Co do zasady koszty postępowania przed organami podatkowymi ponosi Skarb Państwa, województwo, powiat lub gmina. Jest to norma ogólna, wywodząca się z dyspozycji art. 264 Ordynacji podatkowej, niedotycząca wszystkich, możliwych wydatków. Koszty, w większości nie są też zwracane z urzędu, ale na wniosek uczestnika postępowania.
Centralny Rejestr Faktur będzie narzędziem do kontroli przedsiębiorców, ich działalności gospodarczej oraz zawieranych transakcji z dokładnością do każdej otrzymanej czy wystawionej faktury. Rejestr ma być bazą faktur, a zatem przedsiębiorcy będą mieli kolejny obowiązek wobec fiskusa, czyli obowiązek przesyłania każdej faktury, w czasie rzeczywistym, do centralnej bazy administracji rządowej.
Utworzenie Krajowej Administracji Skarbowej, czyli połączenie służby celnej, administracji podatkowej i kontroli skarbowej, planowane na 1 stycznia 2017 r., to nie reforma służb podległych Ministerstwu Finansów, co najwyżej modernizacja, która sankcjonuje prawnie dotychczasowy stopień upolitycznienia organów skarbowych - oceniono w raporcie Centrum Analiz i Studiów Podatkowych SGH.
Kaucje rejestracyjne, możliwość łatwiejszego wyrejestrowania firmy, wyższe sankcje karne za zawyżanie zwrotów, zmiany w kodeksie karnym skarbowym, dotyczące "czynnego żalu" - to według wiceministra finansów Wiesława Jasińskiego niektóre elementy nowelizacji ustawy o VAT, nad która prace kończą się w MF.
Po 1 lipca 2016 r. urzędy skarbowe będą przeprowadzać kontrole skarbowe elektronicznie, z wykorzystaniem Jednolitego Pliku Kontrolnego (JPK). Zmiany te wymagają od firm dostosowania swoich systemów informatycznych, które od tego momentu będą musiały generować taki dokument. To jednak tylko połowa sukcesu, bo kluczowe jest to, żeby JPK nie zawierał błędów. Przedsiębiorcom potrzebne są więc narzędzia, które pozwolą im sprawdzić dokument przed wysłaniem do urzędu skarbowego.