwolić sobie, a także kontrolującemu w trakcie kontroli podatkowej.